（1）衛生管理部門。負責我國公共衛生應急管理的部門是國務院、衛生部及地方各級衛生行政主管部門。衛生部在國務院領導下具體負責管理全國衛生工作，它下設辦公廳、人事司、規劃財務司、衛生政策法規司、衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）、農村衛生管理司、衛生執法監督司、婦幼保健與社區衛生司、醫政司、疾病控製司（全國愛國衛生運動委員會辦公室）、科技教育司、國際合作司、保健局等部門。《突發公共衛生事件應急條例》規定了衛生部的主要職責，包括：①在全國突發事件應急處理指揮部的領導和指揮下，按照分類指導、快速反應的要求，製定全國突發公共衛生事件應急預案，報請國務院批準後實施；②製定突發公共衛生事件應急報告規範，建立重大、緊急疫情報告係統；③對可能造成重大社會影響的突發事件，立即向國務院報告；④承擔突發公共衛生事件的通報和信息發布工作；⑤對新發現的突發傳染病，及時宣布或提請國務院宣布為法定傳染病；⑥對新發現的突發傳染病、不明原因的群體性疾病和重大中毒事件，及時組織力量製定相關的技術標準、規範和控製措施等。衛生部負責應急管理工作的機構主要是衛生應急辦公室，與其相關的是疾病控製司，負責日常疾病防控。相關部門職責介紹如下：
我國公共衛生事件應急管理體製
①衛生應急辦公室。衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）下設綜合協調處、預測預警處、應急指導處、應急處理處。其主要職能是：依法組織協調有關突發公共衛生事件應急處理工作；負責與突發公共衛生事件應急處理相關法律法規立法的起草工作；組織擬訂有關突發公共衛生事件應急處理的方針、政策和措施；組建與完善公共衛生事件監測和預警係統；製定突發公共衛生事件應急預案，組織預案演練；組織對公共衛生和醫療救助專業人員進行有關突發公共衛生事件應急知識和處理技術的培訓，指導各地實施突發公共衛生事件預案，幫助和指導各地應對其他突發事件的傷病救治工作；承辦救災、反恐、中毒、放射事故等重大安全事件中涉及公共衛生問題的組織協調工作；對突發重大人員傷亡事件組織緊急醫療救護工作。
②衛生執法監督司。綜合管理衛生監督執法工作，並依法組織實施；負責擬訂衛生執法監督工作規範、程序和有關規章製度；依法開展對食品、化妝品衛生和職業衛生的監督管理；綜合協調對醫療保健機構和采供血機構執業行為的監督，依法監督檢查醫療保健機構和采供血機構執業資格；對《傳染病防治法》、《食品衛生法》、《職業病防治法》等衛生法律法規執行情況組織開展監督檢查；組織協調和督辦違反衛生法律法規的大案、要案的查處工作，組織開展衛生執法稽查；加強衛生執法體係和隊伍建設，組織指導衛生執法隊伍培訓和管理。其下設綜合處、醫政監督處、公共衛生監督處、食品化妝品衛生監督管理處。
③疾病控製司。疾病控製司下設傳染病預防控製管理處、艾滋病預防控製管理處、血吸蟲病防治管理處等。其主要職能是：協助起草與疾病預防控製相關的法律法規；擬定傳染病、地方病、寄生蟲病、職業病、非傳染性疾病防治和愛國衛生工作的規劃和措施，組織對重大疾病的綜合防治和危害健康的公共衛生問題的幹預；依法管理傳染病、職業病、地方病的防治工作，組織實施全國免疫規劃，擬定檢疫傳染病和監測傳染病名錄；負責全國疾病監測和疾病預防控製信息管理；指導全國疾病預防控製機構建設與發展等。
④醫政司。參與研究醫療管理體製改革和醫療機構、采供血機構管理製度改革；擬定醫療機構、采供血機構執業準入，醫務人員執業準入和臨床應用技術準入管理的法律、法規、規章並組織、指導實施；擬定醫療機構、采供血機構有關診療、護理、康複等醫療服務管理的規章製度和服務規範並組織、指導實施；參與研究擬定藥品和醫療器械臨床應用管理的法規、規章、政策並組織、指導實施；擬定對醫療機構、采供血機構服務質量、安全績效的監督、評價、管理規範並組織、指導實施；協調組織城市醫療支援農村工作；協助重大人員傷亡事件的緊急醫療救援工作。其下設綜合處、醫療機構管理處、醫療服務管理處、血液管理處、護理處。
⑤國際合作司。歸口管理衛生外事工作。負責組織指導醫療衛生方麵的政府、民間多邊、雙邊合作交流，負責組織實施衛生援外工作；組織參與國際組織倡導的有關衛生方麵的重大活動；組織協調我國與世界衛生組織及其他國際組織在醫學衛生領域的交流與合作；負責協調並對外提供我國重大疾病疫情信息；歸口管理外事行政業務及部機關外事活動；負責組織協調審批與台港澳在醫療衛生領域的合作與交流；協助人事部門推薦我部派出長期國外工作人員；指導、監督衛生國際合作項目實施。
⑥國家突發公共衛生事件專家谘詢委員會。2006年1月23日，中國政府組建了國家突發公共衛生事件專家谘詢委員會。該委員會由105人組成，下設6個專業組：傳染病防控組、中毒處置組、醫療救治組、核和放射處置組、預測預警組、綜合組，其日常管理工作由衛生部衛生應急辦公室負責。該委員會的主要職責是：對確定突發公共衛生事件相應的級別以及采取的重要措施提出建議；對突發公共衛生事件應急準備提出谘詢建議；參與製訂、修訂突發公共衛生事件應急預案和技術方案；對突發公共衛生事件應急處理進行技術指導；對突發公共衛生事件應急反應的終止、後期評估提出谘詢意見；承擔突發公共衛生事件應急指揮機構和日常管理機構交辦的其他工作。國家突發公共衛生事件專家谘詢委員會的成立是國家突發公共衛生事件應急機製建設的重要內容。
突發公共衛生事件的管理需要多部門的合作，除了衛生部以外，工商部門、檢疫部門、財政部門、公安部門等都需要予以大力的配合。
（2）動物疫情等管理部門。在我國動物疫情類公共衛生事件由國務院領導、農業部具體負責。農業部是主管農業與農村經濟發展的國務院組成部門。下設辦公廳、產業政策與法規司、市場與經濟信息司、財務司、科技教育司、農業機械化管理司、獸醫局、鄉鎮企業局、機關黨委、中華人民共和國常駐聯合國糧農機構代表處、人事司、農村經濟體製與經營管理司、發展計劃司（全國農業資源區劃辦公室）、國際合作司、種植業管理司、畜牧業司（全國飼料工作辦公室）、農墾局、漁業局（中華人民共和國漁政漁港監督管理局）等機構。
其中負責動物疫情管理的主要部門是獸醫局。２００４年２月，經中央機構編製委員會批準，農業部增設獸醫局，設立國家首席獸醫師１名。獸醫局負責擬定重大動物疫病防治政策，依法監督管理動物疫病防治工作；研究擬定重大動物疫病國家撲滅計劃，組織實施、定期評估並監督執行。其具體職責包括動物疫情管理工作，組織動物疫情監測、報告、調查、分析、評估與發布工作；動物衛生有關工作，組織動物及動物產品檢驗檢疫、獸藥殘留監控、動物及動物產品衛生質量安全監督管理工作；研究擬定動物醫療、動物實驗的技術標準並組織實施；負責獸藥、獸醫醫療器械監督管理和進出口管理工作；組織製定、修訂藥物飼料添加劑品種名錄和禁止使用的藥品及其他化合物目錄；負責獸醫科學和技術發展、獸醫微生物參考實驗室的管理工作；負責獸醫微生物菌毒種管理工作；組織擬定動物衛生標準，負責製定、發布獸藥國家標準、獸藥殘留限量標準和殘留檢測標準，並組織實施；承辦獸醫、獸藥和動物檢疫多邊、雙邊合作協議、協定的談判和簽署工作；承辦我國與世界動物衛生組織等國際組織的交流與合作工作；承辦《禁止生物武器公約》履約的相關工作；分析評估國（境）外有關動物衛生信息，負責發布動物疫區名單；擬定禁止入境的動物及動物產品名錄，承辦發布禁令和解禁令工作等。