采收下來的草菇，必須以最快的速度運到市場出售或運送到工廠加工。運輸過程中，要防止草菇受凍變質、受熱開傘或受壓變形。為此，草菇的裝運必須迅速、嚴密、安全。
1.鮮菇裝運
裝運鮮菇的車輛和工具必須清潔，不得與其他汙染物混裝。車內最好能有空調裝置，將車內溫度控製在18℃左右。要運的草菇應按級分裝。外界氣溫高時，裝入塑料周轉箱內運輸，外界氣溫低時，裝入塑料泡沫箱內運輸。運送鮮菇的車輛，應盡量避免在中午高溫時運輸。
2.速凍菇運輸
速凍菇的運輸應由冷藏車承擔，並直接發送各大超市，置於冷櫃內銷售，使產、運、銷過程形成一條冷鏈，以防草菇解凍，影響產品質量。草菇的冰點比水略低，為-0.9℃，因此，經速凍後的草菇，必須先在冷藏車間進行分裝，然後再將分裝好的草菇置於紙箱內冷藏貯存、運輸。