西安事變爆發的第三天，杜重遠剛回到江西，就被陳立夫軟禁。陳立夫認為杜重遠是張學良思想轉變的幕後策劃者，因而質問他：“西安問題，究竟如何解決？”“我完全同意共產黨的抗日主張，擁護‘八一’宣言！”杜重遠被押送南京並逮捕了杜手下十餘人，直到蔣介石生還南京才被釋放。
張學良被囚禁後，杜重遠第一個去看他，問他有何話說，張默無一語。杜重遠回到上海後，積極投入營救張學良的活動。他致函黃炎培、杜月笙，主張各界團結抗日，並在東北軍中進行宣傳解釋工作。西安事變和平解決，各方商討成立聯合政府，周恩來代表中共方麵，推薦宋慶齡、杜重遠、沈鈞儒等五人作為聯合政府負責人。
抗日戰爭爆發後，杜重遠冒著槍林彈雨，奔走於武漢和西北，利用各種集會，宣傳黨的抗日民族統一戰線，宣傳八路軍英勇抗日的輝煌戰果。他說，有八路軍“這種艱苦卓絕的精神，用來抗日，還有什麼可怕的呢？”此時，杜重遠的實業救國幻想已完全破滅，對腐敗透頂的國民黨政權也不再抱有希望。
新疆督辦盛世才聲稱“親蘇聯共”，邀請杜重遠去新疆工作。為此，杜重遠拒絕了國民黨為拉攏他而許諾的種種高官厚祿，謝絕了美國友人勸他去美興辦實業的邀請，拋棄了東北、江西、雲南等地的瓷廠。杜重遠還動員夫人侯禦之同去新疆，並寫信勸說侯禦之正在武漢報考大學的胞弟侯立達也去新疆。侯立達是位愛國青年，欣然接受杜的建議。
1941年5月，正是萬象更新，姹紫嫣紅的時節，但明媚春光絲毫也不能照亮盛世才的陰暗心裏。18日，當迪化城隱沒在大雨傾盆的夜色裏的時候，公安管理處的黑色汽車停在重遠家門前。一夥人闖進家中抄家，對杜重遠說：“盛督辦請你去談話。”
侯禦之不明了“談話”就是盛世才慣用的捕人方法，但已情知不妙，趁杜重遠換衣服時小聲問：“怎麼是公安處來人請？”
“他們保護我，”杜重遠微笑說。走出家門，重遠又回過頭來安慰妻子：“我去去就回來！”
侯禦之站在如注大雨中，呆望囚車遠去，轟然有淚衝進眼眶。這一夜，她聽著窗外淅瀝的雨聲和遠近的狗叫聲，徹夜未眠。
杜重遠被捕，一夜之間廚師傭人全部撤走，家中席卷一空，粒米無存。一天又一天，侯禦之天天都有數不盡的磨難和艱辛，軟弱無助幾乎淹沒了她的心。侯禦之想燒壺熱水，還要到遠處打井水。入冬以後的塞外出奇的寒冷，北風逼人，井邊冰滑。她這位學生出身的文弱女子幾次滑倒，險些做了井下之鬼。提水回來的路上，盛的特務暗放路障，使她跌倒在地，扭傷腰，椎間盤脫出，痛徹肺腑。孩子幼小，鄰裏又不敢同情“叛逆家屬”。侯禦之的情緒像波濤一樣澎湃泛漫，阻止不了自己的眼淚。她喊叫一夜，叫天不應，叫地不靈。侯禦之連續去特務機關要人，最後都被偵緝隊強行拖回，幾至氣斷身亡。
盛世才捏造罪名，誣陷杜重遠是“漢奸”、“托派”，並別有用心地要毛澤民主審。在審訊室內，杜重遠慷慨陳詞，揭露盛的陰謀。審訊結束，毛澤民據理說明，所謂“杜重遠陰謀暴動案”純屬捏造。
1943年3月的一個星期六，漫天黑漆漆的冷。深夜12時許，一輛小轎車開進督辦公署樓後，停在盛世才的住舍圍牆外。車內下來兩個人，一個是盛的內勤衛隊長，另一個身著軍裝，體形高胖，是軍醫處處長侯汝弼。侯汝弼手提小匣，由衛隊長引領，迅速走進會客室。會客室的長條桌上，擺著四個大玻璃盤，盤內放著新鮮水果，另外四個玻璃碟內放著小竹簽及茶杯、煙灰缸等。盛世才及時到場，示意衛隊長回避。在他親自監視授意下，這位軍醫處長立即動手，戴上口罩和膠手套，打開小提匣取出注射器，從小紙盒內取出一管“高效慢毒水劑注射液”，小心地吸入藥液，注入一個大而好的檸檬蘋果內，然後把外皮擦淨消毒。盛將這個蘋果做了暗記，即放回大玻璃盤內。
第二天午後2時許，兩名武裝衛士引領著杜重遠，來到盛的會客室。盛世才對杜先生寒暄了幾句，表情非常悠然自得。他說，今天是星期日，我的心情很愉快，特請重遠兄聊聊天，隨便吃點水果。談到被拘禁情況時，盛虛偽地說，老朋友受委屈了，關於涉及重慶的來往信件，已查清沒啥問題，過幾天待手續具結後，準備歡送你們全家回重慶。盛世才親自動手由盤內拿起一個大而好的檸檬蘋果，用小刀削淨皮切成四瓣，放在碟內插上竹簽，雙手遞給杜重遠。杜重遠以感謝的心情起立接過，很自然地吃了兩瓣。盛邊說話邊拿小刀走向牆邊洗滌手和刀後，又從盤內取了一個檸檬蘋果，用小刀削皮切開，放在果碟內插上竹簽也照樣吃著。談話約一小時，盛說有事外出，恕不留客吃飯了，請原諒。杜重遠辭別後，仍回拘留所。