關東地區的統一，有力地鞏固了東漢政權，為劉秀爾後擊滅隗囂、公孫述，奪占隴、蜀，贏得統一戰爭的最後勝利，奠定了堅實的基礎。
(3）攻占關中
在從事關東統一之戰的同時，劉秀也展開了鎮壓赤眉農民起義軍的行動。
早在綠林軍攻占洛陽的時候，赤眉軍的勢力也進入了中原地區。其首領不滿於更始政權所為，另立一幟，與以綠林軍為主體的更始政權相抗衡。建武元年(25年)九月，赤眉軍攻入長安，推翻了更始政權。
建武二年九月，占領長安的赤眉軍因糧秣不繼而西出隴東尋求出路，但結果為當地割據勢力隗囂所擊敗，隻好折回關中。他們擊走乘虛盤據在那裏的鄧禹軍，重新控製了長安。由於後勤保障仍未獲得解決，赤眉軍再度陷入饑饉，並為地方豪強武裝所包圍。不久，被迫放棄長安，引兵東歸。劉秀為一舉撲滅赤眉軍，決定憑借崤函險道，以逸待勞，以飽待饑，對赤眉軍實施截擊。
為此，劉秀調兵遣將，改任馮異為主將，取代鄧禹，急速西進，抵華陰(今陝西華陰西)阻擊赤眉軍，同時命令侯進、耿弇部集結，準備會同進剿。
馮異在華陰阻擊赤眉軍60餘天後，於次年正月東撤至湖縣(今河南靈寶西北)與鄧禹部合兵。不久赤眉軍進至這一帶，與漢軍相對峙。鄧禹邀功心切，迎戰赤眉軍。赤眉軍先佯敗，後反攻，大敗鄧禹軍，鄧禹僅率24騎逃回宜陽。馮異率軍相救，也被赤眉軍所擊敗。馮異逃至崤底，後收集散兵和當地豪強武裝數萬人，與赤眉軍繼續交戰。二月，雙方大戰於崤底。戰前，馮異先派一部分士卒化裝成赤眉軍，潛伏於道旁，戰鬥開始，馮異以少數兵力誘使對方進攻，再以主力相拒，待赤眉軍攻勢減弱後，突發伏兵出擊。赤眉軍因無法辨認敵我而陣腳大亂，潰退至崤底，8萬餘人投降。接著，劉秀親率大軍，與先期部署的侯進、耿弇部會合，攔截折向東南的赤眉軍餘部於宜陽(今河南宜陽西)，予以全殲，赤眉軍首領樊崇等十餘萬人投降。至此，劉秀終於將延續10年之久的赤眉農民起義扼殺在血泊之中。
(4）並隴滅蜀
劉秀在鎮壓赤眉軍，削平關東群雄之後，西圖隴、蜀，統一全國就提到議事日程之上了。當時，竇融據有河西，隗囂占據隴西，公孫述割據巴蜀。劉秀根據形勢，製定了由近及遠、穩住竇融、先隴後蜀、各個擊破的戰略方針，首先將兵鋒指向隗囂。
建武六年(30年)四月，劉秀正式發動伐隴之役。遣耿弇等7將分兵進攻隴坻(今隴山，陝西隴縣西北)，隗囂居高臨下，以逸待勞挫敗漢軍攻勢。於是劉秀暫時轉攻為守，命大司馬吳漢赴長安集結兵力，以資策應。同時爭取河西竇融出兵相助，使隗囂腹背受敵，並讓馬援煽動隗囂部屬及羌族酋長附漢。隗囂見處境危急，遂向公孫述稱臣，聯蜀抗漢。建武七年秋，隗囂得西蜀援兵後親率3萬大軍進攻安定(今甘肅鎮原東南)，另派一部企圖奪取關中，但分別為漢軍馮異、祭遵部所擊敗。
隗囂的冒險出擊，造成後方的空虛，為劉秀乘虛蹈隙、直搗隴西提供了機遇。建武七年春，劉秀派遣來歙率2000人出敵不備，伐木開道，迂回奔襲，占領隴西戰略要地略陽(今甘肅莊浪縣西南)，隗囂大驚，即遣重兵數萬進擊來歙，企圖奪回略陽。來歙與將士頑強堅守，使隗囂頓兵挫銳於堅城之下，有力地牽製了隗囂的主力。劉秀把握戰機，速派吳漢、岑彭、耿弇、蓋延諸將分兵進擊隴山，占領高平(今寧夏固原)，自己則率關東大軍親征隗囂。所到之處，隗囂的部隊土崩瓦解，隗囂本人敗逃西城(今甘肅天水西南)。漢將吳漢、岑彭跟蹤而至，兵圍西城數月。隗囂大將王元率西蜀援兵趕到，才救出隗囂，共奔冀縣(今甘肅天水西北)，漢軍也因糧盡撤兵。過後，隗囂雖然重占了隴西大部，但實力已遭重創，失敗乃是不可避免的事了。