我國生態農業建設經過20多年的試點示範，已取得了顯著成效，同時也完善了我國生態農業產業化的相關配套技術體係。並且在2002年，農業部科技司向全國範圍內征集生態農業的模式與配套技術，要求應征技術應符合“整體、協調、循環、再生”原理，體現“生產、生活、生態”的有機結合，突出資源培育和高效利用，注重經濟效益和農民增收，注重技術的組裝、配套與可操作性。由於生態農業的發展模式已經在全國得到普遍推廣，各地各區均可以找到適合當地發展的模式，但相應的配套技術並不是完全適合各地的實際情況，由於地區之間氣候、土壤、地形、環境都不盡相同，因此，建立相應的配套技術體係，可以使各地的生態農業產業化發展得到切實可行的配套技術支持，使生態農業產業化發展模式進一步細化。
目前我國主要的生態農業產業化配套技術北方“四位一體”生態配套技術；南方“豬-沼-果”生態配套技術；平原農林牧複合生態配套技術；草地生態恢複與持續利用生態配套技術；生態種植配套技術；生態畜牧業生產配套技術；生態漁業配套技術；丘陵山區小流域綜合治理配套技術；設施生態農業配套技術；觀光生態農業配套技術，具體如下。
一、北方“四位一體”生態配套技術
通過合理配置形成以太陽能、沼氣為能源，依沼渣、沼液為肥料，實現種植業、養殖業的結合。由於北方地區冬季室內外溫差可達30℃以上，溫室內的水果、蔬菜可以正常生長，畜禽的飼養業不受影響，從而保證了沼氣的正常供應。
主要配套技術：沼氣池建造及使用技術，豬舍溫濕度調控技術，豬舍管理和飼養技術，溫室覆蓋與保溫防寒技術，溫室溫濕度調控技術，日光溫室綜合管理措施，無公害蔬菜、水果、花卉高產培育等技術。
二、南方“豬-沼-果”生態配套技術
有效利用沼氣所產生的沼渣和沼液，在使用沼氣做飯、照明的同時，利用沼肥於果樹及其他農作物，此種模式突出以山林、水田、水麵、庭院為依托，在延長產業鏈的同時，促進農村各項事業的發展。
主要配套技術：養殖場及沼氣池建造技術，豬舍溫濕度調控技術，豬舍管理和飼養技術，果樹（蔬菜、魚池等）終止和管理等技術。
三、平原農林牧複合生態配套技術
農林牧複合生態模式是通過接口技術在資源利用上的使用，形成兩個或兩個以上的產業組的生產方式。依靠種植業為養殖業提供原料來源，養殖業為種植業提供肥料來源，進一步挖掘農、林、牧之間的深層協調能力。
主要配套技術：秸稈還田技術、有機肥生產技術、作物栽培技術、節水技術、病蟲害防治技術、間伐技術等。
四、草地生態恢複與持續利用生態配套技術
以草地生態係統物質循環及能量流動為理論依據，運用現代生物保護及管理手段，在牧區實施退耕還草，減牧還草，依次恢複草地的生態植被，從而遏製沙漠的蔓延，改善當地的生態環境，同時增加農民的收入。