陳東升認為，以改革開放為分水嶺，中國現代化建設有了兩個版本：
第一個版本是1949-1978年改革開放前以公權為基礎的現代化建設，這個階段是以計劃經濟為核心，效仿的是蘇聯，以其為師；第二個版本是從1978年到現在，改革開放後以私權為基礎的現代化建設，這個階段以市場經濟為主要內容，效仿的是歐美，核心是以美國為師。通過第一個版本的現代化建設，中國從一個百廢待興的農業國，完成工業化基礎建設，初步建立了能源、交通、航天、軍工、汽車等重工業基礎建設。同時，從製度方麵，我們還繼承了很多寶貴的遺產，這對於第二個版本的現代化建設起到了巨大的推動作用。因此，在陳東升看來，中國改革開放的成功與第一個版本現代化奠定的基礎是分不開的。
第一個版本和第二版本的現代化不是對立的，也不是分割開的—前者是後者的基礎，後者是對前者的繼承和發展。第一個版本的現代化在創新體係等方麵先天性不足，逐漸失去了對經濟發展的推動力量。從1972年開始，中國重新打開國門，主動引進先進技術，嚐試改革，在經曆了“文化大革命”後，1978年召開十一屆三中全會，確定了以經濟建設為中心、實行改革開放的發展重心；經曆了20世紀80年代波瀾壯闊的經濟建設，再到1992年鄧小平南方視察的力挽狂瀾，最終在十四大確定了“建設社會主義市場經濟體係”，從而用20年完成了從第一個版本現代化向第二個版本現代化的過渡。
1.第二個版本現代化暨改革開放的核心內容
陳東升認為，第二個版本的現代化最根本是兩個偉大的改革：一是價格改革，徹底放棄計劃經濟體係，整個社會的資源配置交由市場；二是產權和所有製改革。
價格改革：
改革初期，改革的重點基本在農村，杜潤生等人提出了承包責任製，調動農民的積極性，解決吃飯問題。之後，改革重心開始向城市轉移，而城市改革的核心就是企業改革。企業如何改革，討論的結果就是實施承包製，放權給企業，包括生產權和產品定價權。在放權過程中，開始爭論廠長經理責任製，接著是產品定價權的問題，如何改革統購統銷的價格體係。因此在這個過程中，價格改革是最根本的改革，它最後形成了社會主義市場經濟體係，其他改革，諸如城市綜合體製改革與外貿改革、金融改革、財政改革以及稅收改革等，都是次要的。
談到價格改革就不得不談“價格雙軌製”。“價格雙軌製”指的是同一產品計劃內部分實行國家定價，計劃外部分實行市場調節價的製度。這個製度旨在避免體製轉換過程中，由於價格劇烈變化引起的利益過大調整造成的社會震蕩，減少改革的阻力和風險；一方麵靠計劃軌穩住大局，保證經濟有序穩定地發展，另一方麵靠市場軌的調節作用，引導資源流向，刺激短線生產，緩解供求矛盾。實踐證明，“雙軌製”價格相對於舊體製來說，代表著活力，代表著進步，在一定的時期內發揮了積極的作用。陳東升認為，“雙軌製”是中國改革史上，也是世界人類史上的一個重要發明和偉大貢獻。
所有製與產權改革：
所有製與產權製度的改革最後在中國建立起了現代企業製度和體係，中國企業逐漸成長和崛起。產權製度改革是對產權關係和產權運行規則進行的變革，通常所說的公司製改造、聯合、兼並、股份合作製、出售等行為都屬於產權製度改革。公司製改造是產權製度改革的一種主要形式。在產權改革中，經濟體中政企不分、產權不明、不自主經營、不自負盈虧的企業被改造成為政企分開、產權明確、自主經營、自負盈虧的企業，這對於我們建立現代企業製度、培育大型企業具有非同凡響的意義，也是我們今天中國走向強國之路的根本改革。
20世紀70年代，陳東升的老師董輔第一個提出國家所有製的改革，厲以寧老師也提出要實施股份製，陳東升認為他們是所有製和產權改革理論的先驅。產權改革首先從國有企業開始，不論理論和政策上采取了何種“說法”，中國國有企業改革從開始實際上就是“市場導向”的。
改革之前，企業對生產什麼、生產多少、按什麼價格出售都無法自主決定，國家計劃“管得過多，統得過死”，因此成為企業體製上的一大弊端。改革後，企業轉而被要求“麵對市場組織生產”。企業首先進入的是商品市場，在商品市場中則首先進入的是消費品市場。最先得以放開的是大多數消費品價格，隨後通過“雙軌製”的調放結合，到20世紀80年代末、90年代初又放開了大多數投資品價格。中國國有企業首先經受了商品市場的競爭洗禮，取得了一係列重要成果。
1992年後，在國有企業改革的基礎上，時任國務院總理的朱鎔基力主開始進行金融業改革。陳東升認為，金融企業改革的核心是國有銀行和金融機構的股份製改造，目的是使四大行在更大程度上向純粹的現代化商業銀行靠攏，以提升在國內國際金融領域的競爭力。
簡單地說，股份製改造就是要實現產權明晰，隻有明確了產權關係，才可以使四大行以更加商業化的姿態進行之後的改革，包括自主創新、減員增效等。國有銀行上市的意義有很多，一方麵是股權改革的一個手段，另一方麵也可以使銀行的運作更加透明、公開，另外還能以公開方式、利用資本市場補充資本，解決長期困擾銀行的資本充足率偏低的問題。
當時，中國銀行業有5萬億呆壞賬，這也是中國“摸著石頭過河”不得不付出的代價。這些呆壞賬的形成與舊的金融體係有著非常直接的關係。在舊的金融體係下，銀行分行行長由總行和省委共同決定，地方政府促生產、搞項目都必須從銀行貸款；在計劃經濟時代，地方政府官員還把銀行當成地方政府的出納使用，大量項目貸款形成了大量的呆壞賬。銀行體係改革最核心的是一級法人製改革，分行的行長由總行任命，與地方政府徹底脫離關係，所以政府再也不可能像以前那樣，為搞項目，逼迫銀行不合理貸款。
按照歐美現代會計準則，中國大型國有銀行在金融體係改革之前就已經在技術上破產了。在這種情況下，銀行進行股份製改革，引進海外戰略投資者，股份無法溢價，也就是賣不出好價錢。朱鎔基采取的措施是把呆壞賬剝離，針對工、農、中、建四大國有銀行，分別成立中國長城資產管理公司、中國信達資產管理公司、中國華融資產管理公司和中國東方資產管理公司，處置各自的不良資產。之後各個國有銀行分別溢價，將少量股份賣給戰略投資者，再擇機在國內及全球公開發行股票，成為受社會監督的上市公司。
陳東升指出，在逐步建造正常的金融體係的過程中，溫家寶總理繼續推進了大銀行改革，並進行了股權分置改革和資本市場改革。
股權分置試點方案是我國證券市場製度的一大創舉，具有劃時代的意義。
首先，股權分置將促進證券市場製度和上市公司治理結構的改善，有助於市場的長期健康發展；其次，股權分置問題的解決，可實現證券市場真實的供求關係和定價機製，有利於改善投資環境，促使證券市場持續健康發展，利在長遠；第三，保護投資者，特別是公眾投資者合法權益的原則使得改革試點的成功成為可能，這將提高投資者信心，使我國證券市場擺脫目前困境，避免被邊緣化，其意義又在當今；第四，股權分置解決後，一係列金融創新就會順理成章地推出，有利於完善我國證券市場的產品結構，增加投資品種，促進資本市場資源合理配置。
2.第二個版本現代化的經濟特征
政府主導經濟：
陳東升指出，第二個版本現代化的一個顯著特征是政府主導經濟。與前蘇聯的“休克療法”將國有經濟徹底毀滅不同，中國經濟改革采取的是保留國有經濟的存量，大力發展外資、民營經濟的新增量。
政府主導是中國經濟體製改革的最大特點，也是經濟體製改革成功的一大保障。政府主導經濟的方式，如設立各種經濟技術開發區、特區等，以低廉的土地價格、優惠的稅收、廉價的勞動力，換回了中國經濟過去30年的高速發展。
毛澤東時代留下了幾大遺產：第一是大一統的中央集權的政體，這是中國數千年延續下來的傳統。新中國是1840年以後的百年裏，中國第一次出現的最強大的大一統政權。中央高度集權的最大好處是可以集中力量辦大事，高效率、低成本、高速度。在工作重心轉移到經濟建設上來以後，這種優勢更加凸顯出來。第二個遺產是，實行人民公社製度後，中央政府將土地所有權收歸國家和集體，農民成為土地的租賃者而非所有者，這為改革開放後的高速發展，特別是城市化和基礎設施與高速公路、高速鐵路網的建設奠定了土地基礎。對比一下同樣是人口大國的印度，雖然也是中央集權國家，但由於實行土地私有化，導致政府征地困難重重，嚴重製約了經濟的發展。印度曾經想學中國搞經濟特區，但在征地過程中與農民發生衝突，結果導致特區構想流產。另外，改革開放後的聯產承包責任製提高了農業效率，解放了大量農民，形成了3億農民工，為中國沿海地區的崛起提供了充裕的產業工人。
政府主導經濟的另一個具體表現是地方政府官員在地方經濟發展中的特殊地位和作用。1992年再次確立發展市場經濟的路線方針後，經濟發展成為考核地方政府政績的核心指標，地方政府逐步成為推動市場經濟發展的主力，這一模式的出現並占據主導也是源自對日韓等亞洲鄰國高速工業化進程的學習。在日韓等亞洲經濟體的快速工業化進程中，政府主導模式的確產生了極大的積極作用，三星、索尼等跨國企業的迅速崛起，無不與政府背後的支持有著密切的關係。在我國，有很多地方政府也培育出了很多全國知名企業，例如聯想、海爾、招商銀行等都和地方政府的支持和扶植密不可分。在這種模式下，地方政府書記就是這個區域的董事長，市長就是這個區域的總經理。政府的一切運作基本都圍繞這一體係。這種現象實際是泛企業家精神，或者說是企業家精神的社會化。
模仿型經濟：
在陳東升看來，中國人是全世界最聰明的，從來就不缺乏創新精神，但研究中國經濟崛起的規律後可以發現一個顯著特征就是模仿經濟。他認為，中國一直在發展，而眼下的發展模式就是“汲取外界事物+改進+更新+創新”。也就是說，模仿跟創新同時進行，在第一個版本的現代化進程中，我們學習、模仿前蘇聯，實施計劃經濟體製，引進156個項目，初步完成工業化；根據著名經濟學家楊小凱在《百年中國經濟史筆記》中的描述，“這種戰略是以公有製計劃經濟的製度來模仿私有製和自由市場創造的新工業化模式，但卻不模仿資本主義的法律製度、產權結構、市場製度和相應的激勵機製”，這樣是無法長期推進現代化進程的。
在1972-1992年的過渡階段，計劃經濟體製無法再有效促進經濟的發展，於是中國模仿過南斯拉夫等國家，但最終還是逐漸找到了現在的老師——美國，從而逐步建立起了市場經濟體製。
轉型經濟：
自從1992年鄧小平南方視察以來，我們國家就從計劃經濟轉向了市場經濟。
美國傳統基金會和《華爾街日報》自從1995年以來每年發布各國的經濟自由指數，該指數包括關稅壁壘、財政負擔、政府幹預、金融政策、外資屏障、銀行金融、價格和工資、產權保護、政府調控、黑市行為等十項指數。每個國家或地區在每項指標下分為1-5分，最後得出綜合評分，以此表示各國的市場化程度。其中，1-1.99分表示經濟完全自由，2-2.99分表示經濟基本自由，這兩種國家是市場經濟；3-3.99分表示經濟基本不自由，4-5分表示經濟完全不自由或受壓抑，這兩種國家是非市場經濟國家。1997年，中國的經濟自由度評分為3.8分，2002年為3.55分，2005年為3.46分。可見，中國經濟的市場化程度在不斷提高，但仍沒有降到3分以下，成為市場經濟國家。
陳東升認為，市場經濟與計劃經濟最本質的區別在於資源配置的主體和方式。計劃經濟資源配置的主體是政府，方式是計劃和命令；市場經濟資源配置的主體是企業和企業家，市場是調節主體。因此，區分市場經濟和計劃經濟的關鍵要看企業是否有獨立的決策權，以及價格在資源配置中起著多大作用。企業自由的基礎是產權明晰，即企業擁有自己資產的占有權、使用權、處置權（轉讓權）和受益權。這樣的企業作為獨立的法人，除了遵紀守法之外，其經營活動不應受任何外力，尤其是政府的幹預。