在利改稅的同時，對一些具有特殊情況的企業和行業，仍實行多種形式的利潤包幹和利潤分成製度。主要形式有：對首鋼、一汽、二汽等若幹大中型企業實行上交利潤遞增包幹辦法；對煤炭部實行“虧損包幹、超虧不補、減虧留用”的辦法；對鐵道部實行“投入產出、以路建路責任製”；對軍工企業實行“利潤定額上交，超額留用”辦法；對郵電部所屬企業和民航局實行“一九分成”的利潤分配辦法，即實現利潤的10%上交中央財政，90%留給企業用於事業發展。
大中型企業承包
承包製是從1987年開始大麵積推行的。1987年3月，六屆人大五次會議通過的《政府工作報告》中提出，1987年的改革重點要放到完善企業經營機製上，根據所有權與經營權適當分離的原則，認真實行多種形式的承包經營責任製。4月，國家經委受國務院委托，召開了全國承包經營責任製座談會，具體部署全麵推行企業承包經營責任製。此後，承包製在全國大麵積推行。到1987年底，全國預算內工業企業的承包麵已達78%，大中型企業達到80%。
根據財政部的要求，企業對國家承包的範圍，是上交國家的所得稅、調節稅，不能包產品稅、增值稅、營業稅、資源稅、鹽稅和其他各稅。承包後實行收支兩條線，企業仍按稅法規定照章納稅，企業超額完成上交目標任務的，實行超目標分成，企業應得的好處，由財政部門按承包合同規定，同企業清算，撥給企業，作為企業留利處理。不得在交納所得稅、調節稅時，直接抵扣或作退庫處理。
從各地實踐的情況看，全民所有製大中型企業實行承包經營責任製的形式主要有以下幾種：
一是上交利潤遞增包幹。即企業上交產品稅（或增值稅）後，在核定上繳利潤基數的基礎上，逐年按規定的遞增率向財政上交利潤。
二是上交利潤基數包幹，超收分成。即確定企業上交利潤基數，對超收部分按合同規定進行比例分成或分檔分成。
三是微利、虧損企業的定額包幹和虧損包幹。即對不同企業根據情況確定包幹基數，超收（或減虧）部分，有的全部留給企業，有的按規定比例分成。
承包製在推行之初，帶來了明顯的經濟效益。1987年初，我國麵臨連續20個月企業利潤下降的局麵。5月份，在全國普遍推行承包製後，迅速扭轉了實現利潤和上交利稅下降的趨勢，當年全國利稅比上年增加118億元，其中承包製帶來的新增財政收入為60多億元。
為了使承包製規範化，國務院於1988年2月發布了《全民所有製工業企業承包經營責任製暫行條例》。《條例》指出，承包經營責任製是在堅持企業的社會主義全民所有製的基礎上，按照所有權與經營權分離的原則，以承包經營合同形式，確定國家與企業的責權利關係，使企業做到自主經營、自負盈虧的經營管理製度。其主要內容是：包上交國家利潤，包完成技術改造任務，實行工資總額與經濟效益掛鉤。《條例》對承包形式、承包經營合同、經營者的選擇、承包經營企業的管理等問題都做了規定，並指出，承包期限一般不得少於三年。《承包條例》是對企業幾年來實行承包製，完善經營機製實踐經驗的總結，它使承包製的內容、形式、合同的簽訂以及國家、企業經營者的責權利關係等，得到進一步明確，並納入法製軌道。
承包製作為我國國有企業改革的過渡模式，是一項比較成功的嚐試。它不僅促進了生產發展和效益提高，還為下一步企業改革積累了經驗並創造了條件。但隨著改革的深入和經濟條件的改變，承包製也麵臨著一些難以解決的矛盾。比較突出的有以下幾個方麵：
一是企業經營行為的短期化。企業行為短期化，在企業留利上表現為不願積累，吃光分光；在設備使用上表現為不願更新，掠奪經營；在資金投向上表現為追求速效，不顧長遠；在產品經銷上表現為盡快脫手，不講信譽。
二是財政收入固定化。一方麵表現為財政收入名義值難以增加。由於盈利企業基數包死而虧損企業基數難以包死，使財政收入不因盈利企業增利而多收，卻因虧損企業增虧而讓利；另一方麵表現為財政收入實際值隨物價上漲而減少。
三是“包死基數”與價格變動的矛盾。在通貨膨脹條件下，價格變動包括價格總水平的變動和比價關係的變動兩種。這兩種價格變動都削弱了承包製的積極作用。物價總水平不斷上升，從兩方麵給企業經營帶來困難：一是原材料、燃料、電力等生產要素漲價，給企業增加了額外支出；二是副食品補貼由暗補改為明補，由企業負擔，增加了工資成本。比價關係的變化會使不同企業的盈利水平發生非經營性變動。對這種變動若不進行調整，企業苦樂不均，損害經營積極性，甚至造成整個行業都難以為繼；若進行再調整，“包死基數”就成了一句空話，承包製就名存實亡。
四是與稅製改革的矛盾。從國家與企業的分配關係看，承包製就是包所得稅。在實際工作中，個別企業甚至連產品稅、增值稅和營業稅也包了。這不僅使稅收杠杆失去了對經濟的調節作用，而且所得稅“依法納稅、依率計征”變成了“協商辦稅”，淡化了企業的納稅觀念。
小型企業租賃
六屆人大五次會議通過的《政府工作報告》指出，“一般來說，小型企業可以推行承包、租賃責任製。大中型企業可以根據企業的不同情況，實行多種形式的承包經營責任製……”因此，在大中型企業實行承包製的同時，小型企業也進行了以租賃為主要形式的改革。
國有小企業的租賃經營，是指在不改變企業的全民所有製性質的條件下，實行所有權與經營權的分離，國家授權單位為出租方，將企業有期限地交給承租方經營，承租方向出租方交付租金，並依照合同規定對企業實行自主經營的方式。