中醫的發展曆史中，春秋時間的名醫“和”(人名)，即提出了“六氣致病說”(《左傳·昭公元年》)說到天地間的陰、陽、風、雨、晦、明為六氣，六氣與人體之氣相互聯係和作用，若六氣“不節不時”超出了人體適應的範圍，便要導致疾病的發生。《莊子·知北遊》篇中說：“人之生也，氣之聚也。聚則為生，散則為死”也說明生命的物質基礎是氣。刊行於漢代的醫經《素問·病能論》中說：“上經者，言氣之通天也，下經者言病之變化也。”將氣的理論廣泛用於研究人天相關的人體生理、病理了。《內經》提出“氣化學說”，認為氣化主要表現在氣的升降、出入和漲落的生化運動上。《素問·六微旨大論》中說：“升降出入，無器不有，故器者，生化之宇，器散則分之，生化息關；故無不出入，無不升降。”其大義認為氣的出入、升降是對立統一不分割的，氣才因此而生生化化；要是此種對立統一分開了，則作為人體的有形之器也隨之解體。《內經》中提出生命中的精、氣、神的理論，反映了我國醫學對氣的物質性、能量性和信息性的重要意義的認識。這種思想始終貫穿在中醫的陰陽學說，藏象學說和辨證論治學說以及臨床實踐和藥學中。有著高度的理論與實踐的統一性。
元氣與原子不同，元氣是連續的、流動而有序的、陰陽對立統一的、互相聯係和作用著的物質，麵不是像原子那樣間斷的、獨立的、純粹的單一的實體和單元。這種思想的不同，所以方法論上也有著巨大的差異。我國傳統思維方法是建立在整體觀和陰陽對立統一的基礎上的，它更多地采用直觀思維和有別於因果對應的多因素隨機的不確定原則。
中醫方法論中的整體觀和陰期對立統一的思想，主要反映在中醫學術思想中的天人相關、藏象相關和形神相關等方麵，這三個相關的理論，在治療上就反應了中醫的特色辨證論治。(在中醫篇我們也講過一些)。了解了原氣論與原子論，就讓我們來看看它們之間的區別，也就是中、西醫在哲學上的差異。三、原子論與元氣論的差異雖然原子論與元氣論都是從物質的基礎上來討論兩種醫學，也就是說無論是以原子論亦或是元氣論都是唯物主義的，都是科學的，但雖然他們都是唯物主義，認為世界的本原是物質。但是，它們的思想內容卻有很大差異。
第一、原子論認為世界的本原的原子，英文稱“atomos”(希臘語，不可分割之意思)是宇宙中最小的再不能分割的物質粒子。它們性質祖儆，隻有形態、大小、位置和排列次序的不同。它們都是有形的，由於原子間的排列構造不同，形成世界億萬種不同的事物。有限的有形的原子與世界事物的無限性之間，看來是存在矛盾的。同時，隨著當代科學的飛速發展，更多的科學家也認識剄物質是無限可分的，這與“atomos"的含義也直接相悖。
元氣論則認為元氣聚而成形，散而無象。虛空也是元氣另一種存在方式。古代哲學家王廷相說：“有形亦是氣，無形亦是氣，道寓其中矣。”張載也說：“太虛不能無氣，氣不能不聚而為萬物，萬物不能不散而太虛，循是出入，是皆不得已而然也。”即是說無論是有形或無形的物質與空間，都統一構建於元氣，這裏顯示了它的哲學價值——思想上的徹底性。
第二、相隨而來的是間斷性與連續性的問題。原子論認為原子是絕對實體，原子與原子之間存在著虛空，虛空是原子運動的條件。德謨克利特認為虛空是“空洞的空洞”。伊壁魯鴆說它是“絕對的元”。“它是既不能作用於原子，也不能承受原子的作用，而隻能給原子提供運動的場所”。所以，一個個原子是獨立而間斷地存在的。由原子構成的事物，也是可以孤立地在空間中存在的。從這種思想出發，便很容易為後來的無視事物之間客觀存在的聯係，將事物視為孤立存在的形而上學觀點留下餘地。
元氣論對有形與無形之物，視為氣的聚散。其間就沒有不可逾越的間斷問題。元氣論認為事物間的關係是互相聯係和作用著的，可以互相資生和轉化，也可以互相消長和製約，它們是連續不斷與流動不息的。由元氣論指導的中醫學說，便把人體視為天一地一人一神互相聯係和作用的。開放的、複雜而巨大的係統。《內經》中說“人與天地相參也，與日月相應也。”在法則自然的總綱領上，展開對人體生理、病理以及保健與治病的醫學理論和實踐。
現代的科學實驗，一般都是設置在一定條件下(如溫度、壓力等)，把實驗對象臨時從與它的周圍聯係的事物中抽取出來而進行一定目的的線性因果關係的觀察與實驗。它比較容易獲得預期的結果，從定性與定量上搞清這一事物在一定條件下的性質和運動過程。這也是原予論指導下近代科學取得重大進步的原因之一。按照元氣論的思路，把事物在連續不斷又與周圍事物聯係中取出來，再動態地去作實驗，卻不是很容易做到的事，陰陽對立統一的方法，固然適宜於從總體去把握事物，從總畫麵上考慮事物。卻難於象西方科學那樣對事物及其組成的各個層次深入解剖分析，確切地掌握其每個細節，這是它們的不足之處。要解決這個問題，。並不是說要把更能鳥瞰事物全局的元氣論思想方法拖向後退，．而是應當鼓勵當代科學工作者，大膽創造出一套更能適用於元氣論所要求的科學理論方法及其試驗方法。這是一個帶有曆史性意義的科學大計，要求當代的中醫科研者去實現它。當這個任務實現之日，也許就是科學上突破性開創新局麵之時。因為，兩種文化和科學互相碰撞、接軌之處，也常常是更高層次的新文化科學之火炬點燃的地方。
第三、原子論與元氣論都認為世界事物是運動不息的，怎麼樣引起運動或者說什麼力量引發運動呢？它們的看法是有差別的。原子論的大哲學家伊壁魯鳩認為原子運動的原因，是由於原子自身的重量，因此，“無數的原子在無限的虛空中象下雨一樣用同等的速度平行降落”，“原子永遠不斷在運動，有的直線下降，有的離開正路，還有的曲予衝撞而後退”，形成所謂“偏離運動”。德謨克利特也認為，原子盼淩亂運動造成渦流，原子在碰撞或渦旋運動中互相結合起來9形成世界萬物。