自然界有許多微生物存在，其中有少數微生物對人類、動物或植物有病害作用，這類微生物就稱為致病微生物或病原微生物，簡稱致病菌或病原菌。引起人類病害的微生物有多種，其中一部分是因侵入消化道而引起疾病的，這就是與食品衛生有關的一類致病菌，這些致病菌分別屬於細菌和病毒，其中尤以細菌最為常見。
本部分主要介紹食品原料及食品中各種致病菌的檢驗方法，如金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌、沙門菌、誌賀菌及致瀉大腸埃希菌等。
食品中致病菌檢驗通常是采用具有選擇性作用的培養基對樣品進行增菌培養（若樣品受致病微生物汙染嚴重，則可以不經增菌培養），然後對培養液進行分離培養，根據分離培養後的菌落生長情況、菌體形態和生化特性進行初步推斷，最後經過微生物的生理生化試驗、血清凝集試驗及動物試驗等，根據微生物的形態特征、生理生化特性、抗原特性及動物試驗結果等判定樣品是否被致病微生物汙染，並對致病微生物進行定性和定量。
一、大腸杆菌的檢驗
致瀉大腸埃希菌俗稱大腸杆菌，屬腸杆菌科埃希菌屬。大腸杆菌是埃希菌屬的代表，與非病原性大腸埃希菌一樣都是人畜的腸道細菌，可隨糞便一起汙染環境，汙染食品。檢驗步驟如下。
1.增菌
樣品采集後應盡快檢驗，除易腐食品在檢驗之前應預冷藏外，一般不冷藏。
以無菌手續稱取檢樣25g，加在225mL營養肉湯中，以均質器打碎1min或用乳缽加滅菌砂磨碎。取出適量，接種乳糖膽鹽培養基，以測定大腸菌群MPN值，其餘的移入500mL廣口瓶內，於（36±1）℃培養6h，取出一接種環接種於一管30mL腸道菌增菌肉湯內，於42℃培養18h。
2.分離
將乳糖發酵陽性的乳糖膽鹽發酵管和增菌液分別劃線接種於麥康凱或伊紅美藍瓊脂平板上。汙染嚴重的檢樣，可將檢樣勻液直接劃線接種於麥康凱或伊紅美藍瓊脂平板上，於（36±1）℃培養18～24h，觀察菌落。不但要注意乳糖發酵的菌落，同時也要注意不發酵和遲緩發酵的菌落。
3.生化試驗
（1）自鑒別平板上直接挑取數個菌落，分別接種於三糖鐵瓊脂（TSI）或克式雙糖鐵瓊脂（KI）上，同時將這些培養物分別接種於蛋白腖水、半固體瓊脂、pH7.2尿素瓊脂、KCN肉湯和賴氨酸脫羧酶試驗培養基上。以上培養物均在36℃培養過夜。
（2）TSI斜麵產酸或不產酸、底層產酸，H2S陰性，KCN陰性和尿素陰性的培養物為大腸埃希菌。
TSI底層不產酸，或H2S、KCN、尿素等試驗中有任一項為陽性培養物，均非大腸埃希菌。必要時可做氧化酶試驗和革蘭染色。
4.血清學試驗
（1）假定試驗挑取經生化試驗證實為大腸埃希菌的瓊脂培養物，用致病性大腸埃希菌、侵襲性大腸埃希菌和產腸毒素大腸埃希菌多價O血清和出血性大腸埃希菌O157血清做玻片凝集試驗。當與某一種多價O血清凝集時，再與該多價血清所包含的單價O血清做試驗。如與某一單價O血清呈現強凝集反應，即為假定試驗陽性。
（2）證實試驗製備O抗原懸液，稀釋至與Mac Farland 3號比濁管相當的濃度。原效價為（1∶160 ）～ （1∶320）的O血清，用0.5%鹽水稀釋至1∶40。稀釋血清與抗原懸液在10mm×75mm試管內等量混合，做單管凝集試驗。混勻後放入50℃水浴箱內，經16h後觀察結果。如出現凝集，可證實為該O抗原。
二、沙門菌的檢驗
用於沙門菌的檢驗方法包括五個基本步驟：① 前增菌；② 選擇性增菌；③ 選擇性平板分離；④ 生化試驗，鑒定到屬；⑤ 血清學分型鑒定。
1.前增菌和增菌
凍肉、蛋品、乳品及其他加工食品均應經過前增菌。各稱取檢樣25g，加在裝有225mL緩衝蛋白腖水的500mL廣口瓶內。固體食品可先應用均質器，以8000～10000r/min打碎1min，或用乳缽加滅菌砂磨碎，粉狀食品用滅菌匙或玻璃棒研磨使之乳化。於（36±1）℃培養4h（幹蛋品需培養18～24h），移取10mL，轉種於100mL氯化鎂孔雀綠增菌液或四硫磺酸鈉煌綠增菌液內，於42℃培養18～24h。同時，另取10mL，轉種於100mL亞硒酸鹽胱氨酸增菌液內，於（36±1）℃培養18～24h。