既然雙方己經談到了這一步，勵麼於情於理鄭芝龍也都應該到福州去一趟，而且這時的鄭芝龍己經完全相信洪承疇，完全相信了清廷，因此也欣然同意前進。
而這時駐守在金門島的鄭成功已經收到商毅的信，聽說父親要親自去福州和清軍商談投降的事宜，也親自趕回到泉州，跪地大哭，力勸父親道：“虎不可離山，魚不可脫淵；離山則失其威，脫淵則登時困殺。吾父當三思而行。”
但鄭芝龍這時己經什麼都聽不進去了，執意要親赴福州商談降清的事宜，同時還準備帶鄭成功和自己一起去福州，也表示自己降清的誠意。
鄭成功見勸不動父親，又想起商毅信中所說的話，於是連夜返回金門，靜觀事態的變化。並給鄭芝龍留下一封書信道：“從來父教子以忠，未聞教子以貳。今父不聽兒言，後倘有不測，兒隻有縞素而已。”
第二天鄭芝龍不見了鄭成功，看到了書信，也不由大罵鄭成功是個逆子，滿紙狂悖之言，但這時鄭成功己經返回金門，鄭芝龍隻得帶著幼子鄭渡，五百士兵，和洪承疇一起出發，前往福州。
到了福州之後，一開始勒克德渾還對鄭芝龍盛情招待，與鄭芝龍折箭立誓。鄭芝龍還以為得計，也完全放下心來。連帶來的五百士兵也都遣散。
那知就在第三天夜裏，勒克德渾突然宣布拔營返回北京，同時命令鄭芝龍隨軍北上。鄭芝龍大吃一驚，這才知道自已中計，但這時己被困福州身邊隻有十幾名從人，根本就無力反抗，盡管鄭芝龍不甘心束手就擒，最後還努力一把，對勒克德渾道：“北上麵君，本芝龍本願，但子弟多不肖，今擁兵海上，倘有不測，奈何？”還想借自己的兵力威脅一下勒克德渾，作最一搏。
但清軍對此早有定計，勒克德渾的回答是：“此與爾無關，亦非吾所慮也。” 同拿來紙筆，讓鄭芝龍當麵寫了幾封信，用以勸降鄭氏軍隊的主要將領。而這時的鄭芝龍己為砧上的任人宰割的肉，隻能按照勒克德渾的要求，給自已的親屬、將領寫信。讓他們都到福州來投降清軍。
鄭成功在金門收接到鄭芝龍的書信後，當即回信拒絕向清軍投降，道：“今既不能匡君於難，致宗社墮地，何忍背恩求生，反顏他事乎？大人不顧大義，不念宗祠，投身虎口，事未可知。趙武、伍員之事，古人每圖其大者，唯大人努力自愛，勿以成功為念。”
與鄭成功同樣拒絕投降清軍的，還是踞守廈門中左所的鄭彩，金門的鄭鴻逵以及南澳的陳豹等人。但絕大多數的鄭氏將領、包括鄭芝豹、施天福、洪習山、黃廷、施郎等人都放下武器，帶著軍隊，向清軍投降，龐大的鄭家私人軍隊，在旦夕之間便瓦解了。而最後總計投降清軍的軍隊人數，競達到了十一萬三千餘人，戰船近六百餘艘。加上清軍前期在進攻江西、福建收降的南明軍隊，竟然一下子收降了各部明軍十五萬餘人。
而在此期間，清軍也攻占了福建的最後一地泉州府，並且還殺入了鄭芝龍的老家安平，然後四處搶掠，鄭芝龍縱橫海上近二十年，積攢下來可以敵國的巨額財富，也被清軍哄搶一空。
鄭芝龍己經被清軍嚴密看管，軟禁起來，福建也幾乎全都被清軍占領，還掠奪到巨額財富，雖然鄭家私人軍隊中還有少數殘餘勢力盤據在沿海一帶地區，拒不降清，但洪承疇和勒克德渾都認為現在大局己定，這少許餘勢也戌不了大氣，因此這次自己南方之行的任務己經圓滿完成了，也準備返回南京。
在動身之前，洪承疇也招集清軍的主要將領，分派下一步任務。整個江西、福建、廣東的軍務都交由覺羅巴哈納來付責，並且駐守福建，清剿鄭氏的殘餘勢力；由金聲桓領軍，駐守江西，並且配合另一路人馬，進攻湖南；由尚可喜領軍，進攻廣東。同時把鄭芝龍部下的諸將也都分派到各人部下去效力。
隨後洪承疇和勒克德渾帶著鄭芝龍己及親屬人員，押運著掠奪來的巨額財富，並且還帶了五萬大軍，返回南京去了。
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