文藝複興給了醫學兩個最為不朽的影響：人文主義和解剖學。前者使醫生改進療法，創新了醫療器械，體察患者在治療時承受的痛苦並努力減輕乃至消除這種痛苦。後者將解剖學從外科學中分離出來，使得醫學實踐重新為人們重視，而不再糾纏於瑣碎哲學的邏輯推演中。此後，醫生們開始為醫學，為健康，也為科學及文化問題賦予新的意義，激發了理念，觀察能力也為之一新。17—18世紀是理性張揚的時代，醫學獲得了長足的發展：血液循環理論的構建、現代物理學與化學的發展、顯微鏡的發明、病理解剖學的建立、牛痘接種法的發明……正是在這個基礎上，醫學開始煥然一新，越來越具有了後來人們所熟悉的醫學麵貌。19世紀是醫學的黃金時代，西方醫學經曆了從醫院醫學到實驗室醫學的曆程；預防醫學的出現與發展使當時的人們掌握了對抗大規模流行病的法寶；西方醫學自16世紀初傳入中國，19世紀後大規模地輸入中國，在很短的時間內就確立了鞏固地位，並對中國的傳統醫學產生了巨大的衝擊和影響，一些有識之士開始客觀地看待中國傳統醫學與西方醫學，結合二者之長，走上了中西醫彙通之路，這些標誌著現代醫學在東西方正式地確立起來。
5.1從經驗到科學實驗的曆程——醫院醫學與實驗醫學
西方醫學在19世紀上半期進入了以醫院為中心、以病理解剖為基礎、以物理診斷為特征的醫院醫學。隨著對科學實驗的重視，在19世紀下半期實驗室逐漸確立了其在醫學領域的中心地位，醫學的實驗研究與臨床研究成為兩個既有聯係又相互獨立的領域。
5.1.1醫院醫學
世界上最早設置的醫院在中國。遠在西漢武帝年間，黃河一帶瘟疫流行，政府就在各地設置醫治場所，配備醫生、藥物，免費給百姓治病。歐洲最早的醫院組織是4世紀左右基督教婦人建於羅馬的醫療所。中世紀後，歐洲分布著大量的醫院。
在18世紀早期的啟蒙運動時期，醫院作為一種慈善機構得到了迅速的發展。在法國和意大利，醫院既照料患者，同時也收容乞丐、孤兒、老弱者、妓女、失業者、瘋子等五花八門的社會不幸者。當時歐洲的醫院衛生條件差、擁擠不堪、設備匱乏、死亡率高。如當時巴黎最著名的主宮醫院一張病床竟安置3位患者，對傳染病患者也沒有隔離，外科手術也在病房進行。
法國大革命以後，醫院逐漸成為醫學教育和研究的中心及醫學權威的象征，因此，19世紀早期的歐洲醫學又被稱為“醫院醫學”。在當時以醫院為核心的新的醫學教育體係中，外科與內科獲得了同等重要的地位，屍體解剖得到法律的允許，從而逐步形成了以病理解剖為基礎、以物理診斷為特征的醫院醫學。
在診斷方法方麵，醫院醫學擺脫了單憑經驗診治患者的束縛，以更加客觀的物理診斷為工具，采用數學分析的方法，極大地促進了臨床醫學的發展。視診、觸診、叩診和聽診是西醫的四種基本物理診斷方法。在19世紀之前，醫生也運用五官來進行診斷，如傾聽患者訴說病症、觀察舌頭和尿樣等，但很少直接進行軀體檢查。奧恩布魯格發明的叩診法在很長一段時間也並沒有引起人們的重視。
19世紀初，法國巴黎慈善醫院醫生、醫學院臨床醫學教授科爾維沙認識到叩診法的診斷價值，於1808年將奧恩布魯格方法譯成法文，並附以長於原文4倍的詳細評析。此外，他還設計製造了叩診板與叩診錘，發明了間接叩診法。科爾維沙曾是拿破侖的私人醫生，在法國醫學界享有很高的聲譽，在他的推動下，叩診法開始得到醫學界的廣泛重視和應用。1838年以後，叩診的聲學原理得到了合理的解釋，叩診的方法也得到進一步的改進，即醫生用左手指背做叩板，用右手中指叩擊左手背進行叩診，此法一直沿用到今天。
醫院醫學臨床學派的另一重要貢獻就是聽診器的發明。法國巴黎醫學院醫生雷奈克發明的紙筒聽診器為現代聽診法奠定了基礎。
19世紀，診斷學上還有一項重要貢獻就是X射線的發現。德國物理學家倫琴（1845—1923）1895年在研究真空放電時發現X射線，揭開了現代物理學革命的序幕，使醫學發生了革命的變革。
此外，隨著有機化學和分析化學的發展，臨床醫生開始利用化學分析的檢驗方法來協助臨床診斷，如建立了血、尿、糞三大常規檢驗方法等。不久，實驗室檢查成為醫院診斷疾病的常規，各種檢查陸續引入臨床，如尿的膽色素試驗（1827年）、血氣定量分析（1837年）、尿糖檢查（1841年）、尿蛋白定量（1874年）、血小板計數（1878年）等。這些方法的引入，使得疾病診斷更加客觀、準確。
5.1.2實驗室醫學
19世紀後半期，實驗室研究開始成為醫學知識的新的增長點。其實，實驗室研究並不是19世紀的創新。早在17世紀初，英語中就有了“laboratory”（實驗室）一詞，指人們工作的地方。啟蒙運動時期，“laboratory”已成為專指研究化學和其他自然科學場所的詞彙。
實驗室在醫學領域的中心地位於19世紀逐漸形成，當時出現了一批專門“搞”科學的人：他們從事實驗研究，參加專業學會，在專業雜誌上發表論文，並用部分時間將自己和同行的科學發現傳授給學生，這些人被稱為“科學家”，在醫學領域裏分化出了“生理學家”“病理學家”“細菌學家”等。醫學的實驗研究與臨床研究成為兩個既有聯係又相互獨立的領域。
最先分化出來的是“生理學家”。19世紀中葉以後，德國的大學教育和科學研究發展迅速，許多大學相繼建立了各類專科研究所，有力地推動了科學研究的深入，德國躍升為歐洲科學的中心。在醫學領域，首先是生物化學從生理學中分化出來，1824年，德國化學家李比希（1803—1873）在吉森大學建立化學研究所，倡導以定量分析的方法研究生命體的化學組成。他通過檢測攝入的食物、水、氧氣與排出的尿素、水、二氧化碳等物質，推測出動物（或人）體內化學過程的大致情況。在他的鼓勵下，研究人員對肌肉、肝髒等器官組織和血液、汗、尿液及膽汁等體液進行了化學分析，測量有機體內食物、氧氣消耗與能量產生之間的關係。此後，科學家們對蛋白質的組成進行了一係列的研究，到19世紀末，組成蛋白質的20種氨基酸就發現了13種。李比希的工作奠定了生物化學的基礎。
此外，當時的醫學家們還對神經、呼吸、消化、內分泌等係統的生理學和生物化學進行了深入研究，特別是在神經和消化方麵的成果令人矚目。德國學者穆勒（1801—1858）對人和動物的感覺器官的功能與結構進行了深入研究，證明了性質不同的刺激作用於同一器官，可以產生同樣的感覺，而同一種刺激作用於不同的感官，則可引起不同的感覺。例如，光刺激眼引起光覺，機械壓迫或電刺激眼也引起光覺；而電刺激視、聽、嗅等感覺器官時，則分別引起光、聲、氣味等不同的感覺。由此，他認識到每一個感官都有其特殊的感覺，而不同的感覺決定了不同感官的特有結構和功能，從而為感覺生理學研究奠定了基礎。
英國人柏爾（1744—1842）提出了脊髓神經根法則，即脊髓前根是運動神經纖維，後根是感覺神經纖維，這兩種纖維可以混合在一根神經內，它們隻在和脊髓連接時才互相分離。柏爾還發現第Ⅴ對腦神經（三叉神經）具有運動與感覺兩種功能。麵神經是運動性的，當麵神經受損傷時，可導致顏麵癱瘓。因柏爾首先發現這一現象，所以又稱之為柏爾癱瘓。由於柏爾提出了許多神經生理學的基本概念，人們尊他為近代神經生理學的先驅。
法國生理學家伯爾納（1813—1878）提出了“內環境”及“內環境恒定”等對現代生理學的發展具有重要意義的概念。他通過實驗闡明了唾液、胃液、腸液、胰液等一係列消化液在食物消化過程中的作用。他研究了糖原生成、輸送、儲存及代謝的全過程，進行了著名的“伯爾納糖刺試驗”，證明了延髓存在血糖調節中樞。伯爾納對糖原的一係列研究開辟了消化生理學的新紀元，因為闡明新陳代謝中各個複雜的途徑以及調節它們的酶、激素和神經因素等，至今仍然是生理學一項龐大的未竟任務。伯爾納《實驗醫學研究導論》是生理學史上裏程碑式的著作。
細胞學說提出後，醫學家也嚐試用細胞理論解釋病理現象，標誌性成果是細胞病理學的建立。1858年，德國病理學家魏爾嘯（1821—1902）出版了《細胞病理學》，提出了細胞病理學的基本觀點，即所有的細胞均來自細胞；所有的疾病是由生命細胞發生自動或被動的紊亂引起的；細胞之所以能發揮其功能，是因為其內部發生的物理和化學過程，顯微鏡能展現其中的某些變化；細胞結構的反常情況包括正常結構的退化、轉化和重複。
魏爾嘯認為所有的病變都在細胞，但奧地利醫生羅傑坦斯基（1804—1878）提出有時細胞還沒有病變，人也會生病。羅傑坦斯基認為是體液的影響，人體內除了細胞外，還有很多其他的成分，大分子、無機鹽等，它們的變化也能引起疾病，而細胞病變可能是這些體液變化的結果。羅傑坦斯基與魏爾嘯開始論戰。當時由於分子生物學還沒有建立起來，羅傑坦斯基的觀點一時還得不到實驗的證明，而魏爾嘯可以用顯微鏡觀察組織切片提供強有力的證據，羅傑坦斯基最後向魏爾嘯認輸，承認自己還缺乏有力的證據。直到20世紀，血液的化學成分明晰，分子生物學、內分泌學建立以後，羅傑坦斯基的這個問題才解決。
此外，藥物學研究也突飛猛進。我們現在所謂的西藥是在19世紀才同傳統藥物區分開的，其核心是利用化學方法提取出傳統藥物中（主要是從植物中）的有效成分。在此之前，西方的用藥和中藥是差不多的。雖然沒有君臣佐使、配伍、陰陽五行這些說法，但他們有自己的體係，配方也很複雜，有的大方子也是100多種藥混合在一起。後來的經驗發現，這樣用藥效果可能不一定好。隨著化學的進步，將有效成分提取出來可能更能解決問題。
1806年，從鴉片中提出了嗎啡；1817年，從吐根中提出了依米丁；1818年，從馬錢子中提取出士的寧；1819年，從金雞納樹皮中提取出奎寧；1821年，從咖啡中提取出咖啡因；1828年，人工合成了尿素；1831年，人工合成了氯仿。
19世紀，實驗儀器和實驗方法隨著實驗室醫學的發展，也出現了眾多發明和改進，而實驗儀器的發明和實驗方法的改進又可促進新的醫學發現，這是一個相互促進的過程。
1791年，意大利解剖學和醫學家伽伐尼（1737—1798）設計了青蛙的神經肌肉裝置，將神經和肌肉用兩種不同的金屬連接起來，當這兩種金屬互相接觸時，均可引起肌肉收縮。他認為蛙腿的收縮是由於神經肌肉組織呈現瞬時電流的緣故。當時人們認為這是一種“動物電”，稱之為“流電”。但意大利物理學家伏打（1745—1827）則認為“流電”與動物沒有任何關係，肌肉的收縮乃電流刺激的結果。直到1845年，柏林大學的雷蒙（1818—1896）設計了一種靈敏的電流計，證明神經在受刺激時，沿著神經衝動的方向確實發生了電位變化。雷蒙發明的感應電刺激器，在生理學教學實驗中得到廣泛的應用。1879年，希司（1863—1934）第一次記錄到心髒電脈衝，證明心髒是人體內最強的發電機，伽伐尼的學說才得到令人信服的證實。
德國的韋伯兄弟，E.韋伯（1795—1878）、W.韋伯（1804—1891）和F.韋伯（1806—1871），將物理學方法引進生理學研究，描述了對脈搏波的速率測量，解釋了脈搏波的形成及其傳導。韋伯兄弟還首次應用電磁裝置刺激迷走神經，使心跳變緩以至停止，刺激交感神經時則可促進心髒搏動加速，這個實驗對研究血液循環有重要意義。
在研究方法上，生理學研究也從實驗動物器官的離體研究，發展到保持實驗對象的機體完整性，在與外界環境統一的條件下研究其生理功能。在這方麵做出傑出貢獻的是俄國生理學家巴甫洛夫（1849—1936），他在消化生理和高級神經活動的研究中采用這種綜合性的研究手段，他的成功對後來生理學的發展產生很大影響。
西方醫學在19世紀經曆了從重視病理解剖、物理診斷的“醫院醫學”向重視實驗研究的“實驗室醫學”的發展過程。這個過程使得醫學的實驗研究與臨床研究成為兩個既有聯係又相互獨立的領域。醫學實驗發現的新知識很快就可以在臨床上得到應用；而臨床中發現的問題也可以在醫學實驗中得到解決，二者的相互結合，為後來醫學領域的飛速發展奠定了堅實的基礎。
5.2流行病克星的出現——預防醫學的發展
從18世紀開始，人們開始關注大規模傳染病的預防問題，預防醫學從軍隊內部發端逐漸擴展到公共衛生領域，最終從醫學中獨立出來，成為一門新興的學科。
5.2.1預防醫學的起源
到了18世紀，隨著資本主義興起和思想上的變革，人們開始關注預防醫學及其社會性。其實，關於預防疾病的重要性，中外醫學史上早有論述。公元前8—前7世紀，我國《易經》中就提出“君子以思患而豫（同‘預’）防之”，這是“預防”兩字在古代最先應用的例子。《淮南子》上寫道：“良醫者，常治無病之病，故無病。”後來《黃帝內經》提出“聖人不治已病治未病”的預防思想，分析發病的內外因素，闡述“祛病延年”的養生方法。在國外，希臘“醫聖”希波克拉底寫了《空氣、水和居地》一文，說明環境和疾病的關係。唯物主義哲學家德謨克裏特（約前460—約前370）很注意醫學，主張調動機體本身的抵抗力以防病。他寫信給希波克拉底說：“人們用禱告向神乞求健康，而不知道他們自己握有保持健康的方法。”他充實了預防思想的內容。
但是這些思想僅僅是直觀的和零散的，沒有形成完整的理論。歐洲18世紀對預防醫學的重視，首先是在軍隊內部形成的，因為當時隻有在軍隊範圍內，才有可能對受傷和生病的士兵進行監督、觀察和疾病的統計。
為預防醫學做出突出貢獻的要數英國的學者林德（1716—1794）。他對壞血病進行了比較深入的研究。他那個時代，在海上長期生活的人，大多患有壞血病，常常不治而死。根據他的研究，常吃蔬菜和檸檬就可預防壞血病。另外，海上生活淡水是一大必需品，林德想出一種蒸餾海水的方法。為了預防海上傳染病，他提出一些預防規則。他還發表過歐洲人在熱帶地方積累的關於疾病的知識，可以說這是研究熱帶病的開始。
18世紀英國著名的探險家詹姆斯·庫克（1728—1779），曾按照林德提出的方法而完成了他自己偉大的探險事業。他在1768—1771年曆經3年半的時間到南太平洋探險，途中經曆了無數的艱難險阻，在110名海員中，隻有1人沒能順利返航。這個成績在遠洋航海史上是非常驚人的，其中林德提出的海上預防疾病方法功不可沒。
從18世紀後期開始，歐洲公共衛生設施開始逐步建立和完善，人們的生活質量也得到逐步提高。其中表現最突出的就是海港檢疫。海港檢疫對防止傳染病的流行起到一定作用，特別是有效地控製了鼠疫的發生。18世紀末到19世紀初，在東歐和西亞地區，仍有鼠疫發生，而且常常蔓延到歐洲各地，據記載，1709年俄國因鼠疫而死亡達15萬人，1719年鼠疫泛濫到歐洲，1720年法國的地中海港口馬賽暴發的大規模鼠疫就是因為沒有實行檢疫造成了大量人口死亡。當時商船大聖安圖望號經過正在暴發瘟疫的塞浦路斯後開往馬賽。途中一名土耳其乘客死後數名船員也相繼死去，包括船上的醫生。到達馬賽後港口機關立刻下令隔絕。馬賽當時擁有與累範特的貿易壟斷，港口從中東和當時正在出現的新世界進口大量貨物。市內有權勢的商人急需船上的絲綢和棉花，因為他們想把這些貨物及時運到一個博覽會去銷售。因此他們強迫港口機關取消隔絕措施。數天後市內就暴發了瘟疫。