這個時候鄭芝龍手下依然還擁有千餘艘各種戰船，軍隊十餘萬人，大體都駐紮在泉州府的沿海地區以及一些島嶼上。
盡管己經放棄了福建的絕大多數土地，但對鄭芝龍來說，並不算什麼，因為鄭芝龍的事業一向都是在海上，而不是陸地。一但清軍真的進攻泉州，鄭芝龍也不打算和清軍硬拚，而且泛舟海上，暫避清軍的鋒芒，等清軍撤軍之後，再複歸陸地。或者是轉到廣東一帶去發展，反正在東南沿海一帶的島嶼眾多，想找一個安身之地並不難，而清軍沒有水軍，對他也奈何不得。
正是由於這些情況，清軍對鄭芝龍依然不敢小視，因為水軍仍然是清軍最薄弱的一環，因此洪承疇和勒克徳渾商議之後，立刻下令各路清軍都退後三十裏，以表示清廷並不打算與鄭芝龍為敵，而洪承疇又給鄭芝龍寫了一封親筆信，道：“吾所以重將軍者，以將軍能立唐王藩也。人臣事主，苟有可為，必竭其力。力盡不勝天，則投明而事，乘時建功，此豪傑事也。若將軍不輔主，吾何用將軍哉？且兩粵未平，今鑄閩粵總督印以相待。”
收到了洪承疇的這封信，鄭芝龍異常高興，割據廣東、福建自立，正是鄭芝龍希望得到的結果，同時他也相信自己的海上實力作為後盾，就算是改朝換代，自己依然能夠屹立不倒。不過因為之前收到商毅的來信，使鄭芝龍並不能完全相信清廷，因此一麵寫信給洪承疇，表示自己情願歸順清廷，但又列舉種種理由，不肯離開泉州，同時又在信中提到，洪承疇的母親正在泉州駐住，自己對其十分厚待等等。
洪承疇等人也知道鄭芝龍還心存疑慮，不敢輕易到福州來，因此也在商議，如何才能把鄭芝龍誘到福州來。就在這時，清軍第三次進攻湖北慘遭失利的消息，也從南京傳到福州。..
洪承疇、勒克德渾、覺羅巴哈納等人聞迅之後，也都無不震驚。甴其是洪承疇，幾乎都難以相信，自己在離開南京時製定好的三路進擊，分進合圍，出動了近七萬大軍，自覺得是萬無一失了，居然還被商家軍給打敗了。因此洪承疇也感到，必須要盡快結束福建的事情，自己才好趕回南京，主持對湖北用兵的大局。
但想要盡快結束福建的事情，就必須打消鄭芝龍對清軍的疑慮，因此洪承疇決定冒險一試，親身到泉州去麵見鄭芝龍。隻有這樣才能徹底打消鄭芝龍的疑心，達到誘其到福州來的目地。
當然洪承疇的這一舉動也是經過了深思熟慮，並非一時衝動，因為現在的情況，幾乎可以肯定鄭芝龍是有意降清，隻不過是心存疑惑，這樣的想法，換了任何人也都會有，因此洪承疇雖然隻身去泉州，實際的危險性並不大。而另一個證明就是，洪承疇的老母，親屬依然被鄭芝龍奉養在泉州，這也說明，鄭芝龍並不打算和清廷撕破瞼，依然留有餘他。
果然洪承疇到達泉州之後，鄭芝龍也是興奮異常，這幾天以來，鄭芝龍心裏也十分緊張，因為他也擔心自己的行為惹得清廷不滿，從而徹底斷絕了和自己的談判，而且在鄭氏一族內部，對於鄭芝龍的降清打算，雖然有些人讚同，但也有許多人反對，鄭成功就曾對鄭芝龍多次苦勸，還有鄭鴻逵、鄭彩等人，也都認為以鄭氏現在的實力，完全可以揚威海上，無人可敵，何必非要向清廷訖剿忱Фタ蓁肇？
而現在洪承疇隻身來到泉州，也讓鄭芝龍完全確信，清廷確實是真心和自己談判的，自然也就大為安心，並且在泉州盛情招待洪承疇一行，同時也讓洪承疇一家團聚。而且知道洪承疇回家拜見母親時，遭到洪母的申訴打罵，責其降清之舉，有辱門庭，鄭芝龍還親自登門為洪承疇分辯說情。洪承疇也感動得當場落淚，對鄭芝龍連連拜謝。
就這樣洪承疇在泉州住了三天，並且和鄭芝龍達成了降清的種種條件，鄭芝龍向清廷投降稱臣，清廷封鄭芝龍為廣福總督，駐守廣東、福建之地。而鄭芝龍也必須聽從淸廷調遣，幫助清廷平定南方各地，由其是在淸軍對浙江用兵的時候，鄭芝龍要從海上出兵，配合清軍的進攻，當然還必須剃發。
洪承疇開出的這些條件也都非常合理，鄭芝龍並不覺得意外，相反如果洪承疇什麼條件都不提，隻是全部答應鄭芝龍的要求，鄭芝龍反而會覺得不對勁，而剃不剃發對鄭芝龍來說，並無所謂，致於以後幫清軍征戰的事情，也可以在見機行事。因此也滿口答應下來。
隨後洪承疇才向鄭芝龍提出，讓鄭芝龍和自己一起去福州，辦理正式的降清手續。同時清軍也將退出福建，將地方都移交給鄭芝龍管理。