第一節 Bm17基因生物信息學分析
1個杆狀病毒的保守晚期轉錄基序ATAAG和增強子基序CGTGC用表示,ATG和TAA用表示,重要的蛋白家族生物學結構域和基序用表示。
Bm17(orf17)的編碼區長387個堿基,編碼129aa,分子量大約是14.5 kDa。一個晚期轉錄基序ATAAG被發現在ATG下遊的18 nts處,暗示了Bm17 可能是一個晚期基因。一個增強子基序CGTGC和 poly (A) 被分別發現在 72 nts 和216 nts 。通過搜索蛋白質數據庫GenBank和Swiss Prot,顯示Bm17 的同源序列分布在所有的group Ⅰ NPVs 和18個group Ⅱ NPVs 。病毒基因組中Bm17 和這些基因同源性最高的是AcMNPV 的ORF26,達100% 的同源性;同源性最低的是TrniNPV的ORF23,隻有51%。為了鑒定Bm17所包含的一些重要的蛋白家族的結構域和基序,將Bm17的氨基酸序列在PROSITE數據庫進行序列比對發現在Bm17氨基酸序列的內部有1個N myristoylation位點(3~8 aa)、2個酪蛋白激酶磷酸化位點(17~20 aa、59~62 aa)、4個N糖基化位點 (24~27 aa、39~42 aa、91~94 aa、110~113 aa)、1個 cAMP和cGMP依賴的蛋白激酶磷酸化位點(44~47 aa)。
第二節 Bm17在BmN細胞中的轉錄表達及亞細胞定位
一、Bm17的轉錄分析
為了分析Bm17 的瞬時轉錄時序,我們引入BmNPV ie1 和p10 基因分別作為早期基因和極晚期基因的對照。正如預測的一樣,使用Bm17特異性引物擴增,最早出現390bp的Bm17特定的片段是在感染後12小時,一直持續到感染後96小時。相比之下,使用ie1特異性引物擴增的315bp的片段從感染後3小時一直持續到感染後96小時,p10基因擴增的目標片段193bp被檢測到從24小時到感染後96小時。用沒有逆轉錄PCR之前的RNA作為對照,所有的ie1、Bm17和p10片段中都沒有檢測出目的條帶(數據沒有顯示),表明沒有汙染BmNPV的DNA。同時Bm action A3作為PCR模板數量內參。
二、Bm17在宿主細胞的表達
筆者構建了一個帶有HA標簽的Bm17的缺失拯救病毒vBm17 HA RE,這個病毒可以實現Bm17 HA的融合表達(HA融合在Bm17的C端),所以隻需測定HA即可知道Bm17的表達時間。提取vBm17 HA RE感染BmN細胞後的總蛋白,使用HA的單克隆抗體采用Western blot方法雜交到一條約16 kDa大小的條帶,此條帶從18小時開始,一直到72小時還有表達。這個結果和RT PCR的結果相一致。mock感染作為對照無條帶顯示。16 kDa的蛋白分子量(Bm17和HA的蛋白分子量之和為15.6kDa)暗示了Bm17 (14.5 kDa)蛋白沒有轉錄後修飾。
在BmN被mock和vBm17 HA RE感染,12小時、18小時、24小時、72小時提取細胞蛋白進行Western blot分析。一抗為抗HA的單克隆抗體,二抗為HRP標記的羊抗鼠抗體,顯色底物為DAB,標準分子量顯示在左。
三、Bm17的亞細胞定位