這樣做的好處是整頓了前朝的混亂官製，相應地也裁撤了大批冗員，但官製太過齊整對皇帝卻是一種製約，因為內府省官員也需經過吏部的考選，需要履曆，需要資曆，需要按資排輩，皇帝的決策權被大大地遏製了。
這當然讓皇帝很不滿意，寧是勤一直在尋找機會尋求突破，隻是阻力重重，舉步維艱。
轉折點出現在“蕭陞南逃事件”發生之後，寧是勤借機發難果斷地廢了內府省，改由宮務局執掌內宮。
宮務局所掌跟內府完全一致，宮務局是常設機構，不是宣徽院第二，但宮務局的級別很低，主官宮務局令隻是個正四品官，且還隻是個擺設，真正掌握實權的是六個掌印太監，掌印太監屬於差使官，正六品以上內官即可充任，起點低，方便皇帝使用自己喜歡的人。
宮務局地位雖卑，權勢可不小，內官外出身穿黃衫，代表的是皇帝的權威，所轄各處莫不是實權在握。宮闈處，掌理內務庶務；內侍處，執掌皇帝、太後、皇後的儀仗警衛；監門處（監門衛），執掌宮廷鑰匙；采辦處，執掌皇室物資采購，管理龐大的皇家製造所和商棧生意；莊園處，掌理龐大的皇莊和皇家園林。
另設奚官局，管理宮奴、工奴。
原先被取消的天下尋訪司又得以重建，掛名在宮務局采辦處下，名曰查訪司。名義上是為皇家采辦處查訪更新奇、更優質、更便宜的物資，以供奉內廷。實際卻是皇家耳目，奉旨監聽天下。地位卑賤，權力通天。
經過這一番折騰，內廷係統完全操控於寧是勤之手，外人無從幹涉。
統攝內宮之後，寧是勤又重整了內宮禁衛製度，以宮務局監門處掌管宮門鑰匙，抬高期門軍，貶低虎賁軍，金吾衛徹底淪為皇家儀仗，不再擔負禁宮警衛之責。
天子六軍雖是皇家私軍，軍需供應卻需經過兵部，形成一種製約，現在皇帝特設皇庫供軍處，禁軍所需物資、軍械，由皇庫供軍處直接籌措，兵部無權過問。
過去調動禁軍的皇帝手敕需經樞密院副署方能生效，寧是勤以禁軍執掌宮禁為由拒絕樞密院的幹涉，改由新設立的軍機房直接發布，經統軍大將和監軍使共同勘驗後即發生效力，禁軍的布防、調動，行軍、戰鬥，樞密院也好，兵部也好，無權再問過。
而這個新設立的軍機房隻是皇帝禦書房的一個分支，直屬天子，辦事大臣由皇帝親自選任，帶有差使性質，無須經過吏部補選和政事堂的同意。
掌控了內宮和禁軍之後，寧是勤信心大增，轉而著手馴服政事堂，先是勒令老臣吳元凱告老還鄉，然後拒絕增補宰相，隻增補了一名參知政事來填補吳元凱留下的坑。
宰相是當朝一品，而參知政事雖然幹著宰相的活，卻隻是個正三品官。位份甚至還不及六部尚書（正二品）。
能做正一品官的，普天之下就那麼幾個人，可供候選的人很有限，能拜宰相者，無不資曆深厚，名重天下，皇帝並不好駕馭。而三品官的選擇餘地就大得多，六部侍郎，九寺五監，中州以上的刺史、監察院的禦史，翰林院的學士，都是參知政事的候補人選。
這樣就有效地破了權臣壟斷朝綱的局麵，而卑官易製，也更有利於皇帝對朝堂的操控。