努爾哈赤建立的後金，作為國家政權，尚處在草創階段。遷都到遼陽、沈陽後，盡管逐漸有些充實，還顯得粗糙。這集中反映到官製上是很不完備的，從中央到地方還沒有形成一套係統的行政機構，僅以八旗軍製來行使國家職能。它規定：固山額真為每旗的總管大臣，總理全旗軍政；設二名梅勒額真為佐管大臣，協助總管大臣管理旗務。天命元年（1616年）前，特設議政五大臣、理事十大臣。後來他們執掌國家政權，是後金統治集團的核心人物，有的以旗總管大臣或佐管大臣兼任。其中議政五大臣參與決策機要大事，理事十大臣分別管理各項庶務。國人有訴訟，先由理事大臣聽審決斷，然後報給議政大臣複審，再上報諸貝勒，經過眾議定案。必要時，令訴訟者麵見努爾哈赤，詳加審問，明核是非。努爾哈赤本人每五天接見諸貝勒大臣，聽取彙報，發出訓諭、指令等。天命五年（1620年），努爾哈赤襲用明朝軍職名稱，設總兵官，副將、參將、遊擊、備禦等。它們不是行政機構的官職，而是被當作爵位按軍功大小加授的。總兵官為第一等，內又分三等，以下直至遊擊，每一等級都又分三等。而牛錄額真都改為備禦，下設四員千總。
努爾哈赤的這套設置是十分簡陋的。它具有三個特點。第一，八旗製度基本上是一個軍事製度，用它來代替國家行政機構，以軍職的八旗旗主兼管行政事務和組織社會生活，這多少帶有軍事管製的味道。第二，民族壓迫的特色尤其明顯。從上層統治集團到下邊任職掌實權的軍官，幾乎都是滿族人，從而排斥了大多數漢官參與政權。這在漢人占絕對優勢的遼沈地區是不可能行之持久的。第三，它實行八和碩貝勒即八旗旗主“共議國政”，凡軍政大事皆由集體裁決，含有原始軍事民主製的殘餘。顯然，這與日益發展的君權獨攬是不相適應的。進入遼沈地區以後，由於地域遼闊，人口眾多，經濟文化高度發達，因此，努爾哈赤設置的國家機構就顯得相形見拙，落後於時代，如不改弦易轍，勢必出現很大的矛盾，阻礙後金的發展。
清太宗繼位之初，先對初創的後金國體製作了些必要的修補，然後逐步進行大幅度的改革。天命十一年九月，太宗召集諸貝勒共同議定：每旗仍各設一名總管大臣，稱為總管旗務八大臣，參與國政，與諸貝勒並坐共議。出獵、行軍各領本旗兵士行動，本旗的一切事物皆聽調遣、指揮。以前，隻有兼任議政大臣的固山額真才能參與國事，現在則擴大了範圍，凡八旗旗主（即固山額真）都有權參加。又每旗仍設二名佐管大臣共十六大臣，協助管理本旗事務，並負責刑法。他們可以不出兵駐防。除此，每旗還設二名調遣大臣，共十六大臣。他們的職責是，出兵駐防，隨時聽從調遣。還對其所屬的刑律負有審理之責。
不難看出，太宗對國家機構尚未作大的變動，隻是又增加了執政人員，把一部分新人吸收到上層統治的核心，擴大了政權的基礎。所任命的大臣仍沒有漢人參加。但是，太宗是個傾心於漢族文化的人，他非常注意、十分重視學習漢族的政治經驗。在對國家機構進行大改革時，要求他的諸貝勒大臣“凡事都照《大明會典》行”，仿照明政府製度，設置國家各級機構。天聰三年（1629年）四月，太宗設文館，命儒臣分兩班：巴克什達海和剛林等翻譯漢文典籍；巴克什庫爾纏和吳巴什等記注本朝政事。巴克什是對文臣的通稱，後改稱筆帖式，滿語叫筆特赫達式。太宗優先設置文館，給它規定了兩項職能，一是通過翻譯漢文典籍，借鑒漢族的政治經驗；一是記注本朝政事，目的是總結他執政的得失。這些都為他推進各項改革做思想和政治上的準備。實際上，文館成了他改革的谘詢機關，任職的大臣便做了他的顧問。
天聰十年（1636年）三月，改文館為內三院：內國史院，負責記錄起居、撰擬詔令、編纂史書、慶賀表文、纂修實錄，冊擬功臣誥命等。內秘書院，負責撰寫外藩往來書信、記錄各衙門的奏疏及代汗起草對各官的指令。內弘文院，專門負責注釋曆代行事的好與壞、給皇帝講經注史、頒布製度等。是年六月（從四月起，改為崇德元年），更定內三院官製：內國史院沒大學士一人、學士二人；內秘書院大學士二人、學士一人；內弘文院大學士一人、學士二人。這些大學士、學士分別由滿人、漢人、蒙古人擔任。這是清代設大學士之始。清沿明製，不設宰相，而代之以大學士。大學士的權力很大，直接參加議定國家軍政大計，掌握國家機密。內三院的設置實際上已取代了八和碩貝勒”共議國政”的體製。
繼設文館之後，天聰五年（1631年）七月，太宗按中國曆代封建皇朝的行政組織，設立六部，使國家機構趨於完善。六部是：吏、戶、禮、兵、刑、工。每部以一名貝勒總理部務，其下沒滿承政二員、蒙古承政一員、漢承政一員，承政之下各設參政八員，惟有工部參政設滿人八員、蒙古二員、漢人二員。各部均設啟心郎一員。做具體事務的官員筆帖式。各部“酌量事務繁簡補授”。設立六部，明確了分工。提高了辦事效率。這六部雖由貝勒主持，但他們必須對汗（皇帝）負責，這就加強了中央集權。崇德元年五月，太宗又設立都察院，與三院六部不相屬，獨立行使監察各部的職權。太宗授於該部院以很大的權力，上自皇帝、諸王貝勒，下至各部臣都可以勸諫、彈劾、糾察。他指示都察院的官員說：“朕如奢侈無度、誤殺功臣，或者逸樂畋獵、荒耽酒色，不理政事，或者拋棄忠良人任用奸詐、升遷官員不當，你們要直說，勸諫無隱。諸貝勒若果廢棄事業，偷安為樂，或朝會時輕慢懈怠，部臣隱瞞不報，你們要指名參奏。六部斷事不公及審獄遲緩，你們也要察明向朕報告。明朝弊政，在你們這樣的衙門往往成為賄賂之所，你們務須互相防備檢查。除了挾私仇誣告好人外，凡你們所奏，說得對的，朕立即批準照辦，說得不對的，朕也不加罪你們。”