生態農業產業化在快速發展的同時，其保障體係的建立也是至關重要的，由於生態農業產業化係統是一個開放係統，必須與外界環境的物質、能量進行交換，以保持係統的有序性，實現其經濟效益；同時，這個係統更需要通過標準化、全程化的嚴格“綠色”控製確保係統的生態效益得以實現。因此，生態農業產業化綜合效益的實現，離不開產業化體係的技術、法規和政策保障。技術體係、管理體係和政策體係是生態農業產業化實現其組織體係、生產體係的基礎和保障，也是生態農業產業化體係的有機組成部分。
一、體 製 保 障
市場經濟的良性運行不僅依靠市場機製這隻“無形之手”的調節，也需要政府這隻“有形之手”的有力調控。生態農業的產業化運作需要政府的精心有效的管理。這是因為生態農業產業化既涉及促進農業生產力要素優化配置和組合問題，又涉及適應生產社會化和改革經營體製以及生態環境保護的問題。生態農業產業化的實施和操作，事實上已經突破了農民、農業、農村的時空領域，實際上是生態農業發展觀念上的一次大變革，廣泛涉及農村乃至城市經濟體製改革的深化。生態農業產業化發展的實踐，作為生態農業經營的一種組織與製度的創新，政府的引導和調控是至關重要的。
在生態農業產業化運作未成為廣大農民的自覺行為之時，應由政府直接出麵，“政府搭台，企業唱戲”，通過傳媒宣傳號召和動員涉農部門及企業支持幫助農民與市場的初步連接。政府調控主要體現在農戶和企業難以辦成的事情上，包括規劃、引導、協調、服務四個方麵。區域化布局需要政府規劃，專業化生產需要政府引導，農工商一體化經營需要政府扶持，企業化管理需要政府指導，社會化服務需要政府協調，市場建設需要政府統籌，沒有一項可以離開政府。在生態農業產業化的外在形式已隨著形勢的發展和農民的創造而發生變化之後，廣大農民將產業化作為爭取自己利益而奮鬥的自覺行為，這時政府的主要職責就是營造一種政策環境和製度環境，消除體製障礙。政府在體製上著重強化綜合服務，弱化條塊分割的政策管理職能，以促進生態農業產業鏈中諸環節由分割走向一體化。這時，農民在其中，才可能發揮其聰明才智和主觀能動性、創造性，充分利用市場機製來優化配置各種資源，來推動生態農業產業化的發展。
二、科 技 保 障
與常規的農業產業化相比，生態農業因為要兼顧經濟效益和生態效益的統一，要在生產過程中進行環境汙染的控製、提高資源、能源的利用效率，就需要不斷采用更先進的工藝和生產技術，需要不斷開發新的、替代性的、少汙染的、無害的產品、原料，研究新的生產工藝，進行汙染的治理、控製和預防，提高產品質量和安全性。因此，生態農業產業化的技術含量高於普通的農業生產體係。現代農業與傳統農業精華的有機結合，形成了“生態技術體係”或“環保技術”、“無害化技術”、“低汙染、低耗費”、“高產優質”等技術，為生態農業產業化的發展提供了技術支撐。
三、服 務 保 障
生態農業產業化需要社會化的服務體係，來支撐生態農業產業化的服務體係，更加突出以農戶、家庭經營為主的特征。在繼續完善現有的農業技術推廣站、種子站、農機站、植保站、畜牧獸醫站、農村合作基金會等與農業直接相關的服務組織的基礎上，健全服務功能，轉變服務方式，逐步將這些服務組織的利益與農戶生產經營的利益相結合，形成服務組織與市場經濟和生態農業產業化配套的新型生產服務體係。
社會化服務體係主要由以下幾個方麵構成：
（1）社會服務行業主要包括農業教育及職業培訓、農業科研、市場信息、資金信貸等部門，通過公共式的服務與生態農業生產過程結合。
（2）產前服務行業主要包括農業機具生產、良種生產供應、飼料加工與供應、肥料生產與供應、農用薄膜的生產與供應，農用電力供應、農田水利設施建設等部門，以關聯產業的服務形式與生態農業生產過程結合。
（3）產中服務行業主要包括農業播種、施肥、收獲服務，農業技術示範推廣服務，病蟲害防治的植物保護服務，畜禽衛生防疫服務，水產養殖良種及技術培訓服務等部門，以緊密型的服務形式與生態農業生產過程結合。
（4）產後服務行業主要包括農產品收購與運輸，各種農畜產品加工企業，鮮活農產品批發與零售企業，食品加工及銷售企業，農產品超級市場，農產品出口貿易機構等行業和部門，以一體化經營的方式與生態農業生產過程結合。