維薩裏決定通過係統性地繪製人體內的每一條血管和神經，為外科醫生繪製一部解剖圖集，來解決這個問題。他在一封信中寫道：“在解釋神聖的希波克拉底和蓋倫的觀點的過程中，我碰巧在圖上繪製靜脈血管，我認為這樣做可以很容易地解釋希波克拉底所謂的，因為你知道，即使在博學之士中間，關於靜脈放血術也有很多分歧和爭議。”
但是，維薩裏發現，這項工作一旦開始，就停不下來了。“我對靜脈血管的繪圖，令醫學教授和學生們大為欣喜，於是他們熱切地向我求索動脈血管的繪圖，以及神經的繪圖……我不能讓他們失望。”人體是息息相關的係統：靜脈和神經平行布設，神經和脊髓相連，脊髓和腦相連。以此類推，隻有整體把握人體，才能掌握解剖學。很快，這項工程就變得無比龐大複雜，以至於要外包給其他的繪圖員來完成。
但是，不管維薩裏多麼努力地檢視人體，他仍然無法找到蓋倫所說的“黑膽汁”。“autopsy”（屍檢）一詞，來源於希臘語的“親眼看見”；隨著維薩裏學著自己親眼所見，他已不能再滿足於蓋倫的虛幻定論。淋巴係統攜帶著青白色的水樣液體；血管如預期一般充滿了血液；黃膽汁存在於肝髒。但是，蓋倫所說的誘發“癌症和憂鬱症的滲透性載體”黑膽汁，卻無從得見。
維薩裏發現自己處境尷尬。他是浸淫在蓋倫學說的傳統中成長起來的；他不但學習，而且還編輯和再版了蓋倫的著作。但是，蓋倫生理學的閃閃發光的中心概念之一——黑膽汁，卻無跡可查。維薩裏對自己的發現采取了迂回的態度。一方麵，他感到內疚，於是向早已逝去的蓋倫致以了更多的美譽之詞。但另一方麵，作為一名不折不扣的經驗主義者，維薩裏隻按照自己親眼所見的東西來繪圖，而把結論留給他人去總結。人體內根本沒有黑膽汁！維薩裏當初發起的解剖學工程，本來是要拯救蓋倫理論的。但是，他最終默默地埋葬了這個理論。
1793年，倫敦的解剖學家馬修·貝利（MatthewBaillie）出版了一部教材，名為《人體重要部位的病態解剖》（TheMorbidAnatomyofSomeoftheMostImportantPartsoftheHumanBody）。這本為外科醫生和解剖學家所寫的著作恰恰與維薩裏的工作相反——如果說維薩裏的解剖圖描繪了正常人體結構的話，那麼貝利則描繪生理異常的人體狀態。這是用一種倒像透鏡來審視維薩裏的研究。在這裏，蓋倫對疾病的奇幻推想受到了嚴重的挑戰。黑膽汁或許並不存在於正常的組織中，那麼腫瘤裏應該滿是黑膽汁吧？但事實上，在腫瘤中也找不到。貝利描寫了肺癌（大如一隻橘子）、胃癌（類似海綿一樣的外觀）和睾丸癌（有惡臭的深度潰瘍），並為這些腫瘤提供了生動的雕版印圖。但是，他到處都無法找到膽汁的通道——即使在如橘子般大的腫瘤中也找不到；在惡臭的深度潰瘍的洞穴中也沒有發現。即使蓋倫所說的隱形的液體網絡的確存在的話，也必然是存在於腫瘤之外、存在於病理學世界之外、存在於常規的解剖學研究領域之外——簡而言之，存在於醫學科學之外。像維薩裏一樣，貝利隻描畫他所實際看到的解剖現象和癌變。曾經千百年來，根植於醫患心中的那條栩栩如生的黑膽汁通道以及“腫瘤中的體液”，終於從我們的圖畫中消失不見了。