第一師三團的士兵們也都趕到了護城河邊，將長梯架在護城河上，將做跳板，越過了護城河，也殺入了懷遠城中，然後也都紛紛端起步槍，向清軍衝殺了過去。
這時雙方是近身作戰，商家軍使用步槍射擊的機會並不多，其實清軍的白刃戰能並不遜色於商家軍，隻是現在懷遠縣裏的清兵己經大亂了起來，因為剛才那一次驚天的大爆炸已經嚇破了不少淸兵的膽，而且主將也在爆炸中喪生，又不知道在黑暗之中還有多少敵人，就是再訓練有素的軍隊也不可能還保持著鎮靜，戰鬥力連一半也發揮不出來結果也被商家軍殺得紛紛倒地身亡。
而清軍的另一位主將，原大順軍的降將劉忠得知消息之後，也充份發揮其流寇的本色，立刻帶著百餘名親隨，從西門逃出了懷遠縣城，向蒙城方向逃竄而去。
到了天亮的時候，商家軍也己經完全攻占的懷遠，五千清軍中，殺死一千八百餘人,俘虜一千三百多人，逃走的不足兩千人，而商家軍自身的傷亡，隻有二百一十三人。商毅接報之後，也十分高興，立刻又命令成進在懷遠組織陣地，準備迎擊多鐸的大軍，同時又調過去了一個火炮營，並且把也把火炮、彈藥、雷霆戰車等重型武器都運到了懷遠。
在一天之後，商毅又收到羅遠斌的報告，他也成功的襲擊五河縣得手。商毅也同樣命令，他在五河縣組織陣地防守。
懷遠和五河兩個縣的相繼失守，也等於是給了清軍當頭兩記悶棍，多鐸在震驚之餘，也感覺到，自己確實是遇到了一個難以對付的敵手，商毅果然是名不虛傳。
而且商家軍的這兩次襲擊得手，不僅僅隻是起到了鼓舞士氣的作用，因為現在明清雙方是以淮河為界，各占南北，而懷遠和五河都在淮河北岸，商家軍攻占了這兩個地方，等於是在清軍的勢力範圍內釘入了兩隻楔子，一但清軍渡過淮河作戰，自己的補濟線就會處在商家軍的危脅之下。因此也不得說商毅這一手玩得確實十分漂亮，大有崩一角而動全盤之妙。
不過多鐸也清楚，現在的當務之急就是立刻集中大軍，奪回這兩個縣城，那怕是隻奪回其中一個縣，也能夠扳回大部份的局麵來。而且這幾天清軍的謹慎用兵，也不是全無收獲，多鐸至少打聽清楚，在淮河南岸布防的明軍並不多，決不超過四萬，而現在多鐸麾下的人馬超過了二十萬，因此多鐸也對奪回這兩個縣充滿了信心。
四月七曰，多鐸下令給孔有德，命令他立刻出兵，複奪五河縣，然後分兵兩路，一路在五河就地渡淮，直取盱眙，另一路轉攻泗州，一舉突破淮河東段；而自己親自領軍來攻取懷遠，然後突破淮河中段，直取鳳陽；而耿仲明再突破淮河西線，這樣一來，整個淮西就可以一舉而下了。
向孔有德和耿仲明下令之後，多鐸首先命手下的鑲黃旗固山額真葉臣為先鋒，帶領以一個固山的滿八旗軍為核心，共計二萬五千人馬，由蒙城出發率先向懷遠發動進攻。
而這時商家軍也在懷遠布置好了陣地，準備迎戰清軍。
懷遠位於位於淮河與其支流渦水的入口處，屬淮河北岸，渦水南岸，東、北兩麵均有河流為屏，隻有從西、南兩麵才能進攻，因此也大大減少了商家軍布置陣地的工作。現在懷遠縣城的西、南兩麵都挖好了一條長達七百步即一千米左右，呈棱狀分布的戰壕，作為迎擊清軍的陣地，成進在兩麵陣地各安排了三個步兵營把守，還留了二個步兵營、一個火炮營和一個輔助營做為機動兵力。同時商毅也派出一百條戰船，準備隨時從水上支援。
清軍是沿渦水進軍，因此主攻的方向也放在懷遠的西線。其實葉臣看了商家軍布置的陣地之後，也十分奇怪,不明白明軍這樣做是什麼用意，因為這整個陣線又寬又薄，一點縱深都沒有，難到說躲在一條彎彎曲曲的小溝裏，就可以阻擋淸軍的進攻嗎？或者是用土布袋堆起的二三尺高的矮牆會比城牆更有用嗎？
不過葉臣是清廷的老臣，早在皇太極既位時，他就臣之一，算上現在繼位的福臨，他己經連事清廷的三主，也是久經戰場的老將，既然對手曾經打敗了阿巴泰、打敗了豪格，就必有道理，因此也不容小視，還是先試探一下對手的實力再說。臣也祭出了清軍屢試不爽的傳家法寶，派出五千降軍，首先向商家軍的陣地發動進攻。