當雌雄海馬生殖腺發育成熟，水溫在２０℃以上時，即可將雌雄海馬按１∶１搭配，混養讓其交配。在一般情況下，飼養密度以每平方米水池３０～４０尾為宜。每天光照時間可適當延長１～２小時，但光照強度不宜過強。餌料宜全部采用鮮活適口的小蝦，用手捏至半死，連頭帶殼整尾投喂，以補充親海馬營養豐富的食料。海馬交配多在早晨，此段時間應保持環境安靜，禁止換水、投餌和其他幹擾。相反，若在交配前的傍晚投喂鮮活餌料，午夜進行倒池換水或進行灑水、流水刺激１～２小時，保持水質鮮爽、水中有充足溶氧，以及保持環境安靜，則有刺激翌日早晨發情交配的作用。
海馬交配後，雄海馬的育兒袋漸漸膨大，此時宜將懷孕的雄海馬挑出另行專池培育，以免被其他發情的海馬糾纏和幹擾，影響胚胎發育。繁殖期間，有些雄海馬的育兒袋膨大如球，袋皮光亮，用手擠壓如水袋，對著陽光照射透明，用兩拇指甲張開育兒袋口有大量海水流出，此為“假孕”，多發生在一些已生育多胎的老海馬，應予淘汰。
雄海馬從交配至產出幼苗的曆時天數，視水溫的高低而異，水溫低，曆時長，水溫高，曆時短，一般為８～２０天。若發現懷孕海馬頻繁離開附著物在水中遊動，焦躁不安，且常弓背彎尾壓迫育兒袋，則預兆該海馬將要臨產，必須加強值班，以使幼苗產出後及時將幼苗或者親海馬移走，防止海馬咬食親生兒。雄海馬產苗後，體質很虛弱，宜雌雄親體分開飼養７天，待體質恢複後方可混養。若產後即與雌海馬混養，會使雄海馬在體質未恢複之前即行重新受孕，影響產苗的質量。三斑海馬繁殖能力為７０％～８０％；每尾親海馬１年能產數胎至１０多胎，每胎產幾百至１０００多尾。
水溫是海馬繁殖的主要因素。若水溫低於２０℃，則停止繁殖。若水溫高於３０℃以上，易引起懷孕海馬早產，或產出的幼苗瘦小，難以培育。所以，繁殖的適溫範圍為２０～３０℃，最適溫度為２５～２８℃。若能控製水溫在最適的範圍，全年均可進行工廠化種苗生產。每年６月份前育苗，水溫適中，幼苗健壯，病害少，成活率高，生長快，一般當年１１～１２月份成體體長可達１３０～１４０毫米。若７～８月份育苗，水溫偏高，幼苗體弱，病害多，生長慢，不僅要到翌年３～８月份成體體長才能達到１３０～１４０毫米以上，而且還需要增加大量的越冬保溫費用。因此，抓好６月份之前育苗，是養好海馬應采取的重要措施。
４.幼苗培育
海馬幼苗培育，極易因環境條件不良或病害暴發而造成幼苗大量死亡，甚至有時全部死亡。因此，海馬幼苗培育好壞，是海馬人工養殖成敗的關鍵。
用室外水泥池，每個麵積４～６平方米，水深０.６～１.０米，有２／３深度埋於地下，便於操作。池麵上搭棚遮蔭和防雨。育苗前水池經１００～２００微升／升漂白粉消毒。育苗的海水經沉澱２４小時以上，並鹽度調節為２％。每平方米水池麵積投養５００尾初生幼苗。在初生苗投入的同時，潑灑２～４微升／升抗生素。每個育苗池安裝１～２個充氣石，連續充氣使呈微沸騰狀，保持水中溶氧充足。
在幼苗產出至移入育苗池的４小時內，必須及時投喂活餌料。整個育苗期間的活餌料係列為：３周齡內投喂橈足類無節幼體；２～３周齡投喂橈足類成體；４～５周齡投喂塘蝦，在投喂活餌料時，一般上下午各投喂１次，每次投喂量約為海馬幼苗體重的１０％。２周齡內的海馬幼苗，在每次投喂橈足類的同時，宜同時潑灑新鮮並經煮沸的黃豆漿。
育苗期間，宜每隔４～８天換水１次，每次換水１／４～１／３，換入的新鮮沉澱海水除保持水溫、鹽度相同外，還應及時按照換入的新水量再潑灑２～４微升／升抗生素。幼苗經１０天培養後，當水池底部和四周池壁生長出一層綠苔，才開始吸底排汙。吸底時，最好把池底分成３～４等份，每天隻吸取１份，之後每天循環反複吸汙直到育苗結束。
發現海馬幼苗從浮遊生活轉向池底爬行或沿池壁索餌(一般在１２～１３天之後)，應及時向育苗池投放竹枝等附著物，讓其吃飽後能附物棲息。經２５～３０天培育，斑海馬可從初生體長１０～１１毫米長到５０～６０毫米，即可出池銷售種苗或轉入種苗養成。
５.運苗
有些地區需要到外地購進海馬苗，因此掌握運輸技術是非常重要的。運輸方法應根據路途遠近、氣候條件、種苗多少等分別采取空運、車運、船運等。空運或長途車運采用薄膜袋充氧氣運輸的方法。例如，一次從廣東汕頭到山東威海養殖場，途中經過海、陸、空運輸，中途采用水袋降溫，熱水袋保溫升溫，安全到達目的地時，成活率達１００％。
６.養殖方法
養殖海馬是一項綜合性的技術，與其他海水魚、蝦、貝養殖一樣，水質是根本，飼料是關鍵，科學管理是養殖成功的重要環節。因而“水、餌、管”這部“三字經”是有機結合、相輔相成的，實際應用時，不得顧此失彼，切實使之構成人工生態係。
(１)水質：養殖用水要清潔、新鮮、無毒、無汙染。然而，海區的水質隨時間、地點、氣候的不同而有所變化，有時必須對海水進行處理後方可應用。一般用沉澱法或過濾法。
(２)換水：換水是保持良好水質和比較高的溶解氧的重要措施。換水次數和換水量，應根據實際情況而定。一般水溫低於２０℃時，可數天換１次；當水溫超過３０℃時，每半天換１次或每天換１次；當水質不好或魚發病時，更應及時換水。注意換水時溫差不宜超過２℃。
(３)餌料：要求新鮮、大小適宜。要經常檢查海馬吃食情況，以便及時調整投餌量。
海馬初生後即能攝食，應與親體分養。在養成過程中，要注意控製水溫、水質、餌料、光照和密度等條件，以促進養成效果。
分養規格，按個體大小和性別分群分批放養，體長６厘米以下的宜在育苗池中飼養，一般每平方米放養初生苗１０００尾，經過７～１５天，苗體逐漸長大，密度可酌減。體長６厘米以上的中大海馬和成年海馬則放入麵積為６～２０平方米的養成池飼養，放養密度分別為３００尾和１００尾。在高溫季節適當疏養和勤換水，低溫季節則可適當密養並減少換水次數。如果是采用流水式養殖的話，其放養密度可以酌情提高。
海水溫度，海水須經過粗沙過濾或沉澱澄清後方可用於養殖海馬。適溫範圍在１２～２４℃。初生苗在２０℃以下，成活率低；如果在２５℃以上，成活率高。換水溫差應不超過２℃。
沉澱水質，海水經過沉澱處理，透明度以４０～５０厘米為宜。每天或隔天換水一次，保持水質新鮮。如有條件的飼養場，可搞流水培養，流量每小時１～２噸。苗在出生３天後開始換水，比重以１.００８～１.０１５之間較好。
投喂飼料，一般應盡量采用鮮活浮遊甲殼類作為餌料，活餌可以人工培養或到自然水域捕撈。餌料要加工成與海馬吻口大小相適應。體長在６厘米以下的，要投１～３毫米的橈足類肢幼體及小型橈足類；體長６厘米以上的，可投５～８毫米的橈足類、端足類等浮遊甲殼動物；體長１０厘米以上的，主要餌料為１厘米左右的塘蝦或蝦苗。每天投喂２～３次，日投量為攝食量的１.５倍。投餌應在白天進行，黑暗中海馬停止攝食。投餌量以基本吃完無殘餌為準，做到定時定量。仔魚每天投餌２～３次，成魚每天投餌２次。在白晝海馬能識別食物時投喂。海馬很貪食，要防止其攝食過飽，須勤觀察，防止因投餌過多造成池水劣變。