合作網絡和計劃把拉美國家緊密聯係起來，這已成為増強本地區與其他發達國家競爭能力以及適應市場規則要求的重要戰略。隨著國際化、地區和次地區一體化行動、各國間聯合項目和計劃的發展，拉美和加勒比國家的認證在語言、標準和活動上將不斷得到協調。
然而，拉美和加勒比國家在建立評估和認證組織、應用評估和認證模式上仍存在很多的困難和偏差。國家之間、高校之間的不平衡性和差異性非常顯著，而且在內部和外部評估以及在以改進和質量保證為指向的評估上都不同程度地存在問題。
拉美和加勒比國家在評估和認證上遇到的困難包括：
●高校內部並非所有的學術單位都具有自我評估的經驗；
●評估活動經常會遭到來自高校內部一些學術部門的阻力；
●在很多情況下，評估標準和目標的不透明導致了高校對評估的不信任；
●需要營造公開討論評估問題的氛圍；
●大學界缺乏變革的活力；
●實行大規模的教育評估需要投入大量的人力、財力和設備資源；
●各國在收集和整理恰當、有效的信息上還存在很多困難；
●各國在製定完善的文件上缺乏經驗；
●各國高校的發展水平非常不均衡；
●高校在認識和理解評估與認證組織製定的標準和規則上尚存在困難。
並非所有的國際性和跨國性質量標準都適合拉美國家大學的實際情況。除了要達到國際性教學和科研標準以外，高等教育還必須積極參與到各國的國家發展計劃和戰略之中。因此，評估和認證標準必須考慮適切性、民主化、社會公平、地方和地區發展以及公眾關注的問題。
雖然拉美各國在評估和認證方麵取得了一些重要的進展，但是各國的評估和認證體係還未能消除普遍存在的政府與學術界之間的兩極化問題。評估和認證過程的過度政治化導致學術界中很多重要領導不願再與政府溝通對話，也使得政府的公共政策難以得到落實。
官僚主義是本地區評估和認證麵臨的一個主要問題。當集體參與、反思、質疑以及對困難和可能的分析成為機械任務的時候，便會滋生官僚主義。認證組織經常會要求高校提交多種多樣的詳細信息並要求高校服從名目繁多的規章製度，很多高校對這種過度管製感到窒息。而更為重要的是，官僚主義還會削弱高校的自主權，迫使其遵守各種外部要求。官僚主義妨礙了有效的、參與式和反思式的自我評估文化的發展，也阻礙了院校和培養項目轉型戰略的建立。
道德淪喪往往是評估和認證活動官僚化以及腐敗和欺詐現象頻生的原因所在。當高校為排行、經費和學術聲譽展開激烈競爭的時候，當認證過程過於強調考察量化成果和辦學績效而非學術改進的時候，就會出現提供虛假信息、放鬆標準、收受額外津貼、收受賄賂、暗箱操作、玩忽職守、浮誇虛妄、徇私舞弊等各種腐敗行為。
很多評估和認證活動都無法為社會提供有關高等教育係統和高校情況的有益信息。而且拉美和加勒比國家的社會公眾也極少有機會參與評估和認證活動。同時，媒體發布的不客觀的資料，尤其是各種不科學的排行，使得情況更加糟糕。這類出版物向社會傳遞了有違於高校和培養項目質量實情的信息。
高校自我管理的效果往往是模糊的，而且存在著巨大的差異。雖然拉美和加勒比各國教育部為改進高等教育係統或遏製劣質高校和培養項目的湧現而采取的措施取得了很大的成效，但是不可否認的是，本地區的認證活動剛剛起步，仍處於文化建設的階段。