除了往政事堂裏注水，以卑官替代宰相，寧是勤還通過機構之間具體運行規則的變化，逐步蠶食政事堂的權力。
大夏建政初期，為了革除蕭梁時六部把持朝政、隔斷內外的弊端，設立了通政司，統一收發內外公文。
通政司直接隸屬政事堂，所收納的公文和奏章，統一登記分類後便移交給政事堂，由政事堂做出決策形成正式文書再由通政司遞送各地、各在京衙門。
寧是勤不滿公文奏章被政事堂壟斷，下詔改革通政司，不僅掌理內外公文和朝臣奏章，還要兼理臣民密封申訴之事，然後以涉密為由，將通政司從政事堂獨立出來，獨立運行。
這之後他便以親信執掌通政司，使得通政司所得公文、奏章、密封申訴在通政司登記之後即移交給禦書房的通政處，再由通政處登記分類，移交給禦書房六科郎中，再由六科郎中分出輕重緩急，移送給政事堂。
表麵看隻是多了一個公文運行步驟，但這個步驟卻是至關重要的，從此以後天下事休想再瞞過天子的眼睛，政事堂隻能老老實實的去幹活。
這隻是馴服政事堂的第一步，寧是勤隨即以各部州縣敷衍塞責，致使政令不夠暢通為由，規定所有政事堂的文書必須經過禦書房的點朱。
所謂點朱，本意是政事堂的文書呈報給皇帝，皇帝閱覽後，以朱筆點記，證明這件東西皇帝已經知曉，各部州縣若是敢敷衍塞責，便是欺君，以此逼迫下麵不折不扣的去執行。
這樣固然對下麵是一種威懾，對政事堂同樣壓力巨大，從此政事堂幹完的活，就不能像先前那樣大事奏聞，小事自決，而是無論大小事務都要報給內廷禦書房去點朱。
最開始的點朱不過是例行公事，政事堂公文報來，皇帝的助手代替皇帝點朱，然後交給通政司製文用印，發送出去。
看起來也隻是一個公文運轉的步驟，但漸漸的情況就發生了變化。
皇帝在點朱的過程中發現政事堂公文裏麵存在不妥當的地方，自然有權提出來要求改正。而皇帝的要求，政事堂通常無法拒絕。
過去政事堂執掌機樞，總理朝政，大事奏聞，小事自決，權柄很大。而現在政事堂大事小事都需經過禦書房，所做政令往往胎死腹中。
久而久之，難免挫傷政事堂的權威和積極性，一群德高望重的宰相、參知政事被一群年輕的郎中“點”的體無完膚，這老臉又往哪擱？
天子如此肆意妄為，自然遭致朝臣的強烈抵製，單單因為公文程序問題，政事堂就跟禦書房耗了三個月。
最後以寧檜告老、陳瑞安去職而告一段落，自那以後政事堂就被馴服了。
宰相、參知政事們若想日子好過點就得揣摩禦書房的心意，小心翼翼奉承著，免得被郎中們的一枝朱筆“點”死。
自此，天下政令自禦書房出，政事堂空擔一個名分而已。最後連政事堂的大印也被收歸禦書房。皇帝再想做什麼事，完全可以撇開政事堂，自己窩在家裏搗鼓搗鼓就行了。