對朱聿鍵被清軍擒殺，雖然商毅也有一定的責任，但並不覺得有什麼可內玖的，因為就是出動兵力救出朱聿鍵，依然改變不了隆武朝廷亡滅的事突，最多隻是保住朱聿鍵這一個人，隻有鄭芝龍終於還是決定投降清廷，結果反而被清軍軟禁的結果十分惋惜，但在這件事情上，自己確實己經盡了全力，畢竟自己對鄭芝龍的影響力有限，既然鄭芝龍連兄弟兒子的勸告都聽不進去，那麼自己又能有什麼辦法呢？
本來現在江浙一帶的形式很好，商家軍在湖北擊敗了清軍的第三次進剿，在長江又擊敗了清軍的水師，重新打通了和湖北的水路聯糸，迫使清軍不得不收縮兵力，防守南京。
但福建和江西相繼被清軍攻占，也使浙江的西南麵也全麵受到清軍的危脅，而且這個時候商毅所占領的地盤，也都徹底被清軍包圍，和南明其他地方沒有一點接壤的地方了。而且清軍還收降了鄭芝龍的大量軍隊，兵力又得到了一次急劇的擴張，同時還有相當一部份是海軍，對浙江的危脅也大大增加了，商毅也不得不在浙江西南麵布置相當的兵力駐守。因此下一步收複南京的計劃，又存在了很多的變數。
好在是福建雖然被清軍占領，但商家軍的情報網絡卻並沒有遭到太大的破壞，因為玄皇教在南方經營了近二百年，基礎十分牢固，經得起一些重大的變化事故打擊，因此南方的情報還是源源不斷的傳到了杭州。
清軍攻占了福建省之後，洪承疇和勒克德渾返回南京，而清軍的金聲桓、尚可喜兩部正在集中兵力，準備進次江西南部的吉安、贛州等地。覺羅巴哈納駐守在福州。
而在南明一方，福州被清軍攻破之後，並不是所有人都跟著朱聿鍵一齊北進，大學士蘇觀生、總兵林察等人，保護著朱聿鍵的弟弟朱聿鐭，南逃到了廣東潮州。而這時被隆武朝廷趕出福建，隻能在江西南部存身的魯王監國朝廷，也逃進了廣東韶州，而得知隆武朝政滅亡之後，魯王監國朝廷覺得大有可以，於是派人來招降隆武朝廷的餘部，希望借此擴大自己的力量。
但隆武朝廷和魯王監國朝廷之間曾發生過激烈的衝突，因此隆武朝廷的餘部官員們擔心自己投靠到魯王監國朝廷之後，會受到排擠，丁魁楚、呂大器等人都主張奉在廣西稱帝永曆朝廷為正朔，而蘇觀生同廣東布政使顧元鏡、侍郎王應華卻覺得與其這樣乞憐於他藩，不如幹脆自己另起爐灶，援引兄終弟及的名義擁立朱聿鐭為帝，並改元紹武。然後搶先進入廣州。
紹武朝廷本來就是傖促而立，所依靠的基本上是一批廣東官場中的投機分子和不得誌的士紳武弁。在兵力上除廣東總兵林察所部以外，十分薄弱，蘇觀生隻得招來了石壁、馬玄生、徐貴相、鄭廷球等海盜部隊，借以增強紹武政權實力。
而這時魯王監國朝廷正做得招收隆武朝廷餘部，占據廣東為基礎的美夢，沒相到隆武朝廷餘部一下孑又弄出一個皇帝來，魯王朱以海自然惱火，自己的血統可比朱聿鍵、朱聿鐭兄弟都近，但現在才掛著個監國，而他們兄弟到好，前後腳都直接稱皇帝，而且還搶先一步把廣州給占了。因此朱以海立刻下令，派方國安率軍進攻廣州。
但紹武朝廷雖然立朝倉促，但軍事力量到還不算差，林察本是鄭芝龍的部隊，頗有勇武，石壁、馬玄生、徐貴相、鄭廷球都是海盜出身，也幹慣了刀頭舔血的勾當，因此雙方大戰一場，方國安被他們殺得大敗，而朱聿鐭還下令乘勝進軍，攻打韶州。而魯王監國朝廷在廣東也混不下去了，隻好逃到廣西梧州安身。
在另一方麵，鄭芝龍雖然被清軍挾持北上，部將也大多降清，但餘部之中，還有相當一部人拒絕降清，但這時群龍無首，都是各自為戰，割據一方。除了林察投靠了紹武朝廷之外，鄭彩據守在廈門島，鄭鴻逵占據金門島，鄭芝龍的部將陳豹占據南澳島。
而鄭成功雖然是鄭芝龍的長子，但領軍的時間並不長，因為手頭上並沒有多少實力，本來和鄭鴻逵一赴據守金門島，但得知老家安平遭清軍洗劫的消息之後，他馬上率部從金門趕回，但這時的安平，己被清軍洗劫一空，鄭氏的老家成為一片廢墟，而鄭成功的母親田川鬆也未能躲過這場災難，遭到清軍**之後，自盡身亡。
悲憤交加的鄭成功厚葬母親之後。以老家安平為基地，誓師起兵。但這時鄭成功手下的人馬不足千人，是鄭芝龍餘部之中實力最弱的一支。而就在這時，商毅又寫給鄭成功一封信，表示自己願意幫助鄭成功報父母之仇，並且可以支付他一批物貨軍器錢糧，招集父親的餘部，擴充兵力，並約請鄭成功會麵。