《教育組織基本法》並沒有針對獲得完全自主權的高校規定相關的評估和認證程序，因此上文提到的各種管理形式均不適用於自治高校。但是在該時期末期，一些高校（尤其是傳統大學）開始擔憂質量問題，並發起了自我評估試點計劃。
第三個時期：院校責任邏輯下的質量評估
該時期從1999年開始實施的“高等教育質量與公平計劃”一直持續至今。
“高等教育質量與公平計劃”的目的明確指向改善高等教育係統質量。該計劃是20世紀90年代末期在分析智利高等教育所遇到問題的基礎上醞釀而成的。當時，智利高等教育在質量方麵遇到的問題主要體現在：缺少指導管理機構開展工作的法律法規；缺乏監督和評估高等教育係統的統一性、協調性體製；私立高校擔心國家機構的幹預；缺乏專門的監督規章製度落實情況以及提供信息谘詢的機構；缺少對專業和高校進行認證的體製；缺少適當的公開發布信息的機製。
麵對這種現實，“高等教育質量與公平計劃”提出通過讓高校承擔更大的責任，以及向高校提供指導和幫助，來改善高等教育質量，提升高等教育係統滿足社會需求的能力。由於評估和認證都是高校自願參與的，因此許可進程的不斷推進以及自治高校數量的不斷增多反映出“高等教育質量與公平計劃”取得了實效。在“高等教育質量與公平計劃”出台之時（現在還是這樣），除了各高校所負有的責任和作出的社會承諾外，智利還沒有形成規範自治高校授予資格證書的機製（或者說是規範自治高校教學、校舍和招生等方麵的機製）。
該時期，基礎和初步運行階段對高校和專業的評估以及這兩個階段對高校的監督和信息公開都延續了以前的模式。
而在自主運行階段，在“高等教育質量與公平計劃”的推動下，智利成立了全國本科教育認證委員會（CNAP）和全國研究生教育認證委員會（CONAP）。這兩個委員會旨在促進和提升各個層次高等教育認證和改進活動的質量。智利高校已經普遍接受了認證和改進活動的自願性，參與高校的不斷增多就反映了這個問題。〔12〕
在自主運行階段初期國家認證委員會（NationalAccreditationCommission）組建了14個以上覆蓋多個學科的專業技術委員會，並由這些委員會製定了各專業的評估標準和質量標準。截至2006年3月，國家認證委員會對280餘個專業進行了認證（其中建築8個、農業16個、健康科學15個、化學11個、藥學11個、工程18個、教育81個、會計7個，其他學科101項）。同時，國家認證委員會還對另外570餘個專業開展了認證。
目前，智利高等教育係統中有多數學生就讀於經過認證的學科領域，而且這種認證也囊括了智利最著名、最具影響力的大學。因此，毋庸置疑，全國本科教育認證委員會對各高校所作出的認證決定對公眾造成了很大的影響。全國本科教育認證委員會對52所高校作出了認證決定，其中34所大學、6所專業學院和3所技術培訓中心通過了認證。認證結果表明，有68%的大學、64%的專業學院和80%的技術培訓中心是合格的高校
此外，全國本科教育認證委員會還收集了各種資料，培訓專業人士和外部評估人員，組建了顧問團，組織各校評估事務的負責人到該領域做得好的國家進行訪問、學習，以及舉辦國際會議商討認證問題。如今，院校認證和專業認證已得到學術界的驗證和認同，並成為維護高等教育質量的有效的和不可或缺的手段。同時，高校管理或自我管理體係也已成為認證過程中的一個重要組成部分。