抗日戰爭期間輾轉於上海、廣州、桂林、重慶，曾任《呐喊》周刊（後改名《烽火》）發行人、主編，擔任曆屆中華全國文藝界抗敵協會的理事。1938年和1940年分別出版了長篇小說《春》和《秋》，完成了“激流三部曲”。1940年至1945年寫作了“抗戰三部曲”《火》。抗戰後期創作了中篇小說《憩園》和《第四病室》。1946年完成長篇小說《寒夜》。短篇小說以《神》、《鬼》為著名。抗戰勝利後主要從事翻譯、編輯和出版工作。
1949年以後，曆任全國文聯三、四屆副主席；中國作協副主席、主席，作協上海分會主席、名譽主席，上海市文聯主席，《收獲》和《上海文學》主編，曆任第一、二、三屆全國人大代表，第五屆全國人大常委，第六、七、八、九屆全國政協副主席等職。現任中國作協主席、全國政協副主席。多次出國訪問，創作了大量散文遊記，以及反映朝鮮戰爭的短篇小說集《英雄的故事》、《李大海》等，以歌頌新的時代和歌頌英雄為主調，並與作家靳以創辦合編大型文學刊物《收獲》。
1958年到1962年，《巴金文集》14卷陸續由人民文學出版社出版。文化大革命中遭到迫害，以致失去愛妻。1973年起悄悄翻譯俄國民主革命家赫爾岑的回憶錄《往事與隨想》。
1966年開始的“文化大革命”，把整個中國變成了人間煉獄。一大批傑出的學者、專家遭到了嚴酷的迫害，巴金也不例外。
他被點名為“資產階級學術權威”，被迫誦讀“語錄”，交代“罪行”，並隨時示眾接受批判。其餘的大部分時間則從事掏陰溝、拔草、揀菜、洗碗等勞動。這對一個已年過六十的老人來說並不是一件輕鬆的事。
一天晚上，紅衛兵闖進巴金的家，用銅頭皮帶把他的妻子蕭珊的左眼抽腫了，並把他倆關進了衛生間，然後把家抄翻得一塌糊塗。
隨著批鬥的深入，他的胸前被掛著寫有“牛鬼蛇神某某”的牌子，每天早、中、晚三次，要和其他同樣被批鬥的人站成一列，先背“語錄”，然後低頭認罪，最後高舉“紅寶書”，祝“萬壽無疆”。一代文學大師就這樣被迫進行如此荒唐的“早請示，晚彙報”的儀式。後來還掛出了“徹底打倒上海文藝界的黑老K——巴金”的標語，成立了專門的“打巴小組”。
麵對肉體的折磨和精神、人格的淩辱，巴金也曾想到過死。當時就有很多人忍受不下去而選擇了自殺。但經過激烈的思想鬥爭，巴金想到了自己的家人，他還是咬緊牙關選擇了痛苦地堅持下去。
1978年“文革”結束後，以沉痛的心情反思知識分子在20世紀所走過的道路和教訓，並以個人為解剖對象，寫作了五卷《隨想錄》（包括《隨想錄》、《探索集》、《真話集》、《病中集》、《無題集》），總結文化大革命的曆史教訓，挖掘知識分子心理缺陷，提倡建立中國現代文學館和文革博物館，寫得沉重、真誠、深刻，被文化界譽為是“一部說真話的大書”。
巴金1982年獲意大利“但丁國際獎”，1983年獲法國“榮譽軍團勳章”，1984年獲香港中文大學榮譽文學博士學位，1985年獲美國文學藝術研究院外國院士稱號，1990年獲前蘇聯“人民友誼勳章”，1990年獲日本福岡“亞洲文化獎創設特別獎”，1993年獲亞洲華文作家文藝基金會的“資深作家敬慰獎”，1998年獲第四屆上海文學藝術獎傑出貢獻獎。
巴金晚年出版隨筆集《再思錄》、整理出版《巴金全集》（26卷）、《巴金譯文全集》（10卷）等。由於在思想上和文學上的突出成就，也由於在20世紀中國知識分子道路探索上的典型性，80年代以後一直成為學術界研究中國20世紀文學和知識分子道路的重要對象，自1989年起，全國共召開過四屆巴全國際研討會，出版過十幾種研究年譜、傳記和理論專著。
中國一代文學巨匠巴金2005年10月17日19時零6分在上海逝世。