柏拉圖用數學理論來闡述靈魂的結構創造，這讓迄今為止的許多哲學家和神學家不解，這也正是其可怕和可笑的原因。在他的理論中，神在創造世界時，從世界的本原先取出一部分（1X），再取出前一部分的2倍（2X），最後取出第一部分的3倍（3X），接著神又取出第二部分的2倍（4X）、第三部分的3倍（9X）、第一部分的8倍（8X）和第一部分的27倍（27X）作為第四、五、六、七部分。於是便形成了這樣一個序列：1∶2∶3∶4∶9∶8∶27。神用全體中割下的其他部分來填補他們之間的空隙，使得每一個比例之間均產生出一個介於兩者的中項，例如在“1∶2”之間存在“2的平方根”，它小於2大於1，依次類推就產生了新的比例關係，因為比例中項之間也必須滿足這一關係——直到第五部分和第六部分之間，這都是容易解決的，因為“9∶8”的比例關係不能破壞，還要在另外的比例中項之間尋求新中項又不能打破原有的比例關係，這實在是一道數學難題。柏拉圖接著說，神把做成的靈魂體係按照長度分割成兩個部分，並使它們交叉成為X型，使其兩端彎曲成為圓形，處於同一勻稱的運動中，靈魂外部的運動以自身同一體運動，靈魂內部又表現出與外部相反方向運動，這種順時針和逆時針運動都呈現圓周規律，在不同的部位圓周的速度並不相同。一切有形體的東西都在靈魂的內部，整個係統由靈魂作為核心，包裹在一個永不停止的合理外殼之內。柏拉圖描述靈魂類似於星係的研究。最重要的物質放在星係中間，軌道不同，星辰之間的距離也不相同，星辰不同速度源於星帶和星軌的不同，同時，星係外部和內部的轉動方位差異也很大。
“三位一體”理論即是柏拉圖的“善、神、靈魂”，三者之間存在差異，依次類推。後來，羅馬時代的新柏拉圖主義哲學家普羅迪諾用“太一、精神、靈魂”重新解說它。太一，即可以等同於善，也可以是被認作先於善存在的東西，它既可以不出現在任何地方，但必定存在於任何地方；精神，普羅迪諾認為它等同於心靈（由此可以看出，從柏拉圖到普羅迪諾及後來的基督教神學，誇大精神作用是一脈相承的）或“邏各斯”（理性，絕對意誌），這是我們與神最接近的一部分；靈魂，他是生命的創造者，由精神作用他創造了可見的世界，普羅迪諾彌補了柏拉圖對話中關於可見世界存在必要性的缺失部分，即：靈魂有兩個方麵。一方麵，對內的靈魂受精神引導，存在於各種生命體內；另一方麵，對外和對下的靈魂，它創造流變、虛幻的物質世界，並可以使人墮落。它可以下降到任意的生物體內。
三位一體的普遍性源於它話題的古老，許多學派都或多或少的存在“三位一體”的理論。通常看來，“三位一體”的含義包含三層關係，分別為原始神、主導神、即身神的關係，例如基督教的三位一體是聖父（宇宙間最高原則體現者）、聖子（實踐聖父意誌的人，即通常所謂的基督）、聖靈（受信仰感化，直接進入心靈傳道的力量），佛教的三位一體是佛、法、僧。基督教“三位一體”的溯源和解釋便是柏拉圖和普羅迪諾的三位一體思想，難以想象，如果基督教和其他另一些宗教成分中剔除了這些部分會變成什麼樣子。柏拉圖之所以為異教徒和神學家所推崇，因為他的對話可以讓他們心靈顫抖。他們的思想均源於柏拉圖，這也是柏拉圖對基督教的重大影響所在。