二、明末清初全國城市受到的創傷
在這場席卷全國，曆時頗長的易代大劫難中，城市地區受到嚴重創傷。許多城市遭到來自包括農民軍、明朝守軍、清軍、南明軍隊，甚至散兵遊勇等在內的各種勢力破壞，破壞後的城市人口銳減，在圍繞著城池進行的保衛戰中，或在敗軍撤離時，許多城市的城池被毀壞，官署寺廟被燒，公共建築塌陷。各省大多數城市都在明末清初遭到不同程度的嚴重破壞，原因有很多。
（一）戰亂中城市是戰爭的中心，受損嚴重
農民軍爭奪的戰場和反清鬥爭的大多反抗都在城市中進行，城市成為反複交戰的戰場。在廣西，桂林一度成為清初抗清鬥爭的中心，南明永曆政權入駐廣西，自1646年至1656年，南明抗清勢力與清軍持續了十年規模宏大的抗清戰爭，使桂林、全州、梧州、南寧等廣西大小城市在雙方的反複爭奪中慘遭戰爭破壞。抗清硝煙未及消散，“三藩之亂”接踵而至，城市多次成為主戰場，前後長達數十年的戰爭使省會城市桂林“屢罹兵燹，漸至殘敝”。在梧州，亂兵數次陷城，“無所得乃焚民居而去”，至雍正年間，“民宅居十僅存二，荒涼滿目”羅勳等。激戰後的柳州城，城池殘破，“流民載道”。長期的兵燹之禍導致廣西城市在清初極為破敗。
湖廣省省會長沙城在明末清初時，曆經張獻忠起義軍攻占、清兵南下征服戰爭和平定吳三桂叛亂之役，社會經濟同樣受到嚴重破壞，“殘毀瓦礫荊榛，千裏如一，青燐白骨，所在皆然”。在長沙城“曠土漫衍，人星寥落”，“城內城外，盡皆瓦礫，房屋全無。湘江沿岸城市發展進入低穀，呈現一片凋敝、破敗的景象。
甘肅省城市1627年經曆了甘肅饑民起義，其後李自成等部轉戰陝甘，攻城掠地，使河隴地區城市遭到重創。自明崇禎七年（1634）農民起義以來，甘肅省先後有平涼、蘭州等二十餘座城池被攻陷，城池殘破不堪。
在雲南，吳三桂在康熙十三年發動叛亂，昆明等城市成為戰場，城市破壞嚴重，康熙二十二年（1681），清軍入昆明城，時“城中餓殍載道，遺骨盈衢，巡撫王繼蠲俸瘞之，厥後饑饉益甚，鬥米易銀”。
在湖廣省地區，“蓋新附郭邑，歸鴻寥寥，城內居民，多不過百人及數百人而止，有事不堪登陴”。
在福建，“遍地皆賊，城野焚掠將空”。在四川，中心城市成都與重慶成為各種力量反複爭奪的地區，僅清軍先後在成都城六出六進，在重慶先攻占過六次，又先後撤離，城市遭到了巨大的戰爭創傷。
（二）戰爭中軍隊對城市的劫掠燒殺
順治初年，全國性戰線在山東、山西、陝西、廣東、廣西等地廣泛形成，軍餉嚴重不足，全國向各戰線分配軍餉極其困難。因此政府規定，清朝遠征軍的軍餉由遠征所經地區負擔。
而實際上順治初，因戰亂鄉村被破壞，行政能力低下，很難按照預算案設定的數額征收糧食。所以，清朝無法向作戰部隊補充軍餉，因此出現了清軍軍餉嚴重不足的現象。例如，順治八年四月，駐防河間的鑲黃旗向戶部申述軍餉不足，駐紮在湖廣的清軍衣服被典當，靠野菜延命，在這種情況下，掠奪成了可以解決軍餉不足的普遍手段。清軍在攻占城市後大肆劫掠，破壞城市的暴行隨處可見。事實上，掠奪是順治年間清軍解決在全國範圍內的軍餉不足問題而采取的主要手段。清軍將領往往對士兵在城市進行的屠殺劫掠視而不聞，這使城市在戰爭中遭了嚴重的破壞，慘烈的戰爭常以大規模屠城結束。
1650年11月24日，經過10個月殘酷的圍攻後，包括築壘相逼，以樓車攻城，甚至動用荷蘭炮手，尚可喜帶領的清軍占領了廣州，隨後10天廣州城慘遭洗劫，七萬多人被殺，屍體在東門外焚燒了好幾天。
1645年，鬆江城經過明朝守軍的破壞後，又遭清軍破壞。清軍進入鬆江城，又大肆燒殺，在目擊者撰寫的筆記中寫道，城市“橫屍遍路”，大火從“由郡東察院延燒至秀野橋，大街東西之房，百無存一者”，“城中東南一帶，悉為官兵所占。後卒為成棟之兵所拆，鄉紳之樓台亭榭，盡屬荒邱”，“所謂錦繡江南，無以逾此，及遭殘毀，昔日繁華，已減十分之七”，“大街房屋俱毀，所留者不過十餘家也。民房俱為兵所占，城內城外閉戶，無一人在室者。約殺萬餘人，屍骸雖化，而白骨成堆，令人魂魄俱喪”。
1645年，清軍擊敗明將史可法部進入揚州城後，從四月二十五日至五月初五日，清軍屠城十日，城市中“烈日熏蒸，屍氣薰人，前後左右，處處焚燒，煙結如霧，腥聞數十裏”。昔日繁華的城市毀於一旦。
到1648年初，清軍在湘潭受到闖王李自成殘部的頑強阻擊，攻城後清軍將領下令在湘潭屠城六天，甚至在下令封刀之後，清軍士卒們又殘殺了三天。這被清廷委婉地稱作“重懲”。半個月之後，當地的一個縉紳汪輝進城，發現城裏屍臭熏天，幸存者（包括許多重傷者）不到100人。
在山西，大同、朔州、渾源等城市被清軍攻占後遭到清軍屠戮，“人民不存，兼之附郭鄉村逃亡殆盡，誠與有主災荒者不可同日而語”，山西陷入“地方荒涼殘破”的境況順治七年十二月，《佟養量揭帖》。在廣西抗清的抵抗中，省會桂林，屢遭“亂兵掠市而去”，亂兵於梧州“劫城中官民一空”。
（三）城市居民戰亂中多逃往鄉下，城市人口大量減少，許多城市成為空城
戰爭中驚慌失措的人們認為鄉村比城市更易避難，“大亂歸鄉，此不易之論。如大清兵破鬆，在城者悉遭屠戮，而鄉居者不及矣”。
戰爭中擁有城池的城市往往成為重要戰場，而且城市不能產糧，一旦城市在戰爭中遭遇圍城，居民最先罹禍。如在福建漳州城，因鄭成功在順治九年，對駐守漳州城的清守軍進行了長達七個月之久圍困，全城死亡七十餘萬人此數字或許有誤，疑為七萬人。