司徒雷登對於學生更是像一個慈祥的長輩。在燕京學生人數較少的時期，他能夠準確地說出每個學生的名字。後來學生逐漸增多，但他依然努力做到了這一點。當時燕京有個規定，未名湖裏禁止釣魚。但是有個學生忽視了這個規定，正當他手持魚竿在未名湖畔悠然自得時，一個慈祥的聲音在他身後響起來：“這湖裏麵的魚不錯吧？”那正是司徒校長。
司徒雷登同情學生運動，1931年“九一八事變”後，他親自帶領數百名燕京大學的師生上街遊行，抗議日本對中國的侵略。
1937年抗日戰爭正式打響，司徒雷登也在考慮是否把他經營了許多年的燕京大學遷往後方。但是經過一番深思熟慮，他決定讓這所大學留在北京。他迅速在燕園升起美國星條旗，以表示此處屬於美國財產；又特別在大門上貼上公告，不準日軍進入。而抗日刊物以及各種宣傳馬克思主義的刊物，依然在燕京大學裏得以正常出版。
由於司徒雷登這種兼容並包的胸懷，在那段風雨如晦的歲月中，抗日救亡的呼喊得以在這個由美國人創辦的教會大學中發出時代的最強音。1945年抗日戰爭勝利後，毛澤東主席在重慶第一次見到司徒雷登，就滿臉笑容地對他說“……久仰！久仰！你們燕京同學在我們那邊工作得很好……”
1941年太平洋戰爭爆發後，日軍封閉學校。司徒雷登因為拒絕與日方合作，被日軍關在集中營，直到日本投降後獲釋。1942年四川省成都市辦起燕京大學臨時學校，孔祥熙任校長，梅貽琦任代理校長。1945年學校在北平原址複校開課，司徒繼任校長（後為校務長）。1946年成都臨時學校師生發回，開辦工學院。1951年學校改為國立。
燕京當家人司徒雷登本來應該一直生活在這個美麗的校園裏，但是在1946年，他做出了出任美國駐華大使的選擇。在他即將離開北平時，在某個中美聯誼會為他舉行的歡送會上，他突然發現了已經認識多年的北京大學校長胡適。在他的即席發言中，他把自己與胡適作了一番比較，說：“他幸運地辭去了出使國外的使命（指胡適辭去華國駐美大使的職務），返回北平當大學校長；而我卻要離開這最可愛的城市和那令人滿意的事業，去從事一項前途未卜的使命，而這正是胡博士所避開的。”
不過，燕京大學校友、加拿大華裔學者林孟熹對此有不同的說法。他曾請教當時燕京政治係主任兼校務委員會成員陳芳芝。陳芳芝回憶說：“在離開燕園赴南京就任前夕，司徒雷登曾經對他說：‘出任大使是為了謀求和平，而隻有在和平環境下，燕京大學才能生存和發展。’”
但是，長於治校的司徒雷登，對於政治顯然沒有對於教育那樣了如指掌，這段大使生涯讓他感到心力交瘁。他想一碗水端平，卻得罪了過去的老朋友蔣介石。甚至他昔日的學生們，也不能完全了解他的一片苦心。1948年5、6月，燕京的學生代表在臨湖軒就中美關係和美國對華政策交換意見，氣氛劍拔弩張，因為燕京過去給他們的教育是：“吾愛吾師，吾更愛真理。”兩年前他回到杭州祭掃父母墓地時，有人評論他“既是政客又是學者，既是狡猾的對手又是溫馨的朋友”。
隨著南京解放以及美國對華政策徹底失敗，1949年8月，司徒雷登不得不踏上回美國的飛機，離開這片他曾經生活了50年、並曾深深熱愛過的土地。在飛機上，他看到美國國務院發表的《白皮書》，自己完全成了一個美國對華政策失誤的替罪羊。而在大洋彼岸，毛澤東也發表了那篇著名的《別了，司徒雷登》——當然，他也因為這篇文章在中國幾乎家喻戶曉。這位老人再也支撐不住，一下子中風臥床不起。
1952年全國高等院校院係調整，燕京的法學院、社會學係並入北京政法學院（今中國政法大學），工科並入清華大學，文、理科並入北京大學，北大遷至學校舊址——未名湖畔的“燕園”。1993年，燕京大學北京校友會和北京大學分校聯合成立燕京研究院。
燕京校訓：因真理，得自由，以服務。
燕京精神：堅持真理、崇尚民主、辦事認真、勤奮進取、熱情開朗。親密、健康、平等的人際關係。
校長：司徒雷登、吳雷川、陸誌韋、梅貽寶；孔祥熙、梅貽琦。