第十七章
康熙三十三年，清廷詔噶爾丹前來會盟，噶爾丹抗命不至，反而遣兵侵入喀爾喀，康熙遂決定誘其南下一戰殲之。為使此次作戰順利進行，清軍在戰前做了充分準備：調集兵馬，征調大批熟悉情況的蒙古人為向導，隨軍攜帶5個月口糧，組成龐大的運輸隊，備有運糧大車6000輛，隨軍運送糧食、器材；籌備大量防寒防雨器具，準備大批木材、樹枝，以備在越過沙漠和沼澤地時鋪路。
康熙三十四年九月，噶爾丹果然率3萬騎兵自科布多東進，沿克魯倫河東下，揚言借得俄羅斯鳥槍兵6萬，將大舉內犯。在此形勢下，康熙決定再次親征，次年二月，調集9萬軍隊，分東中西三路進擊：東路9000餘人，由黑龍江將軍薩布素率領越興安嶺西進，出克魯倫河實行牽製性側擊；西路4．6萬人由撫遠大將軍費揚古為主將，分別出歸化、寧夏(今寧夏銀川)，越過沙漠，會師於翁金河(今蒙古德勒格爾蓋西)後北上，切斷噶爾丹軍西逃科布多之路；康熙自率中路3．4萬人出獨石口(今河北沽源南)北上，直指克魯倫河上遊，與其他兩路約期夾攻，試圖殲滅噶爾丹軍於克魯倫河一帶。
三月，康熙率中路軍出塞。五月初，經科圖(今內蒙古蘇尼特左旗北)繼續渡漠北進，逐漸逼近敵軍。噶爾丹見康熙親率精銳前來，又聞西路清軍已過土剌河，有遭夾擊的危險，便連夜率部西逃。五月十三日，清西路軍進抵土剌河上遊的昭莫多(今蒙古烏蘭巴托東南)，距噶爾丹軍15公裏紮營。昭莫多，蒙語為大森林，位於肯特山之南，土剌河之北，汗山之東。費揚古鑒於清軍長途跋涉，饑疲不堪，決定采取以逸待勞、設伏截擊的方針，以一部依山列陣於東，一部沿土剌河布防於西，將騎兵主力隱蔽於樹林之中；振武將軍孫思克率步兵居中，扼守山頂。戰鬥開始後，清軍先以400騎兵挑戰，誘使噶爾丹軍入伏。噶爾丹果然率兵進擊，企圖攻占清軍控製的山頭。孫思克率兵據險防守，雙方激戰一天，不分勝負。此時費揚古指揮沿河伏騎分兵一部迂回敵陣，另一部襲擊其陣後家屬、輜重，據守山頭的孫思克部也奮呼出擊。噶爾丹軍大亂，奪路北逃，清軍乘夜追擊15公裏以外，俘殲數千人，收降3000人，擊斃噶爾丹之妻阿奴。噶爾丹僅率數十騎西逃。
在噶爾丹率軍東侵喀爾喀之際，其後方基地伊犁地區被其侄策妄阿拉布坦所襲占。加之連年戰爭，噶爾丹“精銳喪亡，牲畜皆盡”，噶爾丹兵敗窮蹙，無所歸處，所率殘部不過千人，但羸弱不堪，內部異常混亂。康熙三十六年二月，康熙鑒於噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹在眾叛親離的情況下，服毒自殺而死，至此康熙時期平定噶爾丹叛亂之戰始告結束，喀爾喀地區重新統一於清朝。
噶爾丹死後，策妄阿拉布坦便成為準噶爾部的統治者。隨著他的統治地位的鞏固和地盤的不斷擴大，又滋長了分裂割據的野心，沙皇俄國也積極支持其叛亂。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據守的科布多、巴裏坤(今新疆巴裏坤)、哈密等軍事重鎮，並派兵侵入西藏，進行分裂叛亂活動。由於康熙及時派兵進藏協同藏軍進行圍剿，才將策妄阿拉布坦叛亂勢力趕出西藏。
康熙逝世後，雍正繼續堅持平定準噶爾貴族割據勢力的鬥爭。雍正五年(公元1727年)冬，策妄阿拉布坦死，其子噶爾丹策零繼位後，在沙俄支持下，繼續進行叛亂活動。從雍正六年以後，清朝多次出兵平定噶爾丹策零叛軍。
雍正十年七月，噶爾丹策零率軍襲擊駐紮於塔半爾河的清軍。八月初，清軍以精騎3萬夜襲其營，準噶爾軍大敗潰逃。清軍乘勝追擊，將其大部殲滅於光顯寺(今蒙古共和國鄂爾渾河上遊)，噶爾丹策零被迫降附。
乾隆十年(公元1745年)，噶爾丹策零死後，準噶爾部內亂，達瓦齊奪得汗位。清乾隆二十年(公元1755年)二月發兵5萬直搗伊犁，達瓦齊猝不及防，兵敗被俘。不久，歸降清廷的阿睦爾撒納，因統治厄魯特蒙古四部的野心未能得逞，聚眾叛亂。