鹹豐二年（1852），地方官準備把簾官公所遷到墨池書院，地方人士反複要求，願意將原芙蓉書院地址作公所，墨池多餘之地為芙蓉書院。經批準，芙蓉書院從拐棗樹遷入墨池書院，中間劃牆，右為芙蓉書院，左為墨池書院，外仍懸墨池書院匾額，中留一堂為聶公祠（聶銑敏祀祠）。學使何紹基將公所遷往拐棗樹芙蓉書院原址，為簾官公所。“墨池書院之名不廢，芙蓉書院在於其右”。
元音書院創建於嘉慶十二年（1807），在華陽縣治東三十裏，舊慈音寺，寺僧不肖，成都知府張敏樹把寺僧驅遂，改為書院，有田二十餘畝，歲入租以為膏火學習津貼。
尊經書院由士紳創辦，同治十三年（1874）四月，洋務派官僚、工部侍郎、丁憂在籍的本省興文人薛煥，聯絡官紳十五人，上書四川總督吳棠和四川提督學政張之洞，提出當時的省城錦江書院，主要以學習製藝八股文為目標，不符合時代要求，請求再創辦一所書院，以便繼承文翁之教，培養人才，以“通經學古課蜀士”，定名為尊經書院。薛煥等人的請求，得到清廷批準後，籌款購地，在省城南門石犀寺附近，即南較場，修建尊經書院。學生來源是由省內各府按比例在秀才、貢生等資格的人員中選送。由於經費來源流裕，除了拔鹽稅公款的盈餘外，還有數百畝學田，學生不交學費，還規定每個生員領“膏火”銀子四兩。
（三）學校建設的影響
順治末年到嘉慶中期的百餘年，大批移民進入四川，成都人口主要由移民構成，移民進入四川後，修養生息，尚且不遑，沒有餘力來複興文教。另外，遷川移民數量雖多，但素質卻很差，“多係無業窮民”。清初前幾代遷川移民的素質嚴重地影響著後代人，清中前期不僅是一般人的子弟很少讀書，就是一些大糧戶的子弟也多目不識丁。此外，遷川移民中缺乏一個知識階層，特別是缺少一些有影響的學者，使四川複興文教的師資力量貧弱，文化教育發展困難。所以，清朝中前期，成都的學校建設落後於其他地區。
清代，成都官學、書院經費源於多途，大致有以下途徑：
其一，由地方官捐俸，或用官錢修建。一些著名的書院如錦江書院的建設與維修、墨池書院以及其後的尊經書院都是如此。如墨池書院，明末已毀。道光時，學政聶銑敏捐俸購買墨池書院故址處鄭氏私宅三院及空地數畝，重建墨池書院。並置學田七十餘畝於溫江向家碾，耗資約一萬兩。
其二，由地方當局清理前代祠產或廟產，由祠、廟改建而成。如潛溪書院，清乾隆二十八年（1763），華陽知縣安洪德清理淨居寺祠產，於是以廟產為經費，建立潛溪書院董。元音書院，也是嘉慶二十一年（1816）成都知府張敏樹改寺廟為書院，以廟產二十餘畝作為學田。同治年間，學政張之洞和總督吳棠也以清代石犀寺改建尊經書院。
其三，由地方士紳捐助，或地方官捐俸倡議，由僚屬及士紳共同捐資興建。學校的重建資金來源隨著地方形勢的變化而變化，在成都恢複的較早時期，學校興建是由地方官員經辦的。直到嘉道年間後，才由紳士分擔了一些主要職責。如建於嘉慶十二年的芙蓉書院，是由成都知縣象征性捐俸200兩倡建，並勸募紳糧捐資，於是，“富者輸其財，能者董其事”，地方士紳捐資七千餘兩創建而成。嘉慶以後，學校建設由以官員為主逐步為士紳階層所代替，顯示了地方社會對國家教化象征的認同和趨附，社會經濟的恢複，士紳階層力量的增長。
而像錦江書院這樣規模較大，較為重要的書院主要由政府主持修建。乾隆時錦江書院的重建完全使用“官錢”，不再使用捐俸。乾隆三十八年，學使吳省欽視學成都，因錦江書院“秋潦至圯”，因檄月奉新之權，臬吏顧光旭，藩使錢均清求，總督文綬“糜官錢二百四十緡”，並由官方出麵飭材自灌口堂王。
三、成都貢院的重建
科舉是聯係中央政權與地方政權一個紐帶，是聯係天下王製一脈相承的紐帶，科舉製使政教相連的傳統政治理論和耕讀仕進的社會變動落在實處，是一項集文化、教育、政治、社會等多方麵功能的基本體製。清王朝每征服一處就立即恢複科舉，目的就在於使與其相關的所有成文製度和更多的約定俗成的習慣行為延續下去。而貢院作為考試場所，是科舉之命脈，而其重要的地位和較大的占地麵積，也是傳統城市中重要的景觀。
順治八年（1651），清政府隻能暫居川北，於是在保寧開科，在五百與試諸生中取七十二人，算得上是明清以來四川錄取率最高的科舉了。隨後先後在順治十一年、十四年都按時在保寧舉行科舉，科舉鄉試意味著考區為中央政權所覆蓋的地區，所以盡管當時的清政權處境十分艱難，仍按時開科。順治十六年，清政府收複成都，康熙三年（1664），再次開科考試，但因成都沒有考試場所，考場仍被迫設在保寧。
成都明代的貢院位於金水河南側，戰爭中被毀滅。作為地方省會的成都每三年有鄉試大考，必需要重建貢院。康熙四年（1665），四川省政府各級衙門陸續遷入成都後，成都知府冀應熊，請於布政使郎廷相、按察使李翀霄，再向四川巡撫張德地申請，改前蜀藩王府為貢院，“具題建修倡捐有差”。朝廷奏準後，由布政使郎廷相主持，各級地方官吏皆有捐俸。貢院一應修繕完畢，即於次年投入使用。五年（1666），蜀王府改造完畢，成都貢院投入使用，“始試蜀士於成都”。
原來的蜀王宮按宮殿建製，前朝後寢，前半部為外朝，有兩個主要宮殿：承運殿及存心殿；其後半部為內寢，王宮門內，為王寢正宮。新建的清貢院占據了前朝中軸線的部分，其中貢院中主要建築明遠樓、至公堂地基，仍為蜀府兩個主要宮殿之舊址，但較蜀府宮殿規模縮小了一些，基址減小，東西長約五十餘米，比原蜀府正殿遺基兩端各減少一開間五十年代，成都修展覽館時，掘得蜀府正殿遺基適在至公堂下，兩端各增長十米，則蜀府宮殿基址長度當在七十米以上。貢院規模的減少一方麵因為城市凋敝，建設資金緊缺，一方麵也因為據《清代工部造法則例》，地方建築的規模不能再有王府的氣派。
康熙四年（1665）創修貢院後，雍正時，貢院號舍已達四千間，但仍不夠使用，乾隆五十一年（1786），成都府丞勲增號舍156間。嘉慶十一年（1806），布政使姚令儀增修號舍1000間。至此，成都貢院共有號舍6306間。道光八年（1828），總督寶興委成都府知府謝興、縣丞袁墉、訓導楊森等增新號3000間，鹹豐八年（1858），成都知縣李東、周兆霖、鄉紳劉方玉，教諭賴人慶，奉總督令添修新號2600。同治四年九月，縣丞周兆魁、鄉紳知縣劉作霖、通判朱邦伸、訓導陳榮鬆，監生劉昌鏞、張玉……奉各大憲劄，添修新號一千二百一十六間共號舍一萬三千九百三十間。
道鹹以降，貢院的修繕維護已不隻是地方大吏的職責了，我們看到成都更多的下級官吏和地方士紳積極地參與了貢院的修繕及擴大。紳士有衛護傳統綱常倫紀的職責，他們是其中的受益者，自然會積極地從事傳授和闡明這些綱常倫紀，去完善其對一個真正儒學社會的構想——這是一個士紳的文化使命，他們以各種方式去完成其文化使命。其中包括對科舉製度的熱心支持，為了本地考試而修造貢院一般也認為是地方士紳的職責。士紳大多都是從科舉中獲得權勢和威望的。因此我們看到，紳士對官學校舍的維修總是積極從事的。清代早期，這項工程多由地方大吏主持經辦的。而到道鹹以後，成都府貢院的幾次修造工程是由知縣發起，士紳承擔工程的監造和捐資建造。