雨花台失守，日軍取得了製高點，繼續向中華門進攻。至1日，守軍74軍51師0團團長程智殉國。但中華門守軍依然死戰不退。下午5時許，南京衛戍司令長官部召集各軍師長開會，司令長官唐生智下令撤退。撤退令下達後，各軍師長大多未回部隊，隻是打電話將命令下達後就各自跑掉。失去了指揮的撤退轉瞬間就成了潰退。守軍各部紛紛退向挹江門，形勢大亂。
清涼山憲兵指揮部，憲兵副司令兼首都警察廳廳長肖山令少將命令分散在各處的憲兵、警察部隊集結撤退，身邊隻留下憲兵教導團的兩個營維持撤退秩序。等到肖山令完成撤退的善後工作到達江邊時已是深夜。此時，還有成千上萬的士兵在望江興歎。肖山令果斷命令大家尋找一切可利用的東西，迅速過江。在他的指揮下，散兵們紮起木筏開始渡江。突然，中山大道上響起了密集的槍聲，日軍已追了上來。肖山令見敵軍來勢凶猛，便指揮未過江的散兵向兩側撤退，自己親率憲兵掩護。最終殉國。年45歲。
戰鬥結束
在大多數部隊潰退之時，紫金山教導總隊陣地依然戰鬥激烈，光華門上第二團仍然在竭力反擊。當撤退令下達到第二團時已是1日淩晨。教導總隊立即奉命轉移。傷病交加的謝承瑞團長就在此時犧牲在陣地上。年歲。
此戰，中國軍隊以10萬之眾浴血奮戰，英勇地反擊了日本侵略軍。但日軍以8個師的兵力分兵進逼，使守軍處於三麵被圍。背水一戰的不利地位，再加上軍事當局在組織指揮上采取消極防禦，使守軍處處設防被動挨打，最後決定突圍又未擬定周密計劃，致使大量部隊困於城內，慘遭日軍殺戮。
作戰中，中國軍隊傷亡約5萬餘人。
影響
日軍於197年1月1日攻陷南京之後，在南京城區及郊區對平民和戰俘進行長達6個星期的大規模屠殺、搶掠、強奸等戰爭罪行。有關南京大屠殺的死亡人數國際法庭認定至少0萬以上，中國學者考證為0萬以上。分析南京保衛戰的資料可以發現，國民黨軍隊真正在戰鬥中陣亡的不多。多數死於混亂的撤退中以及日軍的大屠殺中。