法官葉在增暗想：“既然國防部插手了，就很難達到判決的目的。”
法官們心中不滿，都主張下午繼續開庭審判，否則無法向社會輿論交代，石美瑜對此表示讚成。
下午開庭後，主任檢察官王家楣慷慨陳詞，指出岡村應負戰爭共犯之責，希望參照國際公法處以應得懲罰；辯護律師江一平、錢龍生、楊鵬三人公開為岡村辯護，膽子大得令聽眾瞠目結舌，岡村本人在回憶錄中對此始終念念不忘：
今日的公審，是考慮到對民眾和國際的影響，是一次大型公開展覽，然而在此情況下，辯護人敢於大膽為我辯護，令人感激，尤其江一平律師不顧其父反對，毅然出庭，並列舉我在任華北方麵軍司令官時期為供給農民棉布、打擊奸商等事例，為我辯護，使我永銘肺腑。（1961年6月我去台北曾經訪江一平及石美瑜表示謝意……）
法庭辯論極其激烈，直到下午6時30分，石美瑜庭長宣布庭審結束，改口再審。具有法律常識的都知道，按照慣例，重大案件在辯論終結的當天就要審判，原定三時的宣判無人提起，明眼人不難得出明確的結論：這是一次愚弄人民、欺騙國際輿論而進行的公開展覽。
岡村8月23日晚7時20分回到監獄，典獄長孫介君像迎接凱旋而歸的大將軍一般熱情招待，堂堂典獄長孫介君8月24日又特意前來岡村的監房慰問，神秘地透露機密說：
對先生的公審判決的時機，（國民黨）政府內部有兩種意見，外交部方麵主張等待國際上對其他方麵的戰犯判決後，斟酌情況再做判決為宜；而國防部方麵則主張從速判決。因此，隻得請示蔣總統才能決定。下次公審可能是繼續辯論，是否立即判決尚未定。
孫介君前腳剛走，國民黨政府軍法局徐局長又以來監視察為名，傳達國防部長何應欽的慰問之詞，問候岡村病情。
岡村寧次對蔣介石、何應欽的陰謀心領神會，馬上向上海軍事法庭遞來一件申請情狀：“因病請求保外就醫。”
石美瑜情知岡村寧次這個申請狀大有來頭，他不敢決定，馬上把岡村的申請狀轉送國防部，很快得到指示，由國防部兩名少將高參出麵，保外“安排”在秘密住所。
接連幾天，上海和中國各地報紙對岡村寧次公審情況大加報道，不少文章對國民黨政府包庇戰犯的做法進行激烈抨擊，諷刺說拖延三年之久才做戲劇性審判，實不光彩，莫若及早宣告岡村寧次無罪！
岡村的案子一擱幾個月無人問津，外電傳說岡村寧次將送交東京國際法庭審判，記者據此向上海軍事法庭多次提出質問，石美瑜隻得命法庭發言人發表談話搪塞說：
岡村並未參加日本侵華的中央係統組織，其犯罪僅與在中國戰場上發生的事實有關，因此當然不須送往東京。
盡管如此，外麵傳說很快將對岡村進行第二次公審，第一次公審的紀錄影片將分送世界各國，岡村寧次對自己的命運仍憂心忡忡，忙向可以“通天”的典獄長孫介君打探消息。
1948年10月11日，孫介君來到岡村寧次的住室透露重要消息說：
最近我去南京麵謁國防部副部長秦德純及二廳副廳長曹少徵少將，對先生病情均頗關心。他們認為，現在情況與前不同，社會上眾目注視。此時，以在健康許可範圍內於獄中靜候宣判為宜，並說一般認為，對先生的宣判以等待東京軍事法庭結束後再做處理為有利。
11月13日，岡村寧次以心髒病及腹瀉等症並發為由，由請監外就醫獲得批準，對岡村的審判推遲30天舉行。
11月23日，東京國際軍事法庭終於對甲級戰犯作出了最後判決。
蔣介石緊接著主持召開了高級會議。參加會議的有國防部長、次長、司法部長、軍法局長、法庭庭長等人。
第一種意見認為：自停戰以來，岡村寧次有功於民國，應判其無罪。
第二種意見認為：根據國內外輿論，特別是遠東國際軍事法庭對東條英機等人的判決，對岡村寧次量刑應當一致，可判其無期徒刑。
國防部長何應欽對蔣介石琢磨得最透，他說：“此事應慎重考慮，國內外輿論不得不予以關注，且有國際關係須要借鑒，為此不可立即宣布岡村寧次無罪，可以徐圖善策，以待時機。”
這正是蔣介石要把握的尺度，他因此首肯道：“敬之言之在理，就這麼辦吧。”
一切均在蔣介石的玩握之中。
石美瑜默察於心，感到了自己的渺小與悲哀。
石美瑜號可珍，福建閩侯縣人，曾因民國二十一年在司法考試中名列榜首而聲名雀起，原係江蘇高等法院院長朱煥彪的班底之一，任刑事庭推事。戰後在承辦陳公博、繆斌等漢奸案中，鋒芒銳利，剛正執法，出手漂亮利落，廣得同行老少的稱道。國防部審判戰犯軍事法庭成立時，他被推薦升任為該庭庭長。官階陡升三級，大大地鼓舞了他的雄心。此番他想抓住辦岡村寧次這個難得的機遇大顯身手，為自己鋪下錦繡前程，同時也使自己的民族自尊心得到滿足。始料不及的是，他竟跌入了如此肮髒的漩渦，他的命運麵臨著巨大的危險。三十六計走為上，但他的請調報告沒有得到上峰的允準。
12月23日，各報都以歡呼的姿態，用粗大的標題報道了一個震撼人心的消息：東條英機等七名大戰犯已在東京被絞死！
不久，石美瑜收到了一份密級極高的代電，電文大意為：據滬淞警備司令湯恩伯呈請將岡村寧次宣判無罪，應予照準，雲雲。文首他的銜名與文末“中正”的署名，使他明白，蔣介石已將他提拔為國防部檢察局處長，銜至中將；而作為報償，他必須幫蔣介石放了岡村寧次。船駛近了孤島，把你推下水，再拋給你個救生圈，由不得你不抱住救生圈往孤島掙紮。
岡村寧次在回憶錄中談及湯恩伯如此賣力地包庇他時這樣說：
由於湯恩伯（1924年至1926年間在日本士官學校讀書期間）之學業成績欠佳，結業時校方準備讓他留級一年，湯恩伯聞訊後急得要命。不知怎的，又如期畢業，後來得知是我從中幫忙所致，湯恩伯對此銘心刻骨難忘。
湯恩伯則直言不諱地承認這是出於勾結日本戰犯共同反共的需要，在《湯恩伯劄記摘要》中供認：
民國三十七年，對岡村寧次大將進行審判時，正值華北局勢惡化，共產黨對此審判也極為注意。在國防部戰犯處理委員會審議本案時，行政院及司法部的代表委員均主張判處死刑或無期徒刑。我從反共的見地出發，主張宣判無罪，並要求主任委員、國防部副部長秦德純，特別是何應欽部長出席參加審議，結果我的意見獲得勝利，並經蔣總統批準。”
這時候，蔣介石在反共內戰中一敗塗地，蔣介石玩弄以退為進的詭計宣布下野，李宗仁代總統出麵與中共進行和談，中共中央明確提出將逮捕審訊岡村寧次等日本戰犯作為國共和談的條件之一，國民黨政府被迫對岡村寧次進行第二次公審，但蔣介石仍在背後緊緊操縱。
蔣介石臨走前，於1月21日正午約宴了五院院長。散席後在他離開時，老態龍鍾的於右任追了上去，口中連聲喊著：“總統！總統！”