在臨床治療方麵，雖然隨著醫學的巨大發展，人們對於疾病的認識已經超出了局部病理學說的範圍。如俄國學者巴甫洛夫研究高級神經活動，提出大腦在生理、病理過程中重大作用的學說；加拿大學者塞裏研究內分泌機理，認識到丘腦一垂體腎上腺皮質激素在應激疾病中的顯著作用，提出了“應激學說”……等等。這些學說都試圖從整體聯係的層次上來認識疾病更廣泛的機製，並且也在臨床實踐上提出了相應的措施並取得良好的效果。但是，目前臨床治療的主要導向，仍然是細胞病理學說，並不斷地向分子病理學發展。今天臨床治療的範圍越來越廣，手段也愈來愈豐富，但若認真考慮一下大多數醫生診治疾病的主導思想，則基本上還是沿著原子論和分析還原的路線，去找尋病因物質和軀體中組織細胞分子的結構、功能和代謝的變化，以明確其細胞分子的病理機製及其發展趨勢，從而在治療措施中努力去消除病因的侵害，中止或消除組織細胞的損傷，促進組織細胞的修複，恢複細胞分子的功能。這是不論藥物治療或手術治療或其他療法盼醫生們所追求的目的柵效果。而顯現在的多數醫生所持的臨床治愈標準，也是以病變組織細胞的恢複為根據。若進一步要求人體複雜的各個係統互相協調，身心獲得全麵健康還是當今醫學所要努力研究和致力的目標。當然，通過醫學多年的努力，對於外源性疾病中如傳染病這一類疾患，由於認識和控製了致病因子，針對受損組織細胞，以有效的控製和消除，促進它的修複，的確是把千萬年來肆虐人類，使成批人口死亡的傳染病得以控製乃至消滅，為人類健康建立了巨大的功勳。隨著社會的發展，目前疾病譜已有了很大的改變，內源性的代謝紊亂方麵的疾病，相對地成為當今為害更大的禍首。在這些新情況麵前，我們的醫學顯然就不能滿足於已有的思路與成就，而有必要探索新方法、新思路、去解決新的問題和任務。這些都迫切期望著我們的病理學和臨床醫學向更高的層次邁進。
在上一節我們談到中醫的整體思想包括了人天相關、藏象相關和形神相關，這樣就把天一地一人一神(精神)作為一個互相聯係和作用著的整體係統來看待，其間可以分為許多層次，每個層次又有彼此關聯著的許多因素，共同形成一個複雜的巨大係統。這個複雜的巨大係統中始終貫穿其間的則是陰陽對立統一。天地萬物中有陰有陽，人體藏象和形神中也有陰有陽，天地的陰陽和人體髒象形神的陰陽互相聯係互相感召和作用著，在長期進化過程中形成人體髒象形神的陰陽相對平衡的協調，表現為髒腑生、克、製、化進程中的協調有序，即中醫說的“陰平陽秘”中生生化化的健康功能狀態。陰陽對立統一也就是推動著天一地一人一神諸多事物不斷地運動變化的內部動力。既然事物在不斷地運動變化著，天～地～人一神無論那一個環節發生超過常態的變化，如某方麵的陰陽發生比較劇烈的震動，或陰盛陰虛、或陽盛陽衰，那麼，在以氣為本體，又以氣為中介的作用和傳導下，這個環節便會陰陽失衡，便要波及影響其他環節，當然也要影響作用到人體陰陽的相對平衡和髒腑有序，使人體內陰陽發生某種程度的失衡與失序，這樣人體內的陰陽平衡就會被打亂，從而產生病理功能狀態。《素問·陰陽應象大論》中以高度概括的語言表達了這個思想。“陰田者天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也。治病必求於本。”既然陰陽對立統一是一切事物運動的內部根據，所以我們應從天地陰陽並歸於人體陰陽的變化中去認識疾病、推求疾病發展的趨勢，從而確定治療的方針。其具體表現為“陰勝則陽病，陽勝則陰病”“陽虛則外寒，陰虛則內熱，陽盛則外熱，陰盛則內寒”(其大意是說：人體分為陰陽兩部分，平常健康時陰與陽平衡，當陰與陽失調時則生病。陰太盛或陽不足就表現為怕冷；當陽太盛或陰不足則表現為怕熱)而且陰陽的偏盛偏衰也不是一成不變的。而是不斷地互相消長、鬥爭和轉化，故有“寒極生熱，熱極生寒”，這與“物極必反，冬去春來”是同樣的道理。所以治療的方法便是平衡陰陽了，相信大家在日常生活中、廣告用語中常能見到或聽到。
中醫同樣有自己的病因學說，但它不象西方醫學那樣致力於認識客觀存在的致病的實體因子如物理、化學因素、病原微生物等等。雖然到了明末清初溫病學興起的時期，醫家吳又可等也提出了“疫氣”的概念，猜測有一種病原物質的存在，但是這種思想並沒有成為中醫病因學說有影響的觀點。、中醫長期以來對病因的認識，是根據自己的理論體係的脈絡，提出了外因六淫，內因七情和不內外因的觀點。外因六淫：風、寒、暑、濕、燥、火實際上是指一年中氣候的六種變化，中醫認為符合正常時序的氣候變化是為六氣；如果它的變化超出了常度，便成為可以致病的非時之氣——六淫。這些非時之氣與人體內部的隨時序而變遷的陰陽消長的進程不相符合，如果個體的體質強壯，六淫或七情的強烈程度又不超過其適應彈性範圍，則“正氣存內，邪不可幹”，如果個體體質差，或病因強度大(如六月飛雪)，則會患病。六淫又與人體的六種經絡有密切聯係，故六淫中每一種邪氣，都可在人體相應的經絡髒腑中引起一定類型的病理功能態反應，形成一定的“證”型。如風為陽邪氣害人，多在肌表高位，多汗出、惡風頭痛、症狀多變，病位也常遊走不定，常可出現眩暈、顫抖、抽搐、角弓反張(頭頸四肢強直，象一張弓)等症狀。寒為陰性邪氣傷害人，則會表現為腹痛，下利清穀，嘔吐清水，身上酸痛等症狀，不一而足……
六淫本為客觀存在的非時邪氣，但中醫並不象西方醫學那樣致力於從客觀實體的感知，如對病原微生物的仔細觀察實驗，未了解其形態結構及其引起疾病的機製。它卻是從客觀作用於人體，從人體上反應出來的證候——病理功能狀態中去推求病因的性質。故中醫稱之為“審證求因”。可見中醫對於病因的認識，並不單純從六淫客體而來，同時也結合著人體內部因素接受外部的侵擾後所作出的病理反應來診察。它是從客體一主體雙方交互作用下所產生的反應狀態中來認、識病因的，這也是中醫認識論中的一個特點。
內因七情：喜、怒、憂、思、悲、恐、驚。它本是人們原來共有的情緒，隻是情緒過極才發展成為致病的因素。中醫又認為不同的情緒又與不同的髒腑有較為密切的聯係。如暴怒傷肝，太喜傷心，憂思傷脾，大悲傷肺，大恐傷腎。情緒本來是人們主觀的感受和反應，並不是客體之物，中醫也是在。審證求因”中去認識七情致病的，其中多表現在氣的運動上，如：“怒則氣上”，可能在電影中常看到氣得吐血會有一定體會；“驚則氣亂”，可能暴受驚嚇後而手足無措便是這種情況。
不內外因既包括不屬於六淫和七情的物理化學生物等可以損傷人體的因素，也包括體內的病理產物如疾飲、瘀血等又可以進一步引起病理變化的物質，這裏它包括第一病因所引起的第二病因，它們也應從病理反應狀態中去認識和推理。這也是中醫理論的獨特性之一。
可見，中醫的病因觀點並不是獨立於機體之外，而是病因與機體交互作用下反映出來的。並從審證的表現上去認識病因。所以，中醫病理學的核心乃是。證不僅關係到病因的認識，而且是診斷的目標、治療的根據。