一、特別行政區設立的理論依據和法律依據
憲法第31條規定：“國家在必要時得設立特別行政區。在特別行政區內實行的製度按照具體情況由全國人民代表大會以法律規定。”第62條在規定全國人民代表大會的職權時專門規定：“決定特別行政區的設立及其製度。”這是設立特別行政區的憲法依據。
（一）特別行政區製度的概述
1.特別行政區的概念
特別行政區，是指在我國行政區域內，根據我國憲法和法律的規定，專門設立的具有特殊法律地位，實行特別的社會、政治和經濟製度的行政區域。它是“一國兩製”構想的法律化和具體化，是從實際出發，解決台灣、香港和澳門問題，實現和平統一祖國的根本途徑，是一項適合我國國情的具有中國特色的政治製度。
2.特別行政區與普通行政區域的異同
特別行政區與其他一般行政區域相比，有許多相同點：
（1）它們都是中華人民共和國不可分離的部分，是我國地方製度的有機組成部分，不能脫離國家而獨立。特別行政區不是一個獨立的政治實體，不能代表國家行使主權和外交權；
（2）特別行政區和其他省級行政區域一樣都是中華人民共和國的一級地方行政區域，直轄於中央，受中央政府管轄；
（3）特別行政區和其他省級行政區域都選舉代表參加全國人民代表大會。特別行政區與其他一般行政區域的區別主要有以下幾方麵：
（1）地方政權體係不同：一般行政區域都分有不同的級別，如省、自治區、直轄市都下設市、縣（區）、鄉（鎮）等行政單位，而特別行政區不再下設任何政權單位，它是直接聯係群眾的政權組織；
（2）行使權力的大小不同：省、直轄市可以依法製定地方性法規，行使一定的自主權，自治區依法享有自治權，但它們都不能同特別行政區的高度自治權相比，特別行政區的某些自治權，如貨幣發行權、財政獨立權、司法終審權等，甚至超過了許多聯邦製國家成員國的權力；
（3）中央對它們的幹預程度不同：在特別行政區內，除與特別行政區有關的外交事務和國防事務由中央負責外，其他事務基本上全部由特別行政區政府負責管理，並自行製定法律和政策，而中央政府以及所屬各部門都不得幹預特別行政區自行管理的事務。而一般的行政區域則必須服從中央和國務院及其有關部門的統一領導。
（4）實施的法律不同：在各省、自治區、直轄市必須執行全國統一的法律和國務院製定的行政法規，而在特別行政區除極少數由法律明文規定必須在特別行政區實施的法律外，一般不實行全國統一的法律和行政法規。
3.特別行政區與民族自治地方的異同
特別行政區是從祖國統一這個大局出發，為台灣、香港、澳門這些實行資本主義製度的地區而專門設立的，特別行政區享有高度自治權。民族自治地方是為解決民族問題而實行的一項基本政治製度，它是在遵守憲法的前提下享有一定的自治權。
4.特別行政區與經濟特區也有本質區別
經濟特區是在一定的區域內，根據經濟發展條件劃出一定範圍，在對外經濟活動中，實行特殊的經濟政策，以達到促進本國或本地區經濟發展的目的。經濟特區不屬於行政區域劃分，是為了適應經濟體製改革的需要而采取的一項措施。我國現有深圳、珠海、廈門、汕頭、海南經濟特區。
（二）特別行政區設立的理論依據――“一國兩製”
“一個國家，兩種製度”，簡稱“一國兩製”，是指在中華人民共和國主權範圍內，在中央統一領導下，經最高國家權力機關決定，允許部分地區由於曆史原因而不實行社會主義製度和政策，依法保留不同於全國現行製度的特殊製度。“一國兩製”是設立特別行政區的指導方針。
“一國兩製”的科學構想，是中國共產黨在第十一屆三中全會以後為解決台灣問題而準備的。它是指在中華人民共和國內，大陸實行社會主義製度，港澳台實行資本主義製度，形成統一而不分割的主權國家。1984年12月29日，中英關於香港問題的《聯合聲明》在北京正式簽署，決定在1997年7月1日對香港恢複行使主權；1987年3月26日，中國和葡萄牙草簽了關於澳門問題的《聯合聲明》，決定在1999年12月20日對澳門恢複行使主權；1990年4月4日第七屆全國人民代表大會第三次會議通過《中華人民共和國香港特別行政區基本法》，1993年3月31日第八屆全國人民代表大會第一次會議通過《中華人民共和國澳門特別行政區基本法》，兩個特別行政區的設立則是“一國兩製”國策的現實化。
二、特別行政區的法律地位
特別行政區是根據“一國兩製”理論設立的，它具有既體現了“一個國家”，又實行“兩種製度”的特點。
（一）特別行政區的法律地位，即與一般行政區域的相同點
都是中華人民共和國不可分割的領土，是我國地方製度的有機組成部分，不能脫離祖國而獨立；特別行政區是中華人民共和國的一級地方行政區域，直轄於中央人民政府，不能脫離統一的國家管轄。
（二）特別行政區和其他一般行政區相比，又有其特殊性，構成自身的特點
1.特別行政區的政權是愛國者的政權，而不是人民民主專政。
2.特別行政區不實行社會主義製度和政策，保留原有的資本主義製度和生活方式50年不變。
3.特別行政區行政機關和立法機關由該區永久性居民依照基本法的有關規定組成。
4.原有的法律基本不變。
5.享有高度自治權。
三、中央和特別行政區的關係
中央和特別行政區的關係是指中央對特別行政區實行管轄和特別行政區在中央監督下實行高度自治而產生的相互關係。中央和特別行政區關係的核心是權力劃分和行使，即中央對特別行政區行使哪些權力，特別行政區被授予哪些權力以及中央對特別行政區行使權力的監督等。
（一）中央對特別行政區的管轄權
根據香港和澳門基本法的規定，中央在特別行政區行使的主要權力有：
1.中央人民政府負責管理特別行政區有關的外交事務。
2.中央人民政府負責管理特別行政區的防務。
3.中央人民政府任命特別行政區行政長官和行政機關的主要官員。
4.全國人大常委會有權決定特別行政區進入緊急狀態。
5.全國人大對特別行政區基本法享有製定和修改權。
6.全國人大常委會享有對特別行政區基本法的解釋權。
（二）特別行政區依法享有高度自治權
特別行政區享有高度的自治權，在立法、行政、司法、警察、財政等方麵實行高度自治。
1.權力上的高度自治。享有行政管理權、立法權、獨立的司法權和司法終審權。
2.人力上的高度自治。港人治港、澳人治澳。特別行政區立法機關和行政機關，由該區永久性居民組成。
3.物力上的高度自治。財政保持獨立，中央不向特別行政區征稅，特別行政區的收入全部用於自身需要。保持自由港、獨立關稅地區和國際金融中心地位。
4.中央人民政府授權特別行政區依照基本法自行處理有關對外事務。可以同各國建立互利的經濟關係；可以以“中國香港”、“中國澳門”的名義單獨同各地區、各國及有關國際組織保持和發展經濟、文化、商貿、旅遊等方麵的關係。
5.自行維護特區社會治安。國防由中央負責，特別行政區不負責駐軍的經費開支，駐軍不幹涉特別行政區的內部事務。
6.特別行政區實行雙語製。在香港，英語和中文都是法定語文；在澳門，葡萄牙文和中文都是法定語文。特別行政區除懸掛國旗、國徽外，還可使用特別行政區的區旗、區徽。
7.全國人民代表大會及其常委會和中央人民政府授予的其他權力。
特別行政區基本法還特別規定：特別行政區應自行立法，禁止任何叛國、分裂國家、煽動叛亂、顛覆中央人民政府及竊取國家機密的行為，禁止外國的政治性組織或團體在特別行政區進行政治活動，禁止特別行政區的政治性組織或團體與外國的政治性組織或團體建立聯係。
中央和特別行政區的關係，就是既要體現國家對特別行政區的主權，也要體現特別行政區的高度自治。
四、特別行政區的國家機關
（一）特別行政區行政長官
特別行政區行政長官是特別行政區的首長，代表特別行政區，對中央人民政府和特別行政區負責，又是特別行政區的行政首腦，領導特別行政區政府。
根據香港、澳門特別行政區基本法規定，特別行政區的行政長官由年滿40周歲，在本特別行政區通常居住連續滿20年，並在外國無居留權的本特別行政區永久性居民中的中國公民擔任。特別行政區行政長官任期5年，可以連選連任一次。特別行政區行政長官短期不能履行職務或缺位時，按照法律的規定由各司司長依次代理其職務。
行政長官在任期內如有下列情況之一者必須辭職：因嚴重疾病或其他原因無力履行職務；因兩次拒絕簽署立法會通過的法案而解散立法會，重選的立法會仍以全體議員三分之二多數通過所爭議的原案，而行政長官仍拒絕簽署；因立法會拒絕通過財政預算案或其他重要法案而解散立法會，重選的立法會仍拒絕通過所爭議的原案。
根據特別行政區基本法的規定，行政長官的職權主要有以下幾個方麵：