成都在清朝中前期，移民人口素質偏低，文化教育發展困難，缺乏有影響的學者，科舉不興，所以成都城作為省會在康乾年間修建的書院隻有兩座，錦江書院及潛溪書院，不複前代之盛，隨著成都經濟漸趨繁榮，到嘉慶道光之後芙蓉、墨池、尊經、元音等書院以及義學才相繼興建。所有清代書院中，隻有建於乾隆年間的潛溪書院是承明代舊址重建的書院，其餘皆為清代新建。
（一）清朝前期康熙至乾隆時間創建的書院
康熙時期新建的錦江書院、乾隆時期重建的明代潛溪書院都是由官府倡建，名儒主辦，其發展也受到地方政府的大力扶持。
錦江書院是清代成都享有盛名的書院，在成都諸書院、學校中影響最大，曆時最久，院址也幾無變化，一直位於文廟附近，長期以來作為四川地區最高學府，“為通省作育人材之所”。其師資和畢業生質量較高，“為全川書院之首，規製崇宏，它無與比，名師較多，人才輩出”。學生來源，出於全省內挑選的秀才以上的生員，而無秀才、舉人以上資格者，都不得入學。
錦江書院建於康熙四十三年（1704），四川按察使劉德芳，為振興蜀學，培植人才，在文翁石室遺址上、成都府學之旁，重建講堂齋舍，取名錦江書院。時“巡撫都禦史貝公蒞蜀三載，鎮蠻既平，公亟欲興文教以植人材”。除按察使劉德芳捐俸金外，成都縣令田軒來，溫江縣令邱君璋董其役。錦江書院的學生名額，初時，正課五十人，附課五十人，外課視成績和正、附課人員名額盈缺而定，約二十人，是候補性質。正課月給米一鬥五升，銀一兩五錢；附課生減半；外課生沒有津貼和照顧。
康熙六十年（1721），錦江書院的規模有所擴大。四川提學使方覲，又增修了講堂學舍，招生名額也有所增加和擴大。雍正十一年（1733），清政府下令京師設金台書院，各省省城設立書院一至二所。包括四川錦江書院在內，全國共設立書院廿二所，確定了這些書院是省立的地位，學生生活費，一律由清政府拔給學田供給。乾隆三十九年（1774），四川總督文綬，布政使錢鋆等，又擴大增修書院講堂，並增置學田地產，作為學生的學習津貼之用。因此，錦江書院的辦學經費是比較充裕的。嘉慶二十四年（1819）川督蔣攸銛整頓書院，製訂《錦江書院條規十條》，加強書院管理和諸生考核。道光二十八年（1848）學生達到150人。鹹豐七年（1857）正附課學生達148人，加上外課學生總數在200人左右。
錦江書院在文翁石室舊址，成都府學側的建立，使清代成都的文廟地帶進一步成為文教區。從嘉慶《華陽縣誌》所載的“錦江書院圖”來看：書院門外莊肅，有照壁，門亦為八字門。書院內部布局極為規整，整體上分為前後四個院落，功能上亦有所區分，內部建築物更為多樣化，既講究中軸線對稱，又通過偏院和奎星閣、後園使得內部環境顯得錯落有致。前三個院落為學子問學修習之地及教習寓所，在中軸線上設門廳、大堂、牌坊、三公堂、講堂、還有東廨、西圃；後園為秀麗的奎星閣及後花園，學子齋舍在中軸線兩側的偏院中，三公堂為後院之中心建築，其內正中設道統神主，兩側為正學、理學名臣神主。講堂兩側為掌學齋舍，以封建尊卑觀念而言，“講學名公”位尊，居於中間，學子位卑，居於甬道兩側偏院。
錦江書院內環境優美，就環境建設而言，書院內有假山、樹木、亭、橋、井等，構織了一幅小橋流水的美妙畫卷。書院不但環境優美，設施完善，而且能吸引延聘到當時的名士前往講學，學者彭端淑、高白雲、薑爾常、敬華南、易簡、楊錫麟、李惺、顧汝修等均先後掌院執教講席。光緒二十七年（1902），在全國廢書院、興學堂的背景下，四川總督岑春煊宣布結束錦江書院，財產歸高等學堂，院址校舍並入成都府中學堂，即石室中學。
潛溪書院，創設於乾隆十二年（1747），院址在成都外東五養鄉，外東淨居寺，書院後有明初文學家宋濂之墓，側立二賢祠，祀宋儒趙抃、明儒方孝儒。為紀念宋濂，書院定名潛溪。明代潛溪書院有祀田八百畝，亂後無主，為淨居寺寺僧侵占者百有餘年，清乾隆十二年（1747），華陽縣令安洪德，作育人才，鑒於雖有錦江書院創立於前，而士子求學者甚眾，於是查核檔案冊籍、清理靜居寺僧侵占祠舍、田產，促其歸還，請予政府立案，設潛溪書院於此。“延名師，設講席，集生徒，朝夕肆業於其中”，“一時負笈者戶外之履滿焉”。
從嘉慶《華陽縣誌》所載書院圖上來看：潛溪書院與淨居寺比鄰而居，中有二賢祠相隔，書院小巧精致，院門前有虹橋跨溪而過，門旁設有二華表，整個書院有三重院落，第一進門廳設有清風亭，第二進中堂為講堂，第三進為講師習所，二三進院落兩側廂房為學舍，後園有宋濂之墓。道光十三年（1874），華陽知縣高學濂，以潛溪書院距城五裏，每值陰雨道路泥濘，官府主徒行住不便，募資購梨花街屋宇，改建講堂，把師生遷入新址讀書。
（二）嘉慶後成都書院建設
嘉慶道光年間之後，成都創建了許多書院，此時科舉為進身之階，日益受到恢複後的地方社會的關注，成都書院也相應增多了。除地方官吏外，一些士紳加入到書院建設之中，顯示了地方社會對國家教化象征的認同和趨附。
芙蓉書院，創建於嘉慶六年（1801），清成都知縣張人龍比較重視教育，認為“化民須先隆學校，教士應首重師儒”，自捐銀二百兩，集紳耆募資七千餘金，與縣儒學教諭王子詔一起籌辦，在成都北署襪街拐棗樹購民房一所，今簾官公所街省建一公司。擴而新之，建立了成都芙蓉書院。
書院頗具規模，“自門而庭，而講堂，而山長書齋，諸生書院，共卅餘間”。並置買水田二百餘畝，“為修脯膏火之資”。芙蓉書院辦學有條理，其課程設置也是課經史時藝，但要求嚴格，“與錦江潛溪遙相輝映”。鹹豐三年（1853），經過一些周折，改遷於青龍街墨池書院間壁，有大門、二門、講堂五間、過廳五間、諸生書舍三十四室、山長寢室五間。拐棗樹原芙蓉書院改為簾官公所。
墨池書院，道光元年（1821）創建於漢代揚雄故裏，學政聶銑敏遊覽“子雲洗墨池”，懷念故人，“遂生辦學之念”，除自己捐俸，並集資購買前劍南道鄭氏私宅，“綿亙三院，內屋二百餘間，外空地四畝，後為洗墨池”。把中院作為墨池書院，左為東園，右為廉泉精舍。經過增修補葺，房舍作為講堂、學舍，其餘亭榭作為遊覽之所，園圃有蔬菜之利，“較之錦江（書院）規模又有別焉”。建立墨池書院是“以補錦江書院之不足”，“繼文翁之興學，複子雲之遺跡”。墨池書院的環境比較幽靜，空地較多，花木繁茂，“墨池者既有鍵戶下惟之地，又有賞玩之趣，學者藏修息遊地，以共講所聞，則墨池為最也”。這是一個優美的讀書地方。
墨池書院在溫江白家碾購有學田七十餘畝，房屋較多，前後園租、鋪稅亦豐，供修脯膏火頗足。道光元年以後，學生參加兩科考試，多人中試，辦學效果比較顯著。大約在聶銑敏離任後的一段時間，墨池書院曾一度衰落，“奈事無專主，不肖之輩人破壞之，各種什物、圖書，大量失散，房舍、亭榭日益剝落倒塌”。道光十三年（1833），聶銑敏之子聶有湖、聶有翰派人來川，將房契交縣，作為公所，什物、舍宇值萬金，以後書院經費日絀，“書院日益衰落，向之月榭風亭漸煤盿荒煙蔓草，向之淨幾明窗，今且破瓦頹懷矣”。