到了順治十八年（1661）八月，清朝四川巡撫高民瞻，提兵由保寧恢複成都，“時成都城中，絕人跡者十五六年”，“城中豺虎熊，時獵得之。而故蜀府內二三年後猶然”。蜀王府在康熙初年，也就是郎廷相將其改造成為貢院之前，仍然是虎豺出沒之地，可見荒涼之極。清軍正式占領蜀王宮時，中央對藩王府的政策已經正式形成，可以留作公館，或令兵役看守，總之是官民兩便，不主張拆毀或變賣。蜀王宮注定作為曆史遺產留在了新的時代。
順治十八年，剛剛進駐成都的四川巡撫高民瞻給朝廷的奏書中稱成都“城內院、司、道、府、廳、縣、將領大小衙門，為獻賊付之烈炬，並無一署存留”。而且他提到，當時成都地方凋敝，沒有能力建造官署，省政府無法遷入成都。值得注意的是，高民瞻在奏折中對蜀王宮隻字未提，城市如此急需官署，城市建設又如此困難，為什麼不利用舊宮殿的建築材料，或暫作官衙之用呢？隻有兩點原因可以推測：一是蜀王宮此時已相當破敗，所以諸大吏寧肯“分赴城牆”，也不願住在蜀王宮；二是剛進入成都的清地方政權還不知如何處置位於政治敏感點的舊王朝藩王宮殿。從順治十八年到康熙四年之間，地方官員對這一建築無所作為，在這種故意的忽略下，蜀王宮加速著損毀的速度。
康熙年間，蜀王宮變成了平靜的貢院，清代地方政府為它賦予了新的意義。
因明代成都貢院被毀，清代省政府入駐成都後，於康熙四年（1665）由成都知府冀應熊申請改蜀府為貢院，朝廷奏準後，由四川布政使郎廷相主持修建，各級地方官吏皆有捐俸。貢院一應修繕完畢，即於次年投入使用。康熙五年，始試蜀士於成都。
原來的蜀王宮按宮殿建製，前朝後寢，前半部為外朝，有兩個主要宮殿，承運殿及存心殿；其後半部為王寢正宮。新建的清貢院占據了前朝中軸線的部分，其中貢院中主要建築明遠樓、至公堂地基，仍為蜀府宮殿之舊址，但較蜀府宮殿規模縮小了一些，基址減小，東西長約五十餘米，比原蜀府正殿遺基兩端各減少十米五十年代，成都修展覽館時，掘得蜀府正殿遺基適在至公堂下，兩端各增長十米，則蜀府宮殿基址長度當在七十米以上。貢院規模的減少一方麵因為城市凋敝，建設資金緊缺，另一方麵也因為據當時政府法律規定，地方建築的規模不能再有王府的氣派。
康熙二十五年刊印的《成都府誌》對蜀王宮的記載說道：“本朝蕩辟之後，新開棘院文闈。沿革既明，景運自見。”在地方政府對蜀王宮的利用中，除王宮前半部辟為貢院外，蜀王宮的內宮在隨後經過改建，草創館舍，接待重要官員，因蜀王宮在一片棘荊草叢中荒沒，這座館舍當時也被稱為“棘園”、“棘闈”。布政使李翀霄在康熙七年（1669）的一篇碑記中提到，蜀王宮“改建棘闈”。康熙十年（1670），四川湖廣總督蔡毓榮在成都也曾以這座位於蜀王府的內宮的“棘園”作為臨時官邸，據其幕僚記載，蜀王府當時荊棘滿地，荒蕪已久，但規製仍如大內皇宮，內外城牆還在，中間草草修建館舍，居住並不舒適。清初名士王士禎在其筆記中提到，康熙三十四年（1695），他奉命至成都祭誥江瀆時，在蜀王宮“棘園”招集宴會。可見，當時的蜀王宮後院確實有一處可以招待高級官員住宿、宴集的館舍。
但是此後數十年間，蜀王府沒有任何變化，除了三年一開的貢院及沒有館舍的內院之外，蜀王府其他的地區，如主殿兩側東西廡及內宮後院都靜靜地在時光中朽壞。康熙二十二年（1683），浙江遂安方象瑛出任學使，典試成都，住在蜀王宮前殿改建的貢院內，方象瑛記載了當時蜀王府的情況：“周視故蜀府，廣袤十數裏，中為貢院，餘皆瓦礫，茂樹叢生，舊多石刻，皆不存，明人數碑川槿在藩邸，今亦無。”可見當時的蜀王府除了以中軸線為中心的改造之外，其餘地區瓦礫叢生，舊日石刻也消失了。
雍正年間之後，蜀王府繼續被改建和再利用。
蜀王府在平靜了數十年毫無變化後，雍正年間，地方政府開始了對蜀王府謹慎地再利用。雍正七年（1729），巡撫憲德奏報朝廷，請以原明蜀王府倒塌圍牆之磚鋪砌街道台北。雍正七年十一月十六日四川巡撫憲德《奏報墊鋪成都低窪街道折》，這一奏報得到批準，人們開始公開局部拆毀蜀王宮。雍正十四年，寶川錢局從省城內民房遷入蜀王府貢院兩側及院牆內側的兩處空地處。蜀王府內“餘地極其寬大嚴密，宜於此設立寶川錢局”，寶川局於大院牆內建房一百一拾叁間。到嘉慶時期，蜀王藩邸貢院後空地，原蜀王府的內宮，割為綠營兵的操練場。
在蜀王府王室的神聖性日漸消失後，蜀王宮周圍開始聚集商民、回民、城市貧民。蜀王宮周圍在雍正時期重新聚集了大批居民居住，昔日森嚴的王府前的石獅、照壁、金水橋周圍已成為繁華的市場，正如清代成都竹枝詞中所描述的：“紅照壁前石獅子，當年孟昶據西川。皇宮留得為貢院，流水三橋作肆廛。”蜀王宮周圍禦河早在明末戰亂中堵塞荒廢了，雍正九年，四川巡撫憲德主持複浚“開淘王城，從此舟楫可址達王城之北矣”。蜀王宮禦河周圍的商區進一步成為繁華的城東通向滿城的通道。
而皇城內部，到清中葉後全部被利用起來，除了用於省鄉試的貢院，在西南角分布著豐豫倉、軍裝所；東南隅則是成、華兩縣的積穀倉，還有府試院。中間的鄉闈試院（即貢院）的正北方是寶川局。由於鄉闈試院則是三年一啟，府試院也是科歲時才開啟一次，除了在西南隅豐豫倉北邊的軍裝所常有各地來請領軍裝的外，其他地區都是常年寂然。
清末科舉停後，貢院號舍、皇城城垣全拆。貢院舊址改建四川大學，唯前麵三城洞猶存。寶川局處製錢停後，清末就其地改修勸業道署及勸業公所。城之北麵有一洞門，俗呼後宰門，即寶川局大門。
三、城市記憶中的蜀王宮：作為象征物的意義
在景觀這些物質空間與人的行為互動的過程中，一係列社會身份，個人的，地域的，階級的身份被清晰地構造出來的。蜀王宮所引起的記憶，可以看到不同社會身份的人們對它所代表的舊時代、舊王朝的感情與記憶。
蜀王宮，作為明王朝在四川的蕃王王宮，成都民間社會一直將其稱為“皇城”在民間竹枝詞中常用“皇城”這一稱呼。在國破家亡之後，蜀王宮作為“明王室”的象征，極易被符號化、象征化。同時，這裏作為後蜀故宮“水上宮城”的故址，有著繁華似錦的過去，瞬間消逝的過程，更容易引起觀者的興亡代謝之感。
（一）戰後不同人群對蜀王宮的記憶與感情
1.地方政府
康熙二十三年（1684）十一月初二，康熙帝專門拜謁南京明王宮故址，之後為其寫了一篇賦，感歎明故宮命運的同時，他指出，天時、地利、人和三種力量導致明王宮成為一片廢墟，他強調“有國家者，知天心之可畏，地利之不足恃，兢兢業業，取前代廢興之跡，日加儆惕焉”。這篇文章 一方麵要喚起遺民的共鳴，另一方麵他用紀念活動表明前朝的徹底消失。同時康熙帝也警醒地意識到用宮殿廢墟作為朝代更替的標誌物對統治者是危險的，人們可能持續地懷念逝去的王朝。
清地方政府征服成都後，對蜀王宮長期不作處理，任其荒廢。這種故意的忽視是有原因的：其一，明王朝滅落，新政府使明王室剝去神聖的外衣；新政府既有對其作為末代皇室後裔喚起的同情，也有因其作為新統治者對明王室家庭的警惕厭惡；其二，地方大吏沒有被要求也沒有義務去維修蜀王宮。大清法律規定，地方官吏有責任修理自己所在地的公共建築，如城垣、公廨、倉庫、學校、橋梁、堤岸之類等，各級地方官吏有責任與義務去修理完善的。而蜀王宮不屬於這一法律範疇中的任何一種，地方官吏不會因對其的忽視而致罪，也不會因對其的修繕而獲獎勵。蜀王宮縱然占地龐大，也因為處在法律的空白區而被地方政府忽視了。
其三，蜀王宮作為昔日皇宮，在政治上的敏感性使其在再利用時非常困難。地方史料認為蜀王宮為“蜀漢昭烈帝建都時所築”，是割據政權劉備的蜀漢王朝與孟氏的後蜀王朝的宮殿所在地，後來又為明藩王所在地。川人一直稱此地為“皇城”。這個空間的等級和意義是作為中央王朝統治下的地方政府都無法稀釋的。在中國古代，建築是劃分等級秩序的一種禮製工具，對於地方統治者來說，明宮裏到處充斥著象征著王權的建築築號，如龍形或建築形製等等，這些是作為地方統治者的地方官消受不起的，是一種僭越。直到光緒年間，雖然蜀王府早已改成貢院，又經曆數次重修改造，但“其正屋如至公堂、衡鑒堂等柱腳，均刊有龍頭形”。
據徐心餘回憶，在光緒年間，人們傳聞漢代蜀漢王宮的遺物仍保留在皇城內，說明人們對皇城的正統性深信不疑。而這一切使地方政府不願意像順治早期地方政府那樣，將其作為總督府。四川的封疆大吏在曆史上屢次建立割據政權，這樣的曆史使代表皇權的建築成為令人擔擾的征兆，四川地方大吏對重要建築的修繕一貫有著政治上的敏感性，誰也不願也不敢製造這樣的隱憂。蜀王宮自然被荒廢了，直到人們為它找到新的用途，使其作為貢院成為地方政府與中央政權緊密相聯的紐帶。
2.失去故國家園的悲痛的遺民
明清易代是以滿洲貴族對漢民族的野蠻軍事征服實現的，因此，在清初的二三十年中，處於被統治地位的漢族民眾懷有強烈的民族敵對情緒，這種情緒在江南士人中反映得更為激切。而在四川卻是另一番情形了，清初的二三十年間，四川都在各據一方的農民義軍、明末將領、清軍的各種複雜戰爭中度過，清軍完全征服四川已是康熙三年（1663）了。這時各地的武裝反抗早已逐漸平息，在複國無望的情況下，許多士人已遁跡山林、隱居鄉裏。中原各地的強烈的民族敵對情緒在士人中已經消退。
最初一批流寓江南的士人回到四川，如呂潛、費氏子弟、餘榀等回到離亂數十年的故鄉，剛剛經曆了陵穀變遷的士人麵對的是故鄉的淪亡，麵對的是昔日富庶的明蜀王宮被農民起義軍燒毀，麵對的是地方被異族政權所征服的客觀現實，這一切都令他們觸目驚心。清何以興，明何以亡，這是清初剛剛回到故鄉的士人縈繞腦際的最沉痛的思考。
餘榀（？-1684），字生生，號鈍菴，四川青神人，一直旅居揚州，戰後曾返回成都，記錄了戰後的成都荒涼的景象。陰雨連綿的成都，物是人非，舊景物蕭瑟淒冷，偌大的城市百萬生民都消失了，親友故舊所剩無幾。他專門提到了蜀王宮，“故宮荒廢連禾黍，萬裏橋邊陽氣微”，蜀王宮荒廢了，堙沒在荒草中，讓人不禁流淚。
四川另一位著名的明末遺民是呂潛，明崇禎十六年癸未進士，明兵部尚書呂大器之子。亂離後，流寓江左，亂後歸鄉。呂潛在他的《悼蜀王故宮詩》中記述了他對蜀王宮的感情。
呂潛在詩中通過對蜀王宮的廢墟的描繪，把對亡明的傷感鮮明地表現出來了，他寫道：當年明太祖將他最憐愛的小兒子分封到這裏做蜀王，可如今，蜀王宮裏台基宮殿荒殘得隻剩下鳥雀，誰曾在華麗的輦道上意氣風發地鳴鞭而過？誰還記得宮門前擁擠著前來拜謁的官員們的舊景？如今蜀王和妃子們葬身的寒井、空落的禦道，麵對著蕭牆外年年開放的桃花李花黯然神傷，年年響起的杜鵑啼叫聲更讓人體會到杜宇（失去天下後啼血而亡的古蜀國先主）的悲哀。經過滄桑變故、世道變遷，荒蕪的成都城裏的僅有不多的茅屋，像一座江邊村落，被遺忘的宮殿在日落後有人牧牛羊而過，詩人最後感歎道“摩訶但有支機石，尚共銅駝臥草根”呂潛在他的《悼蜀王故宮詩》記述道：“邊檄錫封憐少子，蜀王台殿獨雀嵬。誰以輦路鳴鞭過，猶記宮門拜剌來。眢井寒泉沈鳳羽，天街白日走龍媒。短牆桃李家家發，畫角聲中杜宇哀。陸海塵飛井絡昏，錦城茅屋類江村。遺宮日落牛羊過，野市人稀虎豺蹲。楊樹冥冥香徑遠，海棠馥馥翠雲繁。摩訶但有支機石，尚共銅駝臥草根。”。摩珂池是四川割據政權前蜀皇帝王衍在蜀王宮處修建的大型宮殿群。支機石是成都古老的地方傳說的象征物，“銅駝臥草根”象征著昔日的明王朝政權淪陷後殘破的景象呂潛在這裏強調昔日的宮殿和地方傳統都埋沒在廢墟中。