地方的行政機構就這樣先決定下來，接下來是對杭州的行政機構進行一些調整，現在杭州行政部下麵共有九個部門，分別教育司，財政司，仲栽司，農田司，工建司、商務司；另外還有直接對商毅付責的審計司、文書司和宣傳司。在劃分上，也屬於行政部管轄。
這九個部門，差不多也涵蓋了一個政府除了軍事以外的基本行政部門，但現在商毅的管轄區內，和明朝相比，也出現了一些明顯不同的地方。
首先是手工業方麵，由於商毅製定的政策基本都含有扶持手工業發展的內容，因此在浙江地的手工業發展十分迅速，注冊的工廠己經超過了一百五十家，其中超也五百人規模的中大型工廠有二十八家，而超過千人規模的工廠，有十二家，另外注冊的以家庭為單位的手工作坊，己經超過了二千家，這還不算那些半農半手工的家庭。而且產業包括紡織、絲綢、造船、木作、印刷、機械、治鹽等等。
現在浙江地區完全依靠做工維持生存的人口，己經有十萬以上。所謂的資本主義萌芽，已經得到了長足的發展，而工人階級這樣一個全新的階級，也正在逐漸形成中。現在對工廠、手工作坊的管理，還屬於商務司。
還有就是對外貿易和交流，對外貿易自不必說，己經成為浙江地區的最重要財政收入來源，而且隨著對外貿易的擴大，對外的交流也隨之擴大，現在己經有荷蘭、英國、葡萄牙三個國家在浙江地區開設了半官方的商館，另外至少還有十個國家的商人經常來往杭州經商，因此商毅才打算在杭州專門建立一個外商的聚集區，對外商、包括外籍人員進行統一管理。現在這些事情也全都甩給商務司在管理。
當然這些也還都是屬於商業範圍內，由商務司來管，也說得過去，但隨著商毅勢力的發展，不管是否宣布自立，早晚都會對外建立官方的來往，如果還是由商務司來付責這些事情，就形得有些不倫不類了。
另外由於商家軍是一支以使用火器為主的軍隊，加上商毅應用了一些新技術，使浙江地區的開礦、冶金水平和規模也都有了長足的發展，不僅開設了一家大型的冶鋼廠，同時還需要大量進口各種金屬礦產，這也是浙江地區的主要進口物資，因此現在開礦、冶金也成為一個速度發展的產業。目前開礦和冶金事務還是歸屬於工建司管理。
和冶金、開礦道理相同的是紡織業，現在的浙江出口的商品中，紡織產品占了相當大的比重，包括絲綢、刺繡、綿布、生絲、紗等等商品，而浙江地區的工廠、手工作業也有一半以上都與紡織業有關，因此紡織業也成立浙江地區的第一大支柱產業。而所有紡織業都屬商業部管理，顯然有些不合適了。
在這種情況下，現有的這九個部門顯然是己經無法滿足於發展的需要，因此商毅也決定，增設工業司、對外貿易交流司、礦產冶金司、紡織司這四個部門。
工業司付責管理各工廠、手工作坊的生產事務；礦產冶金付責管理開礦、冶金等事務；紡織司付責與整個紡織行業有關的各種事務，而對外司則分為兩塊，一塊付責對務貿易，另一塊付責對外交流來往，因為現在對外主要還是貿易來往，商毅暫時還用不著一個外交部，等以後條件成熟之後，再進行分離。
但凡事有利就有弊，部門分得細了，雖然可以使管理更方便，更專業，也更直接，但也出現了一些新的問題，不少事情需要幾個部門同時管理，比如一個煉鋼廠，因為這既是工廠，又有商業行為，首先要在工業司和商業司注冊，同時煉鋼又屬於冶金行業，因此又要經過礦產冶金司批準，如果要進口礦石，側還要通過對外貿易交流司，再加上完稅需要的財政司，建廠房又需要通過工建司，因此前前後後一共要和六七個部門打交道。
一個絲綢廠也是一樣，雖然不用和礦產冶金司打交通，但又多了一個農業司，因為織造絲綢要種桑養蠶。雖然不像後世那樣，一件事情要跑十幾個部門蓋章，但也比過去要麻煩得多了。因此商毅的這個提議也遭到了一些人的反對和質疑，也有人認為可以隻成立工業司、對外貿易交流司這兩個部門，而礦產冶金司、紡織司則可以先掛在商業或工業司下麵，先觀望一段時間再說。
不過商毅也知道，世界上不存在絕對完美無缺的製度，隨著生產社會化，分工會越來越細，而管理也會越來越細，這也是大勢所趨，想拒絕這種發展趨勢是不可能的，隻能從提高各部門的辦事效率上著手解決。因此也不厭其煩，向眾人反複說明增設這些部門的道理。