在殘酷、頻繁的戰亂摧殘之下，有能力逃亡的富家大戶大多舉家出城，如清軍攻占鬆江之前，“江南郡縣，聞清兵厲害，皆棄城而逃”。在戰爭中城市因“士民驚避，城中幾空”，多成廢墟，到處都是人煙厥無的空城。而沒有人口居住的城市很快就荒蕪了。城市蕭條，無人居住，房屋塌陷，公共建築年久失修。戰亂使廣西南寧城“城內外無人煙，白骨盈野”。
山東一帶，“城市青草蔓衍，寥寥數椽，淒然興灶冷寒煙之慨”，“民裹足不入城”順治三年十一月初九日，《吳達啟本》。寧國府所轄六縣，城市市民“因聞剃發之令，各自逃回地方”，“鄉紳人民自五月間已挈家陸續出城逃避，見在城不過零丁小戶”。
廣德州州府閔以棟申稱：“因建平值剿之餘邑中無官，人民逃竄，城廓空存。……見城外戰骸山積，城中影滅跡絕，闃其無人，慘傷蕭條之狀，十倍建平。”順治二年十一月，《毛九華揭帖》。
順治二年（1645），安徽巡案毛九華在戰後巡視了剛剛罹遭戰火的池州府、太平府、徽州府、蕪湖等城市的情形，由於戰爭中士兵“到處攻焚擄掠”，到處是“在在空城”。城市居民“逃亡殆盡，遺胔塞道，室有青草”。有些城市在戰爭中破壞不甚嚴重，但由於地處交通要道，大兵頻繁經過，役重累多，百務煩苦，地方負擔太重，城中百姓也隻有陸續出逃。如蕪湖等城被劫掠後，“繁昌雖未殘破，然大兵經過地方，百務煩苦，區處艱難”。百姓紛紛逃離城市。
（四）戰爭後，官府對城市失去控製，社會秩序陷入混亂，亂兵暴徒洗劫城市
戰爭中，城市處於無政府狀態中，遊民或散兵肆意破壞城市。“江南郡縣，聞清兵厲害，皆棄城而逃”，“在城之惡少，及村野之強徒，趁彼匆忙，混入黨而擄劫。又將富厚家人，鎖廳拷打，逼獻金寶”，“村間豪惡結黨插盟，或燒或殺，或劫或搶，或報仇雪怨，或倚強淩弱，青天白日放炮殺人，竟無忌憚。有力者各已其地而樹兵馬，大者千人，小者亦數百人，揚威耀武，名曰鄉兵，實為防守”。往往大兵剛過，匪兵又起，城市不得安寧。
京畿一帶，“畿輔盜賊，肆行劫掠，民生惶惶，靡有寧宇”，“諸賊黨羽已盛，千百成群，膽橫氣粗，蓄謀日狡，我以撫收賊，賊反以撫愚我”，雖戰事已畢，但“四野之劫掠如故也，民無寧宇如故也”順治元年七月二十七日，《孫承澤啟本》。
保定地區，地處交通要道，“自闖賊蹂躪以後，遍地乘亂，嘯聚迫脅，良民盡為盜賊，境內幾無淨土”順治元年八月二十二日，《柳寅東啟本。
直隸一帶，“烽煙甫息，人心未寧，奸宄頑凶，乘機嘯聚。始而打劫村舍，滿厭腰纏，漸則呼百召千，妄窺城市。如大名之開州、內黃，保寧之束鹿、唐縣，有徑被攻破者，有圍困飽掠而去者”順治元年九月，《王文奎揭帖》。
山東一帶與四川一樣，“有名臣寇，動號萬數賊眾者，不下五十餘營，次而招聚數百，各雄峙一方者，不知凡幾矣。然當未撫之前，猶且躲避隱藏，尚為私賊，至今受撫之後，日每殺擄行劫，反成官賊矣”。
蘇州附近城市被清軍占領後，“兵丁踐踏屋宇，拆毀千萬戶”。暴民伺機也尋機焚屋，“維城大廳一所，約值千餘金，為仇人黃履受焚其半，其餘盡拆”。
除了遊民暴徒伺機而起外，戰後駐紮城市的軍隊也對城市影響很大，如鬆江城，盡管戰爭結束，“地方漸漸安堵。而兵強民弱，其受悍之害者，又不可言矣”。戰後的駐軍也成為城市強盜。
三、明末清初四川的城市受到嚴重破壞
四川城市受損之嚴重，甚於他省。許多繁華的城市幾十年間杳無人煙，城池傾塌，成為野獸出沒之地，如昔之繁華產鹽之地富順城直到康熙二十年間仍是“數千裏內城郭無煙，荊棘之所叢，狐狸豺虎之所遊，富順之學宮其鞠為茂草者蓋數十年矣”。許多縣城因無人煙，虎患猖獗。榮昌縣知縣張懋賞主仆8人到縣城赴任，“方入城，蒿草滿地，不見一人，日未暮，群虎攔至，攫食5人”。
許多城市因沒有城池，官署堙滅，官員不得不露天而居，或暫居寺廟，或暫居他縣。順治十年（1654）“諸州縣始仍設正佐官，然城郭不可入，但得其界內有民之所，官就居之”。由於無民可治，康熙十九年，安縣與樂至兩縣共置知縣一員，“知縣往來無定所，皆以道林寺為衙舍，除春秋兩祭外，無事則假館遂寧”。康熙二、三年，安嶽始有土著回籍；康熙三十年，方營建衙署；三十一年，城中始有鋪肆。永川縣到順治十八年（1661）才始委首任知縣，但縣城已毀，知縣僑居縣南90裏的鬆子溉，直到康熙四年（1665），才遷回原縣治辦公視事。
由於城市在戰爭期間易遭洗劫，瘟疫流行，清初許多年後，城市也很難聚集人口。康熙七年（1667），“王舟知太平（今萬源），其地無城，無署，無民，無賦”。彭水縣城在順治十二年（1656），“始有人城居”。蒼溪縣，在順治十年（1654）“城不滿百家，風鶴之警所在堪虞”。順治十八年（1661）的永川，“寇盜甫盡，城郭榛莽，孑遺無幾”。忠州縣城直到乾隆初年，“市廛之民，布散田野”，從而導致“城市蕭疏，僅如村落，其十字街一帶均屬人民住房，南門外河街，米糧而外，惟有布店三間”。
川西成都周邊的縣城破壞也十分嚴重。簡陽在明代時“煙火百餘裏，廬舍數萬家，魚鹽市舶之饒不可勝算”，經過戰爭，在清初，則“榛莽千裏，野火轉□於闤匱，生靈百不餘一，萃一邑之戶口不敵繁治一望族。官斯土者，父老子弟皆可目睹而心識也”。康熙十一年（1672）漢州（廣漢）“城堞室廬，鞠為茂草”，雙流縣城入城“即頹墉廢塹，虎跡縱橫”，康熙三年，溫江縣城“亦鞠為焦土”，縣署亦“於蔓草荒煙中”。康熙二十二年（1683）的新都縣城“中衢茅屋數十家，餘皆茂草，虎跡縱橫”。經過明末清初的動亂，四川的城市大多都受到了嚴重的破壞，清代這些城市都麵臨著城市重建的嚴峻任務。