至順三年（1332年）文宗病重，年方29歲，他召見皇後與太子燕鐵古思：“昔者晃（旺）忽察之事（害明宗），為朕平身大錯。朕嚐中夜思之，悔之無及。燕鐵古思雖為朕子，朕固愛之，然寧（宗）之大位乃明宗之大位也。汝輩如愛朕，願召明宗子妥歡帖木兒來登此位。如是，朕雖死見明宗於地下，亦可有所措辭塞質耳。”言完，文宗崩。
作為晃忽察都事之主謀人，燕帖木兒，迅速得知此事，為之大驚失色。數日之後，他與文宗皇後卜答失裏商量道：“阿婆權且守上位安王室。妥歡居南徼荒瘴之地，未知有幾。我與宗戚諸王徐議之可也。”之後燕帖木兒又何文宗後請讓燕鐵古思入繼文宗大統。皇後卜答失裏堅不從。燕鐵木兒又讓才七歲的明宗幼子懿璘質班入繼大統。意在可便於操控。但是懿璘質班繼位五十日就卒。文宗後就越發認定丈夫與兒子的早逝是加害明宗後長生天的報應了。他對燕帖木兒說：“天位至重，吾兒年方衝幼，豈能任邪？！明宗有子妥歡，出居廣西，年方十三矣，可嗣大統。”中書省右丞相闊裏古思就這樣親迎自己入大都，卻仍為燕鐵木兒所疑，數月未立。
就這樣，直至至順四年，燕鐵木兒驚悸成疾死後的六月初八，自己才得以入繼大統，改元“元統”，詔告天下：“武宗皇帝元孫，明宗皇帝之世嫡。”想當時，自己雖是十七歲之皇帝，卻仍在文宗舊臣的包圍之中，不能一展鴻圖。其中尤以燕鐵木兒之子糖其勢為著。自己的皇後伯牙吾氏也是燕鐵木兒之女。就這樣一直捱到至元元年（1335年）太傅左丞相撤敦死後，伯顏的權力躍居在燕鐵木兒氏族之上後，伯牙吾氏的唐其勢不服道：“天下者，本我之天下也。伯顏何人，而位居吾上。”唐其勢陰謀與叔父答裏交結諸王晃火帖木兒，行廢立改代之事。
不想此事為剡王徹石禿所揭發。自己屢次召答裏而不應。六月三十日，唐其勢伏兵上都東郊後親率勇士數人突入宮中。伯顏、完者帖木兒、定住、闊裏吉思領兵擒獲了唐其勢，他的餘兵隻能投奔答裏。答裏完全響應唐其勢的政變活動，殺死了自己派出的使者哈倫阿魯灰。自己再遣阿弼招答裏而再次被殺。不僅如此，答裏還率黨人和尚與刺刺迎擊元軍失敗。答裏在投奔晃火的途中被追及，誅殺在上都。
晃火帖木兒原想代替自己做皇帝，此時徹底絕望而自殺。唐其勢在被判處死刑後不肯出外，死死拉住殿欄不放至殿欄為折。他的弟弟塔刺海嚇得躲進皇後即將的衣裙之下，也被武士拉出，立即殺死，血濺汙了皇後的衣服。之後伯顏上奏本：“豈有兄弟為逆而皇後黨之者！”一並拘捕了皇後伯牙吾氏。當之時，皇後曾下跪向自己求救：“陛下救我！”而自己卻隻能違心說道：“汝兄弟為逆，豈能相救也!”伯顏出皇後宮中之後為斬草除根而毒死皇後伯牙吾氏於上都民舍之中。自己卻雖為一國之君，卻連老婆也保不了算是什麼國君。
燕鐵木兒勢力一除，眾禦史一改往日噤若寒蟬的樣子，做事後諸葛亮，大放馬後炮，彈劾燕鐵木兒的奏本比雪片還多，真是牆倒眾人推也。自己方知八歲時父母之死父母的就裏原委。就這樣，伯顏又大權獨攬，專權自恣，變亂祖宗成憲，虐害天下，且漸有奸謀陳現。伯顏用獻高麗美女的辦法，安插奇氏為皇後，密報自己的一言一行。宮外也全換成了他的朝官爪牙。
元統二年，伯顏求為秦王受阻說：“我聞淮東有秦（高）郵。我縮秦郵為秦王，非西秦也，何不可有？！”萬般無奈之下，自己隻能封伯顏為秦王，食邑高郵。之後，伯顏又求“薛禪”封號，“薛禪”者，即蒙語“賢者”之意，為忽必烈之專諡，作為祖宗成憲是任何人不得由此封號的了。翰林學士沙刺班反對說：“萬一曲從所請，關係非輕。”自己再次無奈地請翰林學士歐陽玄與監察丞相揭斯以“元德上輔”四字封伯顏。之後的伯顏更是擅爵人，赦死罪，任奸，殺無辜，諸衛精兵為己用，府庫錢帛聽出納，儼然是“皇上”的派頭，而自己一無法可施，二次被蛇咬傷。
至元五年，伯顏又誣舊主剡王徹之禿而擅殺之。他奏貶宣讓王帖木兒不花與威順王寬徹普化時，辭色嚴厲，不待旨而行，一點沒有自己這個皇帝在他眼裏。雖積憤滿胸，卻也無可奈何。倒是伯顏親侄脫脫在老師吳直才的教導下，行下了大義滅親之事。
至元六年（1340年）奪伯顏權後，貶死途中。脫脫為相後，是銳意改革，勵精圖治，與群臣議修史事。
至正二年（1342年）經過筵檢討臨川危素移書中書丞相賀太平書中說：“三國（遼、宋、金）上下數百年間，其事泯然不見，豈非今朝之闕典歟。”賀太平力讚修史之事。
至正三年（1343年）直接下詔說：“者三國為今朝所取製度，治亂興亡之由，恐因歲月久散失，和璘宣大臣，分史置局，纂修成書，以見祖宗盛德天下。遼、宋、金三國之由，垂鑒後世，做一代盛典。交翰林院分局纂修，職專其事。”任命脫脫為總裁，編修宿彥，經費不足，則由汞士莊支取。世人稱頌之為“脫脫更化”。自己政績全盛輝煌之時。