1.行政權。它包括行政管理權和決策權。主要體現在：領導特別行政區政府；決定政府政策和發布行政命令；主持行政會議；臨時撥款申請權和臨時短期撥款批準權等。
2.與立法有關的職權。主要體現在：有權簽署立法會通過的法案，公布法律；有權批準向立法會提出有關財政收入或支出的動議；立法委員會提出的法律草案，凡涉及政府政策者，在提出前必須得到行政長官的書麵同意；行政長官如認為立法會通過的法案不符合香港特別行政區的整體利益，可在3個月內將法案發回立法會重議；行政長官如拒絕簽署立法會再次通過的法案或立法會拒絕通過政府提出的財政預算案或其他重要法案，經協商仍不能取得一致時，行政長官可解散立法會，但在解散前必須征詢行政會議的意見。在澳門特別行政區則須征詢行政會的意見，並且在解散時應向公眾說明理由，行政長官在其一任任期內隻能解散一次立法會。
3.人事任免權。主要體現在：提名並申報中央人民政府任命特別行政區主要官員，建議中央人民政府免除上述官員職務。委任行政會議成員或行政委員。依照法定程序任免各級法院法官。依照法定程序任免公職人員。澳門特別行政區行政長官除上述外，還可依照法定程序任免各級法院院長和檢察官。提名並報請中央人民政府任命檢察長，建議中央人民政府免除檢察長的職務。委任部分立法會議員。
4.中央交辦事務的執行權和處理權。它包括兩個方麵：執行中央人民政府就基本法規定的有關事務發出的指令；代表特別行政區政府處理中央授權的對外事務和其他事務。
5.其他重要職權。如有權依法赦免或減輕刑事罪犯的刑罰等。
（二）特別行政區行政機關
特別行政區政府是特別行政區行政機關。特別行政區政府下設廉政公署、審計署、司、局、處，其依基本法規定行使職權，並對立法會負責；執行立法會通過並已生效的法律；定期向立法會作施政報告；答複立法會議員的質詢。同時，它還享有製定並執行政策、管理各種行政事務、辦理中央人民政府授權的對外事務、編製並提出財政預算決算、提出議案與法案等權力。特別行政區政府的主要官員均由行政長官提名報請中央人民政府任命，其免職也由行政長官向中央人民政府提出建議。
特別行政區政府行使下列職權：
1.製定並執行政策；
2.管理各項行政事務；
3.辦理基本法規定的中央人民政府授權的對外事務；
4.編製並提出財政預算、決算；
5.擬定並提出法案、議案、附屬法規；草擬行政法規；
6.委派官員列席立法會會議、聽取意見或代表政府發言等。
（三）特別行政區立法機關
特別行政區立法會是特別行政區的立法機關。其主要職權是行使立法權，也行使特別行政區基本法規定的其他職權，如審核、通過財政預算等。
根據特別行政區基本法規定，立法會議員的任期，除第一屆任期另有規定外，以後每屆的任期均為4年。香港特別行政區立法會設主席1人，澳門特別行政區立法會設主席、副主席各1人，均由立法會議員互選產生。
立法會的職權主要有以下幾項：
1.立法權。特別行政區立法會有權依照基本法的規定和法定程序製定、修改和廢除法律，澳門特別行政區立法會還可以依照上述規定和程序暫停實施法律。另外，立法會製定的法律須報全國人大常委會備案，但備案不影響該法律的生效。全國人大常委會發現其與《基本法》相抵觸，可將該法律發回，發回的法律立即失效。
2.財政權。根據基本法的規定，香港特別行政區立法會有權根據政府的提案，審核、通過財政預算；有權批準稅收和公共開支。澳門特別行政區立法會有權審核、通過政府提出的財政預算案；審議政府提出的預算執行情況報告；有權根據政府提案決定稅收，批準由政府承擔的債務。
3.監督權。包括聽取行政長官的施政報告並進行辯論；對政府的工作提出質詢；就公共利益問題進行辯論。
4.彈劾權。基本法規定，行政長官如有嚴重違法或瀆職行為而不辭職，立法會可以進行彈劾。
5.其他職權。
（四）特別行政區司法機關
香港特別行政區的各級法院是香港特別行政區的司法機關，行使香港特別行政區的審判權。香港特別行政區法院是香港特別行政區的審判機關，依法審理香港特別行政區的一切民事、刑事案件以及其他案件。法院獨立進行審判，不受任何幹涉，司法人員履行審判職責的行為不受法律追究。香港特別行政區設立終審法院、高等法院、區域法院、裁判署法庭和其他專門法庭。高等法院設上訴法庭和原訟法庭。終審法院行使香港特別行政區終審權。
澳門特別行政區設立初級法院（包括行政法院）、中級法院和終審法院，初級法院還可以根據需要設立若幹專門法庭。行政法院是管轄行政訴訟和稅務訴訟的法院，不服行政法院裁決者，可向中級法院上訴。終審法院是特別行政區的最高法院，行使澳門特別行政區終審權。
香港特別行政區沒有單獨的檢察機關。檢察職能歸律政司。由於香港屬普通法係，該機關不屬於司法機關。澳門特別行政區基本法保留了檢察院是澳門特別行政區司法機關的屬性，規定檢察院獨立行使法律賦予的檢察職能，不受任何幹涉。
五、特別行政區的法律製度
香港和澳門特別行政區成立以後，實行著與大陸不同的一套獨立的法律製度。就其法律文件的層次而言，主要包括以下方麵：
（一）基本法
基本法是全國人民代表大會根據憲法製定的，雖然隻在特別行政區實行，但它屬於全國性法律。它在特別行政區的法律體係中處於基礎地位，特別行政區內的所有法律都不得和基本法相抵觸，隻有全國人民代表大會才有權修改基本法，隻有全國人民代表大會常務委員會才享有基本法的解釋權，同時它也授權特別行政區法院就其自治權範圍內的事項進行司法解釋。
（二）被采用的原有法律
根據特別行政區基本法的規定，香港原有的普通法、衡平法、條例、附屬立法和習慣法，除與基本法相抵觸者經香港特別行政區的立法機關作出修改者外，予以保留。澳門原有的法律法令、行政法規和其他規範性文件，除同基本法相抵觸或經澳門特別行政區的立法機關或其他有關機關作出修改者外，予以保留。
（三）特別行政區立法機關製定的法律
特別行政區享有立法權，凡屬自治範圍內的事項都可以立法。特別行政區立法機關製定的法律須報全國人民代表大會常務委員會備案，備案不影響法律的生效。全國人民代表大會常務委員會如果認為特別行政區立法機關製定的法律與基本法相抵觸，可以將該法律發回，但不做修改。經全國人民代表大會常務委員會發回的法律自動失效，除非法律另有規定，該法律無溯及力。
（四）在特別行政區實施的全國性法律
1.特別行政區實施全國性法律的原則和範圍
從總體上講，全國性法律不在特別行政區內實施，但是，作為中華人民共和國的不可分離的一部分，有些體現國家主權和統一的全國性法律又必須在特別行政區內實施，以體現“一國”的要求。在特別行政區內實施全國性法律應遵循以下幾個原則：凡須在特別行政區實施的全國性法律都必須是載明在基本法附件三之中；在特別行政區內實施的全國性法律隻限於有關國防、外交和其他不屬於特別行政區自治範圍內事項的法律；對列在基本法附件三之中的法律如果需要修改，則應由全國人民代表大會常務委員會在征詢其所屬的基本法委員會和特別行政區政府的意見後決定；列在基本法附件三之中的法律並不是自動在特別行政區生效，而必須由特別行政區將這些法律在當地公布實施或者由特別行政區自己立法實施。
根據基本法附件三的規定以及全國人民代表大會常務委員會通過的有關增減基本法附件三的決定，在特別行政區實施的全國性法律有：《關於中華人民共和國國都、紀年、國歌、國旗的決議》、《關於中華人民共和國國慶日的決議》、《中華人民共和國國籍法》、《中華人民共和國外交特權與豁免條例》、《中華人民共和國領事特權與豁免條例》、《中華人民共和國國旗法》、《中華人民共和國國徽法》、《中華人民共和國領海及毗連區法》、《中華人民共和國香港特別行政區駐軍法》或《中華人民共和國澳門特別行政區駐軍法》。
2.在特定情況下全國性法律在特別行政區的適用
在特定情況下，即如果全國人民代表大會常務委員會決定宣布戰爭狀態或因特別行政區內發生特別行政區不能控製的危及國家統一或安全的動亂而決定特別行政區進入緊急狀態，中央人民政府可以發布命令將全國性法律在特別行政區實施。因此，在宣戰或緊急狀態情況下，國務院可以直接將全國性法律適用於特別行政區。什麼是“緊急狀態”，在我國憲法中沒有規定，但在基本法中有確切的內容，即是指發生特別行政區不能控製的危及國家統一或安全的動亂，此時通過發布命令在特別行政區實施的全國性法律是指與戰爭狀態或緊急狀態有關的全國性法律，並不是所有的全國性法律。
（五）適用於特別行政區的國際條約
大致可分為兩類：一類是特別行政區成立前就已在香港或澳門適用而在特別行政區成立後經轉換仍在香港或者澳門適用的國際條約；另一類是特別行政區成立後才開始在香港或者澳門適用的國際條約。
六、實行“一國兩製”（設立特別行政區的）的意義