元氣論則認為元氣本身的陰南氤氳交感，使事物發生運動變化，並不依靠外力。《橫渠易說》說“太虛之氣，陰陽一物也，然而有兩體，健順而已”。《易大傳》說：“二氣感應以相與”。《楚辭集注》中說“二氣交感化生萬物”。這樣萬物便在陰陽互相聯係和作用氤氳感應而運動變化。中醫是沿著這種思想，而認為天-地-人-神(精神)之間，由於元氣的氤氳感應，而息息相關。《語類卷三》中說的“人之氣與天地之氣常相接無間，人自不見，”由此而形成《內經》裏的重要觀點：“人與天地相參也，與日月相應也。”
從原子論與元氣的源頭出發，我們可以發現中、西文化、科學問的許多方麵不同的脈絡。如與原子是一個個獨立存在的觀點相適應反映在社會關係中，西方以個人本位為天經地義；而元氣是不可分割的整體，東方社會多以集體主義為宗旨。原子論認為事物的形成及其運動源起於渦旋與碰撞，故對於事物間的關係或矛盾，多采用鬥爭的方法去解決，把矛盾的鬥爭視為其哲學的主要內容。元氣論認為事物的運動變化，源於其內部陰陽的互相依存互相消長轉化，互相聯係和作用，在相摩相蕩中，氤氳感應。故對於事物內部或其間的關係或矛盾，多主張協調，適應以達到自然的和諧。故在醫學上，西醫認為一舉而去除病灶或病因物而後快。中醫則多從調理陰陽、“謹察陰陽之所在而調之，以平為期”為主要治則。使人體內外陰陽相對平衡恢複，從而使在億萬年人類進化過程中形成的祛病和修複能力逐步恢複，用自身的力量去達到恢複健康的目的。
第二節 中、西醫生理學的差異
人體生理學是研究人體正常功能活動規律的科學，它的任務是研究人體在與周圍環境互相聯係和作用下，其功能的發展和變化規律，以及環境對機體生存的意義和影響。從這總的目的與任務上來說，中西醫的生理學的對象是基本相同的。但是由於指導中、西醫生理研究的觀念不同，其研究的內容、手段和取得的認識便有很大的差異。
西方生理學雖然也是在整體水平上研究人體生理，探索在完整機體的生命活動中，各係統器官間功能活動的關係及其協調性，以及機體對外界環境間的適應關係和自穩性。但近代西方生理學的研究重點則主要側重於在係統和器官解剖結構水平上，研究人體各係統的器官的功能，以及完成這些功能的機製；而本世紀以來生理學的發展，又主要是在細胞的超微結構和分子水平上，研究生命活動的最基本的理化機製。
在研究方法上，西方生理強調實驗、重視分析。雖然它一方麵也對人體種種生理現象作客觀的觀測，和在臨床實踐中去收集研究資料。而其更側重的方麵，則是應用實踐的方法去分析生命活動各個部分的基本機製，去認識生命活動的本質。1628年，英國醫生哈維出版了酊心與血液運動》一書，該書介紹了作者哈維在128種活體動物上進行解剖和實驗的結果，提出了血液循環的理論。即血液從左心搏出，經動脈、靜脈再返回右心，再由右心經脈循環麵至左心，周而複始。這個理論徹底推翻了統治醫學界一千多年的憑臆測而來的蓋侖的血液理論。蓋侖認為食物在肝髒中轉化成血液，經血管進入右心，再通過心間隔的小孔進入左心而傳送至全身，最後滲入和消失在全身組織之中。哈維倡導了解剖、實驗的務實風氣，使生理學從描述形態與結構的解剖學中獨立出來，發展成建立在實驗基礎上研究人體器官功能的理論。哈維的實驗生理方法為近代生理學的發展起到了奠基作用。
生理學的實驗工作多數在動物身上進行，無論是急性動物試驗(如對離體組織和器官的直接觀察或藥物麻醉在動物身上進行實驗)。或在清醒的完整的動物身上進行慢性實驗，都是在人工設計條件下觀察各種因素對生物機體某些生理活動的影響作用。在因果決定論的思路下分析認識其問的變化規律。近半個世紀以來，由於生物物理，生物化學等學科的迅猛發展，以及新技術在生理學實驗中的廣泛應用，向細胞的超微結構和分子水平等微觀領域的深入發展，以及研究生命活動的基本問題，已成為當代生理學發展的主要趨勢。
20世紀以前，生理學的研究，主要以人體各個係統和器官的生理分別進行觀察與實驗為重點。本世紀以來，逐步開展了對人體生理功能的基本特征的研究。生理功能的基本特征包括新陳代謝、興奮性和適應性以及內環境的自穩性，它是生命活動的基礎。有機體與外界環境之間不斷地進行物質能量與信息的交換與交流，並在體內進行轉化。其中同化作用是機體把攝入的營養物質合成為自身的成分，同時也是吸收並貯存能量的過程；異化作用是機體自身成分的分解，釋放其中的能量，以供有機體生命活動的需要，並最後將代謝最終產物排出體外的過程。新陳代謝是機體與外界環境進行物質交換和自我更新，這便是一切生理活動的物質基礎。既然機體時時刻刻都要與環境密切聯係和作用，機體就必然要具有對周圍環境的變化作出反應的能力。能引起機體反應的環境變化稱為刺激。刺激必須有一定的程度和一定持續時間。對刺激產生的功能活動改變稱為反應。反應按其性質可分為興奮與抻製。前者使活動由弱變強，後者使活動減弱。某一刺激對機體究竟引起興奮或抑製又取決於機體當時的功能狀態和刺激的性質、強度和時間。機體正常興奮性又是維持機體與外界環境之間協調和統一的基礎。
適應性則是機體以興奮性為基礎的隨其生存環境變化而產生相應變化的能力。適應性是生物競爭、進化過程中不斷發展和完善起來的功能。它對於生物種族的生存和發展起著關鍵作用。達爾文指出生物與環境的關係——適者生存，反之被淘汰。動物越向高級發展，其主導適應能力的中樞神經係統也愈來愈發達，人體生理學中神經生理是關鍵的一環。
生命運動是在人體生理功能互相協調統一的基礎上進行的。在進行過程中機體的結構和功能不斷地發展也不斷地分化和特殊化，與此同時機體也不斷地加強其整體協調和統一性。盡管各種纓胞、組織的分化和器官分工不同，功能也各異，但它們的活動並不是孤立的，是互相聯係和配合，形成協調的統一。
環境發生變化時，固然會使機體發生相應的變化，以保持機體與環境的統一。與此同時，機體自身也在一定範圍內作出反應，使生命活動能穩定地進行，這便是科學界所稱的“自穩定”。
機體與環境的聯係和協調，機體內部功能的完整統一，都是通過體內各種調節機製的作用，從而達到內外環境的統一協調，這種調節主要是通過神經與體液的調節來實現的，即由神經反射和內分泌調節機製以實現體內各組織和器官活動的整體統一和協調。這些調節又以反饋的形式實現。即機體功能調節過程中，調節者與被調節者或控製者與受控製者間是環形地互相聯係著，某一動因可導致一定結果，而結果又反過來影響作用於起始的動因，其中受控者的效應能加強控製者的活動稱為正反饋；反之使控製者的活動減弱，則稱為負反饋。反饋調節是研究人體各器官、組織相互聯係和協調統一的重要手段。