2.權利人損失與侵權人獲利的關係。我國專利法將“權利人因被侵權所遭受的損失或者侵權人因侵權所獲得的利益”作為落實“填平原則”的第一選擇，並且將二者相提並論，目的是方便權利人在訴訟中進行選擇和法院查明事實，但存在以下問題：首先，二者不是相對應的概念。以“權利人因被侵權所遭受的損失”確定賠償數額符合“填平原則”，而“侵權人因侵權所獲得的利益”則具有多樣性形態，該利益往往是一個混合體，既包括由於侵權行為所帶來的利益，也可能包括其他因素所帶來的利益，從“侵權人所獲得的利益”分離出“侵權人因侵權所獲得的利益”幾乎是不可能的。事實上，實踐中往往把“侵權人所獲得的利益”混同為“侵權人因侵權所獲得的利益”，從而偏離了“填平原則”。其次，將二者相提並論，不利於促使專利權人積極地履行舉證義務。雖然專利法規定的“權利人因被侵權所遭受的損失”體現了損害賠償與侵權之間的因果關係，但又缺乏證明要求的具體規定，導致審判中形成這樣的認識：凡是有侵權行為發生，就推定專利權人必然受到了損失。因此，客觀上免除了專利權人對因果關係的舉證責任。可見，我國專利權人對損害賠償確定標準的使用掌握著主動權。
2.合理使用費的倍數與懲罰性賠償的關係。專利許可的使用費是指專利權人以專利法第11條賦予的排他權為由，將自己的專利權許可他人使用時收取的有償費用。由於《專利法》第60條和司法解釋規定隻有在專利權人的損失或者侵權人獲利難以確定的情況下，賠償數額可參照許可使用費的1至3倍確定。那麼，對1倍以上3倍以下使用費的標準計算賠償額，是否屬於“懲罰性賠償”？從我國民法侵權理論分析，奉行的是“填平原則”，但也存在“懲罰性賠償”的法律規定。使用費“倍數”的確定，屬於法官“根據侵權情節、專利的類別、專利許可使用費數額的大小、性質、使用範圍、時間等因素予以確定”的自由裁量範圍。其中“根據侵權情節”，或多或少地體現了“懲罰性賠償”；而考慮“專利類別”恰恰是具有中國特色專利製度帶出的問題。在實用新型和外觀設計專利穩定性值得質疑的情況下，專利權人怎麼可以享有1倍以上3倍以下使用費的“懲罰性賠償”權利？究其原因是我國長期以來把“對專利權的保護力度”與“對專利權人的保護力度”混淆起來，對專利製度的宗旨認識存在偏差，沒有認識到“對專利權的保護力度”包含著保護專利權人與保護社會公眾合法權益兩個方麵，應當平衡二者的利益。在確定損害賠償時，往往從保護專利權人的利益出發，盡量不讓侵權人在經濟上占便宜，而沒有意識到違反填平原則下的賠償在某種程度上是專利權人的“不當得利”。