明朝建立後，太祖朱元璋為鞏固朱明王朝的統治，將眾多的兒子分封到各地做藩王。這些藩王都擁有一定數量的軍隊，其中以燕王朱棣的勢力最為強大。朱元璋死後，他的孫子朱允炆繼承皇位，就是建文帝。建文帝感到藩王勢力太大，於是有了削藩的想法。
燕王知道自己難逃此劫，幹脆在建文元年（1399）七月起兵反叛。根據朱元璋留下的《皇明祖訓》的規定：“如果朝中有奸臣蒙蔽皇帝，藩王就應該起兵幫助皇帝清除身邊的奸臣。”朱棣以此為借口，宣稱支持削藩的齊泰、黃子澄就是奸臣，並稱自己的舉動為“靖難”，就是平定禍亂的意思。因此，曆史上稱這場戰爭為“靖難之役”。
朱棣剛剛起兵時，勢小力弱。朝廷準備派遣大軍，一鼓作氣，將其消滅。但是，明初朱元璋大肆殺戮功臣宿將後，朝廷已無將可用，隻好起用年近古稀的幸存老將耿炳文為大將軍，率軍十三萬北上。
八月，燕王朱棣在中秋夜趁朝廷軍不備，全殲其精銳先頭部隊九千多人。繼而又在滹沱河北岸打敗朝廷軍的主力部隊。
“讓李景隆替代耿炳文，上陣殺敵！”聽到軍隊失敗的消息，建文帝下令道。
李景隆本是紈絝子弟，沒什麼智謀，而且為人高傲自大。建文帝任命他為統帥是一個重大的失誤。
李景隆到達德州，收集耿炳文的潰散兵將，並調各路軍馬，共計五十萬大軍，進抵河間（位於今河北滄州）駐紮。當朱棣偵知李景隆的部署後，笑著說：“李景隆的軍隊是一群烏合之眾，內部並不團結，而且紀律鬆懈，糧草不足。李景隆本人又求勝心切，冒險深入，一定會敗在我的手下。”
為了引誘朝廷軍深入，朱棣讓姚廣孝協助長子朱高熾留守北平（今北京），自己親率大軍去援救永平，並告誡朱高熾說：“李景隆來攻城時，你們隻能堅守城池，不能出戰。”
朱棣這一招果然靈驗，李景隆聽說朱棣離開了北平，立刻率軍直趨北平城下。而朱高熾在北平城內嚴密部署，拚死守衛。李景隆則號令不嚴，指揮失當，幾次攻城，都被擊退。
朱棣在解救永平之後，率軍直奔大寧。大寧是寧王朱權的藩地，軍中多為蒙古騎兵，驍勇善戰。朱棣攻破大寧後，挾持寧王回北平，還收編了寧王的部屬及軍隊。朱棣帶著這些精兵強將進逼李景隆軍營。燕軍內外夾攻，朝廷軍大敗潰逃，一直退到山東境內。
建文二年（1400）四月，李景隆又會同郭英、吳傑等集合兵將六十萬，號稱百萬大軍，進抵白溝河。朱棣率軍十餘萬迎戰，再次將李景隆打得大敗。
李景隆在幾個月的時間內一敗再敗，建文帝於是任命盛庸為平燕將軍，代替李景隆統兵。盛庸率兵北上，與燕軍在東昌府地區展開大戰。此前，燕軍多次輕易取得勝利，所以這次戰鬥他們非常輕敵，結果被朝廷軍打敗，朱棣的親信將領張玉戰死，朱棣自己也被包圍，最終依靠援軍的接應才得以突圍。東昌戰役是雙方交戰以來，朝廷軍取得的第一次大勝。兵敗後，朱棣總結教訓說：“這次東昌之役，我軍在戰前就輕敵，戰鬥開始後又輕易後退，導致前功盡棄。今後作戰再也不能輕敵，不能退卻，隻有奮不顧身，不怕犧牲，才能打敗敵人。”
公元1401年，朱棣起兵已經三年。盡管燕軍在戰場上多次大勝，但朝廷勢力依然強大，朱棣占據的範圍隻有北平附近的幾個地方。正為此苦惱之際，南京朝廷裏不滿建文帝的太監卻送來了南京城空虛的情報。朱棣聽後大喜過望，決定孤注一擲，率全軍南下。這次南下與前幾次不同，燕軍不再攻打路上的城池，而是長驅直入，直搗南京城。
建文四年（1402）正月，燕軍進入山東，繞過守衛嚴密的濟南，向南挺進，一路上拚拚殺殺，最終進抵長江北岸。
燕軍整合隊伍，在瓜洲渡過長江，直趨南京。守衛南京金川門的李景隆開門迎降。城破之後，宮中起火，建文帝下落不明。
燕王進入京城後，殺死了忠於建文帝的大臣齊泰、黃子澄和方孝儒等人。隨後登基稱帝，改年號為永樂，是為明成祖。曆時四年的“靖難之役”以燕王朱棣的勝利而告終。
【博聞館】
明代的藩王
朱元璋當上皇帝後，把宗室二十五人（24個兒子和1個從孫）封為藩王，分駐全國各戰略要地，想通過他們來拱衛王室。這些藩王待遇優厚，地位很高。每個王府還擁有一定數量的護衛，少的有3000人，多的有萬餘人。九位駐守邊境的王因有防禦蒙古侵擾的重任，所以護衛更多，如：北平的燕王朱棣擁兵10萬，大寧的寧王朱權擁兵8萬。後來，藩王的勢力急速膨脹，最終釀成了“靖難之役”。
明成祖朱棣通過這場戰爭當上皇帝後，吸取了藩王尾大不掉的教訓，大量削減藩王的護衛，並將邊王內遷。此後的藩王雖然人數更多，生活更優裕，但已經沒有了軍權，再也不能對朝廷構成威脅了。