2.我國突發公共衛生事件應對體製的不足
如果把應對SARS危機當做一場戰爭，我國首先缺乏一個有力的指揮協調係統，各自為戰、處於無序狀態。從危機管理來看，首先，危機管理常設中樞機構是諸多現代發達國家危機管理係統的重要組成部分，以統領全國突發公共事件的處理。此外，鑒於危機的常態性，要想永遠避免危機的衝擊是不可能的，因而各問題領域應設立相應的危機管理組織，並與危機管理常設中樞機構構成危機應對組織網絡。我國不僅在公共衛生領域缺乏常設危機管理組織，在其他危機頻發的問題領域也缺乏應有的危機管理組織，這是我國危機應對主要依賴各級政府現有行政設置所致。正是由於危機管理常設中樞機構的缺乏，各地各自為政，很大一部分原因導致了包括SARS在內的各種突發事件的蔓延。
3.我國突發公共衛生事件應對體製的完善
完善我國突發公共衛生事件應對體製的原則是：中央統一指揮，地方分級負責，依法規範管理，保證快速反應，完善監測體係，提高預警能力，改善基礎條件，保障持續運行；要求各地區也要從實際出發，抓緊建立本地區突發公共衛生事件的應急處理機製，充分利用現有基礎設施，加強疾病預防控製機構的建設，保障國家應對突發公共衛生事件應急反應機製的正常有效運轉。
完善我國突發公共衛生事件應對體製，一是政府設立公共衛生應急指揮部，由行政首腦擔任指揮長，有關政府部門抽出領導作為指揮部成員參加。指揮部依預案啟動，依分工開展工作。二是建立應對公共衛生危機常設機構。目前沒有這樣的機構，這個機構應設在各級衛生行政部門。平時負責抓好公共衛生體係的建設與管理，定時組織演練，保證這個係統隨時處於應急狀態。發生突發公共衛生事件時，可以以兩種身份出現，一則作為政府常設的公共衛生指揮部的辦事機構和決策谘詢機構，代表政府行使指揮職權。二則依法律以衛生行政部門的身份出現，行使執法職權，根據形勢發展，前者的職能可能要漸漸減少，而後者的功能要逐步加強。三是建立預案管理機製。擔負公共衛生事務的所有部門和單位，都要有自己的預案，形成一個完整的預案庫。公共衛生突發事件的演練和危機應對，基本按預案進行。四是完善督查機製。可以考慮製定一個公共衛生突發事件督查條例，規範督查程序，明確相應的權利和義務。
（三）我國公共衛生事件應對的機製
1.強化應急決策和協調機製
2004年3月，衛生部成立了衛生應急辦公室，負責全國突發公共衛生事件的預警、應急準備和組織協調處置等工作。各級人民政府衛生行政部門，結合本地區實際和工作需要，設立或指定突發公共衛生事件處置的日常管理機構，負責突發公共衛生事件應急的協調、管理工作。為實現突發公共衛生事件處理的“指揮網絡化、應急信息化、執行程序化、決策智能化”，衛生部和各省、自治區、直轄市應開展突發公共衛生事件應急指揮決策係統的建設，並保證係統建設的上下銜接、協調一致。由此，在全國形成應對突發公共衛生事件應急協調指揮體係，保證突發公共衛生事件的應急處置指揮有力、協調良好、控製有效。
2.完善監測信息網絡，建立預警機製
突發公共衛生事件監測信息網絡主要包括國家疾病監測報告係統、國家突發公共衛生事件監測報告係統、醫療救治信息係統、衛生執法監督信息係統和應急指揮信息係統。完善突發公共衛生事件監測信息網絡，按照統一規劃、分步實施、突出重點、信息共享、強化職責、依法管理的原則進行。在強化檢測的基礎上，建立及時準確的預警製度。
3.建立應急物資的儲備、征用機製
衛生應急物資儲備是一項複雜、動態的係統工程，涉及發改委、財政部、衛生部等多個部門，部門協調配合十分重要。衛生應急物資儲備以地方儲備為主，國家儲備作為必要的補充。各級衛生行政部門要結合本地區實際情況和應急工作需要，充分考慮利用現有人力、財力和技術，根據突發公共衛生事件特點，分類提出應急物資儲備目錄，由財政部門保證儲備資金，發展改革部門具體組織落實儲備到位。發生突發公共衛生事件時，發展改革部門應根據本級政府的指令和衛生部門的建議，按照有關規定調用應急儲備物資，並及時補充。
4.開展應急培訓，組織應急演練
衛生應急工作要堅持“預防為主，平戰結合”的原則，加強衛生應急人員的技術培訓，加強各級管理和專業人員的培訓和知識更新。組建衛生應急隊伍，選擇具有臨床經驗的醫務人員和現場處置經驗的疾病預防控製專業人員，平時進行應急知識、技能培訓，配備必要的醫療救治和現場處置裝備，在遇有突發事件時，能夠迅速組織，及時趕赴現場，有效開展醫療救治和流行病學調查處理。
衛生部組織全國性和區域性的突發公共衛生事件應急處理演練，以檢驗、改善和強化國家或區域應急準備，提高應急能力；同時，對演練結果進行總結和評估，進一步完善應急預案。地方各級人民政府衛生行政部門根據實際情況和工作需要，結合應急預案，按照“統一規劃、分類實施、分級負責、突出重點、適應需求”的原則，采取定期和不定期相結合的形式，組織開展突發公共衛生事件的應急演練。
5.廣泛動員社會力量，加強應急公眾溝通機製
衛生應急工作中的社會動員對有效處置突發公共衛生事件十分重要。城市社區、農村基層和社會各界力量全麵參與重大傳染病疫情和救災防病等其他突發公共事件的應急，是全麵落實各項防治措施，有效控製突發事件的重要條件。
各級衛生部門和新聞宣傳部門要密切配合，采取多種形式和渠道，廣泛開展突發公共衛生事件應急知識的宣傳和健康教育，加強突發事件應急處理的宣傳報道和危機幹預，正確引導輿論，確保社會穩定。
6.部門協調配合，加強國際合作機製
突發公共衛生事件應急工作是一項複雜的社會係統工程。必須明確政府有關部門在衛生應急工作中的職責，建立和完善應對突發公共衛生事件的部門信息溝通和工作協調機製，協調有序地處置突發公共衛生事件。
隨著經濟全球化的進程加快，各種突發公共衛生事件逐漸呈現出跨國界的趨勢。為有效應對國際關注的突發事件，維護國家形象和聲譽，在突發公共衛生事件應急方麵要廣泛開展和加強國際交流與合作，參與全球應對突發公共衛生事件行動，積極利用國際經驗與經濟技術力量來應對和處理國內突發公共衛生事件。