病理學認為，即使疾病可表現為複雜繁多的種種形態，但是它的基礎或本質卻是落腳在人體細胞的損傷、修複或代償與適應上麵。
各種致病因素包括物理的、化學的、生物的或自身免疫反應的、先天遺傳缺陷的、或營養不良的或不平衡等等，這些因素作用於人體，如果它超出了人體細胞組織的適應範圍，便可以引起細胞的損傷，進一步便會表現為疾病。
細胞損傷表現為細胞生物化學反應和分子結構的改變，從而發生代謝、功能和細胞形態的變化。西方醫學非常重視通過細胞形態和結構的改變來認識疾病的性質，病理解剖學乃是西方醫學認識疾病的重要途徑。
細胞的損傷可表現為萎縮、變性和壞死。
細胞萎縮是由於某些障礙而引起細胞或細胞間質內出現異常物質或某些物質的大量增加便形成細胞或組織的變性，常見的變性有混濁腫脹、水變性、脂肪變性、病理性色素沉著、病理性鈣化等等。
細胞的代謝障礙更加嚴重，損傷進一步發展便可招致局部組織細胞的死亡，這便是壞死。這時受累細胞代謝停止、功能喪失，而且細胞形態也逐漸崩解。常見的壞死有凝固性壞死、脂肪性壞死、液化性壞死、壞疽等等。
細胞在各種致病因素作用下出現損傷的過程並不是完全被動進行的，損傷的同時，機體也相應地出現一種能動的積極的抗損傷的修複或代償適應的過程。損傷和抗損傷是形成疾病過程中一對基本矛盾。如果機體抗損傷占據優勢，便有力量克服損傷使疾病好轉痊愈；如果機體抗損傷的能力不足；損傷不能修複並還在向前發展，則疾病必將加劇乃至死亡。
機體抗損傷的機製包括修複、代償與適應。修複包括周圍健康組織以再生方式修複受損的細胞組織：如血管的再生、纖維組織的再生、軟骨與腎組織的再生、上皮組織的再生、肌組織的再生、神經組織的再生；另外也常出現由毛細血管和纖維結締組織增生並含有許多自細胞和組織細胞形成的肉芽組織，來修複損傷的組織，並通過這些過程最後達到創傷的愈合。
疾病過程中有些器官的結構受到破壞不能完全修複，功能代謝發生障礙，甚至引起各器官組織間的平衡相對失調，此時，多數情提下機體能調整原器官或其他器官的代謝、功能、結構，予以代替、補償，使各器官間建立重新的平衡協調的關係，這便是機體的代償。代償能力的基礎是機體的儲備力量。另外當環境改變、器官受損或功能發生變化時，機體也常可通過自身的代謝，功能和結構的改變以適應協調，這便是機體的適應。這些都是機體在長期進化過程中“物競天擇”中獲得的能力。
損傷和抗損傷的過程是一個非常複雜的過程，炎症便是這個矛盾過程中具有比較普遍意義的事例。炎症是致病因子對人體損害所誘發的局部組織細胞的反應，其意義以防禦為主。其反應包括變質、滲出和組織增生等過程。變質是機體在致病因子侵蝕下發生的細胞變性、壞死。在細胞受損的同時，受損細胞釋放出一係列炎症介質和組織胺，羥色胺，主激肽等物質，這些介質引起局部血管的反應，發生充血、滲出等變化。充血使受損的組織的血液循環增加，組織間出現多量的滲出液，此舉不僅有利於帶走炎症灶內的代謝產物，同時，在血管通透性增大的情況下，滲出血液中含有豐富的抗體、補體等物質，起到消滅病原微生物的免疫作用；更重要的是，滲出也包括大量的白細胞逸出，吞噬病原微生物等，發揮重要的防禦功能。炎症時的增生則是在致炎因子和組織細胞崩解產物的刺激下，病灶內的巨噬細胞的增生，起到修複作用。從這裏可以看到損傷和抗損傷是同時並存又互為因果的矛盾。
機體抗損傷的能力是由機體的內部因素決定的。同樣的致病因素作用於人群。有些入發病，另一些人卻不病，即使發病人群，病情輕重也不盡相同。可見其外因是相同的，所以不同的是內因，它決定於其機體的適應能力和抗病能力，從而產生不同的結果。隨著分子生物學的發展，免疫學也在細胞水平、分子水平上發展起來，而且又反過來推動著微生物學的發展。當然，免疫力是體質方麵的一個重要問題，而體質問題卻還包含著更廣泛的內容，包含著先天與後天的諸多因素，是綜合性的問題。目前，醫學對DNA與RNA的研究，發現它所形成的遺傳密碼對於體質的深刻影響，這些都是人體內部因素的基礎。這方麵的問題還有待於科學界的更進一步的探索。特別是隨著醫學的長足發展，我們已經較有能力控製傳染性疾病對人類的肆虐，但是諸如神經係統、心血管係統、內分泌係統等人體內源性代謝係統的疾病在死亡率中占據了主要地位，這就要求醫學界更要加緊對人體體質和遺傳性疾病的研究。當然人體內源性疾病、代謝紊亂性疾病與當代社會生活緊張，運動的缺乏等等社會生活方式，精神刺激、環境的汙染等等也有非常密切關係，從這一點也提示我們必須大大地拓寬視野，把生物學模式擴展並提高到生理、心理、社會醫學模式上來。但是，處於相同境遇中的人群發病的狀況也還是有很大的差異，所以作為人體差異的基礎的先天後天形成的體質差異問題，仍然應當是須待深入綜合研究的問題。
從莫爾幹尼創建器官病理學說到現在不過200年多一點，魏爾嘯建立細胞病理學說的曆史也不過100多年，但他們的學說在西方醫學界中卻一直發揮著巨大的影響力。
在疾病的分類與鑒別方麵，主要還是依據病因、病理性質與病位的不同而確定的，也就是說疾病分類的主要依據病因、病理性質與病位的不同而確定的，也就是說疾病分類的主要依據是病因和病位的所在細胞組織的病理變化，在這個基礎之上，臨床分科除了參考不同的治療手段如主要以藥物治療的理療科等等以外，其進一步的區分則主要是依據人體解剖係統器管組織的分屬。隨著科學對人體解剖和分析愈加深入，推動著臨床醫學愈加向縱深方麵發展，臨床分科也愈來愈細，科別之間的界限也愈加分明，病人的狀況如稍複雜，往往進入醫院便要經過很多科室才能分別診斷有關的疾病。這樣作為每個部分的組織器官的病變是更清楚明確了，但作為整體的病人的整體狀況卻常常在分科嚴格的醫生視野中變得模糊了，這不能不說是一個值得注意的問題。
在臨床診斷方麵，主要目的還是在用檢測或實驗手段以了解病人器官、組織和細胞受到病損的情況，其形態結構的改變並由此而窺視其代謝、功能的變化，以確診疾病．隨著科學技術的長足發展，生理學和病理學對於器官、係統功能活動如病理機製的認識也逐漸深入到細胞和分子水平。因而對診斷學的要求也愈來愈高，當代科學技術也為臨床診斷提供了必要的手段。檢測儀器日新月異、檢查項目愈益繁多和精細，也成為臨床診斷的必然趨勢。醫生診斷疾病所依靠的檢測手段越多，醫生的臨床思維便會因此而降低。一個病人往往要費很長時間作多項檢查後才能診斷其疾病，這時患者的病情卻往往又發展了。