第二，發展導向的功利性導致輔導員職業轉向的可能性增大。在對高校輔導員的分流問題上，相關政策文件要求把輔導員作為黨政後備幹部來培養。這種政策導向不免會讓一些帶有功利色彩的人為了“曲線留高校”而進入輔導員隊伍，帶著這樣的目的而非熱愛學生工作的意願進行工作，對學生工作難以深入研究，職業轉向的可能性很大。不僅如此，將輔導員作為黨政後備幹部培養更在某種程度上體現了根深蒂固的“官本位”思想，容易導致輔導員把行政職務的高低作為衡量個人事業是否成功、人生價值是否實現的目標，使其隻是將擔任輔導員視為一種經曆，而不是作為一種職業和事業進行追求，難以將輔導員工作作為學科和專業來進行研究實踐。盡管2005年教育部頒布的《關於加強高等學校輔導員、班主任隊伍建設的意見》中提出，鼓勵和支持一批骨幹攻讀相關學位和業務進修，長期從事輔導員工作。但是，輔導員作為一種“臨時職業”的觀念在高校教師、學生甚至部分領導幹部當中已根深蒂固。如果不從根本上把輔導員工作提升到學科、專業的高度來認識，把輔導員隊伍作為高校的一支專業技術隊伍來建設，將很難從根本上改變這種狀況。
第三，待遇政策的偏低性導致輔導員權益得不到有效保障。高校中缺乏具體明確的規範、保障和提高輔導員待遇的製度，輔導員雖然從事著繁重的學生教育管理工作，但是其待遇卻偏低，付出和回報不成比例。經濟待遇上，從事輔導員工作的碩士、博士與在校外工作的同等學力者相比，收入要低很多。職稱評定上，看不到輔導員由於成天忙於學生的日常教育和管理事務，很少有專門的時間用來從事理論研究，而把他們與專任教師相提並論，在學術研究方麵提出同樣的要求。因而輔導員在職稱晉升方麵也就難以與專任教師相比。高校輔導員工資待遇低下，學業不能深造，職稱難以晉升，這些影響了高校輔導員工作的積極性和主動性，使得一些輔導員心理不平衡，失望沮喪乃至自卑情緒彌漫，影響隊伍穩定。
第四，培訓目標的片麵性導致輔導員綜合素質有待提升。輔導員工作是一項集多種學科於一身的專業性工作。而我國卻將高校輔導員工作納入學生思想政治教育工作或德育範疇，針對輔導員的培訓內容更多地體現為思想政治教育學科，培養目標則是成為思想政治教育方麵的專家。輔導員培訓僅僅以馬克思主義理論和思想政治教育工作相關學科專業為主要內容是片麵的，難以滿足輔導員承擔的人才培養的重任和學生日益多元的需求，在一定程度上會造成輔導員現實的角色行為水平與理想的角色要求之間的衝突，影響著輔導員綜合素質的提升。
從長遠角度來考慮，政策製定方麵要注意研究輔導員的專業化發展，要建章立製，使這項工作名正言順的成為一項光榮的、正規的職業。讓輔導員做這項工作獲得滿足感，對工作前景樂觀，而不是以往人們眼中可有可無，誰都可以做的職業。用政策留住人，用事業留住人，用待遇留住人，用情感留住人。
3.高校輔導員管理體製存在局限性
盡管高校在輔導員隊伍的體製機製建設上進行了大量有益的探索，但仍然有許多製約隊伍發展的“瓶頸”問題沒有得到根本解決，還沒有形成與輔導員工作特點相匹配的管理體製和評價機製。
第一，管理體製不夠順暢。目前實行的高校管理體製中，大多數高校輔導員的編製在二級分院或係部中。日常工作管理由學院或係部負責，專門工作任務則安排在學生處、團委、就業辦、教務處、宣傳部等職能部門；人事管理由人事處負責；任用、選拔、提升、流動則在組織部，致使輔導員長期處於多人用、少人管的狀況。這種分散管理方式就形成多重管理的局麵，導致輔導員職責不明確，整天陷入事務性工作當中，成為學校職能部門的“勤務兵”和院係的“服務員”。繁重的工作壓力令輔導員分身乏術，這必然造成輔導員工作的針對性不強、實效性差，同時使得輔導員在組織上無歸屬感，事業上難有成就感，嚴重影響了高校輔導員的專業化發展。
第二，選拔機製不夠完善。高校在輔導員的選留和聘任方麵有一整套程序，但缺乏明確的選聘製度或選聘辦法。目前高校的選聘方法，首先是看簡曆，再通過筆試、情景模擬和個別麵試等階段和環節來確定應聘者的去留。在麵試以及決定過程中，主要憑借麵試者的主觀印象以及應聘者的臨場發揮，沒有一套嚴格、科學的評價和判定標準。也就是說，在輔導員隊伍的進口中，沒有職業或者行業標準。這樣，在麵試過程中難免有人由於臨場發揮不好或者其他人為因素而被淘汰。同時由於沒有一定的職業或者行業標準，降低了輔導員自身的價值和社會認可度。
第三，培訓體係不夠專業。對於高校來說，加強輔導員的培訓工作，是輔導員專業化發展的關鍵環節。目前，各高校積極組織了各種形式的輔導員培訓，選派優秀輔導員參加教育部、各省份舉辦的骨幹培訓和境外考察，在一定程度上提高了輔導員的專業水平。但是，相對於輔導員專業發展曆經職前培養、入職教育和在職培訓一體化的建設目標而言，當前的培訓還遠遠不夠。由於對輔導員專業發展的研究才剛剛起步，我國高校目前還沒有建立一套完善的培養培訓製度，沒有設置輔導員專業，大部分輔導員都是直接從高校各專業畢業來校或直接留校的。而各高校往往又重使用、輕培養，重經驗積累、輕專業學習，缺乏有針對性的專業教育和培訓，輔導員進修、考察的學習機會少，呈現出非專業化發展狀態。專業化培訓製度的欠缺，導致大多數輔導員不具備從事學生教育、管理、谘詢、輔導等相關工作的業務知識和專業能力，嚴重阻礙了輔導員的專業化發展。
第四，考核製度不夠科學。目前，大部分高校已經建立了輔導員考核機製，但是總的來講，考核製度不夠科學，考核標準籠統。現行的高校輔導員考核製度中規定的“德、能、勤、績、廉”隻是原則性的規定，績效測評標準過於籠統，缺乏細化與具體化。考核等次偏少，高校輔導員年度考核的結果隻分為優秀、稱職、基本稱職和不稱職四個等次，而實際工作中由於受到各種利害關係的影響，絕大多數輔導員的考核結果可能都集中到稱職這一層級上，使考核喪失作用。考核方法定性有餘，定量不足，由於缺乏定量的測評標準和定量分析人員，隻以定性考評為主，這就造成了考核缺乏科學性。考核目的重獎懲、輕發展，當前高校對輔導員的考核目的大多著眼於給輔導員的工作評定優劣，實施獎懲，而較少從促進輔導員更好地發展自身的崗位勝任能力去定位考核目的，考核的終結性特征突出，發展性特征微弱。
對高校輔導員的管理、選拔、培養和考核要根據形勢發展的要求，建立新的輔導員管理體製，為大學生思想政治教育工作的開展創造良好的氛圍，更好地調動輔導員的積極性、主動性、創新性，從而更好地促進輔導員工作的順利開展。
4.高校輔導員自身存在的問題
高校輔導員專業化發展的困境，除了受管理層的重視程度不夠、輔導員的相關政策不夠完善、管理體製的局限性影響外，還與高校輔導員自身存在的問題有關。
第一，原有專業知識基礎的局限。現有的輔導員多數人沒有係統學習過馬克思主義理論與思想政治教育、 管理學、 教育學等相關學科，普遍缺乏思想政治教育專業的基本知識，並且受所學專業的局限，理科畢業生普遍缺乏人文社科方麵的知識，文科畢業生普遍缺乏自然科學方麵的知識，同時，不少輔導員對計算機及其網絡技術知識掌握和運用不夠，難以適應高校學生工作信息化的需要。這些局限直接影響到輔導員的專業化發展。
第二，自我定位的偏差。很多輔導員一開始就把所從事的工作定位為臨時過渡職業，而非終身職業，這種思想上的不穩定直接導致隊伍的不穩定，嚴重影響思想政治教育工作效能的發揮。在大多數高校裏擔任輔導員的都是剛剛畢業的大學生，他們雖然有青春的活力、有工作的熱情，但由於思想認識上的偏差，他們不敢把輔導員職業作為自己的終身依托。所以，為了將來的“後路”他們不得不早作打算，準備一有機會就“跳槽”或轉崗。
第三，專業精神不足。在大學生成長和發展需求日益多樣化的今天，高校輔導員的專業精神主要體現為良好的服務意識、服務態度和服務品質。而目前高校是以外部要求和職責來約束輔導員，而沒有遵從專業精神應通過內部責任、以自律方式生成的要求，結果致使輔導員的主動服務精神不足，沒有形成正確的角色觀念，行為的選擇與學生的期望產生較大差距。專業精神的不足恰恰是高校輔導員發展非專業化的主要表現。
第四，職業倦怠明顯。職業倦怠是一種由工作引發的心理枯竭現象，是工作的重壓之下所體驗到的身心疲憊、能量被耗盡的感覺。由於不少輔導員把輔導員崗位作為跳板，沒有發展自己的自覺意識，對未來的發展不作認真的思考，缺少規劃；經常處在繁多而具體的工作中，隻滿足於忙於日常事務，工作陷於低水平重複的境地；工作責任心不強，對自己要求不高，認為隻要學生不捅婁子不出事情，就算自己盡到基本職責。也有一些輔導員在工作中信心不足，對於自己的工作是否能得到學生積極響應、引起相互間的共鳴沒有把握。長此以往，使得輔導員內心的負擔很重，精神委靡、惰性滋長，大事化小，小事化了，能不管盡量不管，能不說盡量不說，呈現出明顯的職業倦怠，嚴重影響了輔導員的專業化發展。
高校輔導員麵對新形勢需要及時補充學習，提高自己的政治理論水平，對在思想政治教育的過程中出現各種新問題、新情況能有效應對。加強輔導員的專業化發展是改變目前高校輔導員困境的根本出路。