生態農業產業化經營的設計原則應當按照生態學原理和生態經濟規律進行。首要任務就是運用現代科學技術進行生態農業生產設計，對農業生態係統進行再構造，從而實現農業係統結構有序發展，達到環境良好的目標。
生態農產品的加工設計，主要指農產品加工企業的生產過程設計。設計應采用生態工業的加工模式，即采用清潔生產方式對生態農產品進行加工。清潔生產包括清潔的生產過程和清潔的產品兩方麵的內容，不僅要實現生產過程的無汙染和少汙染，而且生產出來的產品在使用和最終報廢處理過程中也不對環境造成損害，實現生態農產品加工階段的良好生態效應。
在生態商業銷售設計中，要充分考慮企業的生產導向、產品導向、推銷導向和營銷導向等，實現企業利益、消費者利益、社會利益以及生態環境利益的統一，同時滿足消費者在生產和銷售過程中對環境保護的要求，並把這種要求貫穿於產品開發、製造、定價、分銷、促銷的策劃和實施的全過程。具體的綠色銷售設計包括綠色價格策略、綠色渠道策略、綠色促銷策略，等等。即綠色營銷戰略具有全局性、長遠性、穩定性、抗爭性等特征。
在生態農業產業化設計中，生態是基礎，經濟是動力，社會效益是最終歸宿。可以說，生態農業的產業化經營是生態農業在市場經濟環境中自我完善、穩定發展的有效途徑，但其主要目標是在兼顧生態效益的同時進一步加快農村經濟發展，提高農業效益。生態農業產業化由生態產業的組合、連接發揮效應，其設計原則應該兼顧係統的生態耦合和縱向連接。所謂的縱向連接，就是依據資源優勢開發當地具有資源與市場優勢的產業，形成“產-加-銷”相連的縱向連接；所謂的生態耦合，就是組裝生物措施與工程措施，對生態環境進行治理和改善。
根據生態產業的設計原則，我國的生態農業不僅應該繼續發揚實踐中效果顯著的生態耦合，也應該重視產業鏈上下遊之間的縱向連接，隻有這樣才能兼顧經濟效益和生態效益，使生態農業的經濟功能得以很好的體現，使經濟、環境得以協同發展。