5.鑒定機構的管轄不同。指派鑒定實行部門管轄、地區管轄原則。聘請鑒定中麵向社會服務的司法鑒定機構自身無級別限製，也無地域管轄限製。委托方可根據被鑒定問題的性質、難度和案情特點，選擇技術水平、儀器設備、信譽程度相應的鑒定機構和鑒定人。
（二）申請――決定模式
申請――決定模式是指訴訟當事人、辯護人、代理人提出司法鑒定要求，司法機關做出是否同意啟動鑒定的模式。我國《刑事訴訟法》第121條規定：“偵查機關應當將用作證據的鑒定結論告知犯罪嫌疑人、被害人。如果犯罪嫌疑人、被害人提出申請，可以進行補充鑒定、重新鑒定。”《刑事訴訟法》第159條規定：“法庭審理過程中，當事人和辯護人、訴訟代理人有權申請通知新的證明人到庭，調取新的物證，申請重新鑒定或者勘驗。法庭對於上述申請，應當做出是否同意的決定。”第125條規定：“當事人要求重新進行調查、鑒定或勘驗的，是否準許由人民法院決定。”
在這種模式下，鑒定申請的主體是犯罪嫌疑人、被告人、被害人、辯護人、代理人。但鑒定的決定權則在司法機關手中。申請鑒定是訴訟參與人一項權利，也受到一定條件的限製：案件已進入偵查或訴訟程序，偵查活動之前或訴訟結束之後不存在該種模式；在該訴訟階段能夠完成鑒定。我國《刑事訴訟法》規定了偵查、起訴、審判的時期，鑒定時限必須服從訴訟階段時限；鑒定的事項和要求明確，不能使用模糊和有歧義的語言；能夠提供相應的鑒定資料和檢材；申請人具備相應的行為能力。
鑒定的決定權是和鑒定的申請權相對應的一項權力。刑事公訴案件中，享有偵查、起訴、審判權的司法機關才有鑒定的決定權。偵查階段由公安、安全和檢察機關決定；起訴階段由檢察決定；審判階段由法院決定。
通過以上分析，可以看出：在我國刑事鑒定啟動主體的多元化、啟動類型的概括化（包括初始鑒定、補充鑒定、重新鑒定）、當事人啟動權被虛化，是我國司法鑒定啟動程序的重要特征。
二、對我國司法鑒定啟動程序完善的思考
司法鑒定程序啟動模式的改革應當與審判方式的改革密切相關。對超職權主義審判方式的改革使我們再回到以職權主義為中心的時代已不太可能，但當事人主義訴訟模式的發展，在我國也將受到文化傳統、法治環境、司法資源等條件的製約。因此，今後的發展方向是借鑒並吸收兩大法係的優點，從中國司法實際出發，建立起以當事人主義為基調，結合職權主義的混合訴訟模式。要不斷深化審判方式改革，逐步取消法院或法官收集證據的職權。真正實現從人證到物證，從司法證明到當事人證明的曆史性轉變。
（一）設置並保障當事人的司法鑒定啟動權
現階段尤其要加強對當事人的授權。要本著相信人民群眾，依靠人民群眾的觀點，充分調動當事人的積極性、能動性，保障其收集證據（包括鑒定證據）的合法權益。在中國，老百姓的權利不是多了而是太少了，中國老百姓太需要權利來支撐其社會人的地位。
隨著訴訟民主的呼聲越來越高，賦予當事人自主啟動鑒定程序的權已成為大勢所趨。
1.訴訟的本質是訴與訟的對立統一。目前我國訴訟中，尤其是刑事訴訟，主要的鑒定資源為官方壟斷、鑒定啟動權也為官方壟斷。辯方在收集證據、當庭質證中均處於劣勢，勢必造成訴訟關係失衡，妨礙司法公正的實現。鑒定的啟動權本質上不是公權力的組成部分，而是控辯雙方實現維護本方合法利益的程序工具。