燕京大學的校園，即今天的北京大學校園。1921～1926年，曾為多座在華教會大學進行過設計的美國建築師亨利·墨菲（1877～1954年）接受聘請，為燕京大學進行了總體規劃和建築設計，建築群全部都采用中國古典宮殿的式樣。
燕京大學的東西軸線以玉泉山塔為對景，從校友門經石拱橋、華表（取自圓明園廢墟），方院兩側是九開間的廡殿頂建築——穆樓和民主樓，正麵是歇山頂的貝公樓（行政樓），兩側是宗教樓和圖書館；沿中軸線繼續向東，一直到未名湖中的思義亭，湖畔還有博雅塔、臨湖軒。東部以未名湖為界，分為北部的男院和南部的女院。男院包括德、才、均、備4幢男生宿舍以及華氏體育館。女院沿一條南北軸線，分布適樓、南北閣、女生宿舍和鮑氏體育館。
燕京大學建築群在外部盡量模仿中國古典建築，在內部使用功能方麵則盡量采用當時最先進的設備：暖氣、熱水、抽水馬桶、浴缸、飲水噴泉等。
1926年，燕京大學正式遷址於此地。從1929年起，燕京正式設立了文學院、理學院、法學院，總共有近20個係，規模顯赫，氣勢宏大，典雅華美，湖光塔影，教學蔚然成風。
燕京大學於1924年籌辦的新聞係，在舊中國時期是首屈一指的，培養出了中國第一批受過係統教育的新聞工作者，是亞洲“第一所完全的新聞係”。她與中國曆史上壽命最長的民間報紙、在民國時期影響極大、大力標舉“四不”（不黨、不賣、不私、不盲）的辦報方針，堅持文人論政、文章報國，被視為“中國現代史上自由主義思想之堡壘”的《大公報》關係密切，淵源很深，他們有著共同的理想和追求。該報的中堅人物（如朱啟平、蔣蔭恩、蕭乾等）多是出自燕京，而且許多知名《大公報》人（如胡政之、王芸生、張琴南等）又曾到燕京任教，對該報風格的形成起了至關重要的作用。
民國的大學校長，往往把學校裏知名教授的數量看得比什麼都重要。司徒雷登也是如此。在燕京大學初創時期，他延請到了劉廷芳、洪業兩位名師，在他們的協助及影響下，一大批學術大師紛紛奔赴燕京，到20世紀20年代末，燕園之內已經是名師雲集，國文係有顧隨、容庚、郭紹虞、俞平伯、周作人、鄭振鐸等人，曆史係則有陳垣、鄧文如、顧頡剛等人，哲學係則有張東蓀等名宿……後來還有吳雷川、陸誌韋、許地山、鄧之誠、趙紫宸、吳文藻、高名凱、“美國佬”斯諾等，從而提升了燕京的知名度和學術地位。名師出高徒，雷潔瓊、冰心、費孝通等，都是那一時期的學生。
1930年，高中尚未畢業、完全靠自學成才的蘇州人錢穆，因顧頡剛的鼎力相薦，來到燕京大學任國文係講師。不久，大學者錢穆又轉去北大、清華、北師大任教，與胡適並稱為“北胡南錢”。此後是西南聯大、齊魯大學、武漢大學、四川大學、華西大學、雲南大學、江南大學教授。1949年後到香港創辦新亞書院（今並於香港中文大學），收留戰亂流離的學生。今人稱讚他是中國最後一位文化宗師、古典士大夫。
真正讓燕京大學躋身世界一流大學地位的，還是哈佛燕京-學社的建立。20世紀初期，司徒雷登了解到美國鋁業大王霍爾有一筆巨額遺產捐作教育基金，並聲明遺產中一部分用於研究中國文化，由一所美國大學和一所中國大學聯合組成一個機構來執行這項計劃。起初遺囑執行機構選了美國的哈佛大學和中國的北京大學，但司徒雷登設法成功地說服哈佛大學與燕京大學合作，於1928年春成立哈佛-燕京學社，並設立燕京學社北平辦事處，從事中美文化教育交流。司徒雷登回憶這段往事的時候說：“那是一次可怕的經曆，弄得我十分緊張，心裏為自己事業的前途擔憂，連吃的東西也顧不上看一眼。”
司徒雷登不僅把燕京大學看作自己畢生的事業，更把她看成是中國事業的一部分，認同這所大學是“中國人的大學”。他還注意與學生、員工互動交流，對待學生和藹可親，對待教職員工熱情溫暖。也正因為如此，司徒雷登在當時的燕京師生當中受到極高的推崇。由於燕京大學的成功以及它的影響，司徒雷登在中美兩國的聲譽也在20世紀中葉達到了巔峰。
司徒雷登與燕京大學仿佛就是一體。那所由他的朋友們捐贈給他作為居所的庭院，位臨未名湖，冰心給她起了個詩意的名字：臨湖軒。但是司徒雷登並沒有一個人獨享它，而是作為學校的辦公地點。很快地，這座庭院便成為了燕京大學的標誌。每年6月24日，燕京學生必定來到這裏，給這位受他們尊重的校長祝賀生日。1926年6月5日，司徒雷登夫人在這所庭院離開人世，她的墓地成了燕京校園中第一座墳墓。也許，從那個時候起，司徒雷登就跟燕京大學融為一體了。
1935年，那時的燕京大學已經享譽國際，與南京的金陵成為中國兩所學術水平最高的教會大學。但對於國民政府的一些部門來說，她並沒有受到足夠的重視。有一次，司徒雷登不免說出了自己心中的抱怨。蔣介石知曉後，立即為司徒雷登在南京勵誌社安排了一次演講。那次演講，蔣介石因臨時有事，未能參加。但是，在當時的行政院院長汪精衛率領下，包括宋子文、孔祥熙、張群、何應欽、陳誠在內的各院、部和三軍負責人近200人出席了這次集會。在這次演講中，司徒雷登把燕京大學的種種狀況介紹給當時的官員，以至於此後的燕京畢業生在應聘政府職員時，政府部門都不得不對他們青眼有加。