菌落總數是指食品檢樣經過處理，在一定條件下培養後，所得1g或1mL或1cm2表麵積檢樣中所含細菌菌落的總數。
菌落總數主要作為判定食品被汙染程度的標誌，也可以應用這一方法觀察細菌在食品中繁殖的動態，以便為對被檢樣品進行衛生學評價時提供依據。每種細菌都有它一定的生理特性，培養時，應用不同的營養條件及其他生理條件（如溫度、培養時間、pH、需氧性質等）去滿足其要求，才能分別將各種細菌培養出來。但在實際工作中，一般都隻用一種常用的方法去做細菌菌落總數的測定。如用標準平板培養計數法，所得結果隻包括一群能在營養瓊脂上發育的嗜中溫需氧菌的菌落總數；又如用顯微鏡直接計數法，所得結果包括所有的細菌（但在食品檢驗中除少數食品外此法通常不適用）；再如嗜冷菌計數法所得結果則隻包括嗜冷菌。
一、標準平板培養計數法
按照國家標準方法規定，菌落總數指在需氧情況下，37℃培養48h，能在普通營養瓊脂平板上生長的細菌菌落總數，所以厭氧或微需氧菌、有特殊營養要求的以及非嗜中溫的細菌，由於現有條件不能滿足其生理需求，故難以繁殖生長。因此菌落總數並不表示實際中的所有細菌總數，菌落總數並不能區分其中細菌的種類，所以有時被稱為雜菌數、需氧菌數等。
1.設備和材料
（1）冰箱0～4℃。
（2）恒溫培養箱（36±1）℃。
（3）恒溫水浴鍋（46±1）℃。
（4）均質器或滅菌乳缽。
（5）天平0～500g，精確至0.5g。
（6）菌落計數器。
（7）4×放大鏡。
（8）滅菌吸管1mL（具0.01刻度）、10mL（具0.1mL刻度）。
（9）滅菌錐形瓶500mL。
（10）滅菌玻璃珠直徑約5mm。
（11）滅菌培養皿直徑為90mm。
（12）滅菌試管16mm×160mm。
（13）滅菌刀、剪子、鑷子等。
2.培養基和試劑
（1）營養瓊脂培養基
① 成分：
蛋白腖10g
牛肉膏3g
氯化鈉5g
瓊脂15～20g
蒸餾水1000mL
② 製法：將除瓊脂以外的各成分溶解於蒸餾水內，加入15%氫氧化鈉溶液約2mL，校正pH至7.2～7.4。加入瓊脂，加熱煮沸，使瓊脂熔化。分裝燒瓶，121℃高壓滅菌15min。
注：此培養基可供一般細菌培養之用，可傾注平板或製成斜麵。如用於菌落計數，瓊脂量為1.5%；如做成平板或斜麵，則應為2%。
（2）磷酸鹽緩衝稀釋液
① 儲存液：
磷酸二氫鉀34g
1mol/L氫氧化鈉溶液175mL
蒸餾水825mL
pH 7.2
② 製法：先將磷酸鹽溶解於500mL蒸餾水中，用1mol/L氫氧化鈉溶液校正pH後，再用蒸餾水稀釋至1000mL。
③ 稀釋液：取儲存液1.25mL，用蒸餾水稀釋至1000mL。分裝每瓶100mL或每管10mL，121℃高壓滅菌15min。
（3）0.85%滅菌生理鹽水。
（4）75%乙醇。
3.檢驗程序
菌落總數的檢驗程序。
4.操作步驟
（1）檢樣稀釋及培養
① 以無菌操作將檢樣25g（或mL）剪碎放於含有225mL滅菌生理鹽水或其他稀釋液的滅菌玻璃瓶內（瓶內預置適當數量的玻璃珠）或滅菌乳缽內，經充分振搖或研磨做成1∶10的均勻稀釋液。
固體檢樣在加入稀釋液後，最好置均質器中以8000～10000r/min的速度處理1min，做成1∶10的均勻稀釋液。
② 用1mL滅菌吸管吸取1∶10稀釋液1mL，沿管壁徐徐注入含有9mL滅菌生理鹽水或其他稀釋液的試管內（注意吸管尖端不要觸及管內稀釋液），振搖試管，混合均勻，做成1∶100的稀釋液。
③ 另取1mL滅菌吸管，按上條操作順序，做10倍遞增稀釋液，如此每遞增稀釋一次，即換用1支1mL滅菌吸管。
④ 根據食品衛生標準要求或對標本汙染情況的估計，選擇2～3個適宜稀釋度，分別在做10倍遞增稀釋的同時，即以吸取該稀釋度的吸管移1mL稀釋液於滅菌培養皿內，每個稀釋度做兩個培養皿。
⑤ 稀釋液移入培養皿後，應及時將晾涼至46℃的營養瓊脂培養基［可放置於（46±1）℃水浴中保溫］注入培養皿約15mL，並轉動培養皿使混合均勻。同時將營養瓊脂培養基傾入加有1mL稀釋液的滅菌培養皿內作空白對照。
⑥ 待瓊脂凝固後，翻轉平板，置（36±1）℃溫箱內培養48±2h。
（2）菌落計數方法做平板菌落計數時，可用肉眼觀察，必要時用放大鏡檢查，以防遺漏。在記下各平板的菌落數後，求出同稀釋度的各平板平均菌落總數。
（3）菌落計數的報告
① 平板菌落數的選擇：選取菌落數在30～300之間的平板作為菌落總數測定標準。一個稀釋度使用兩個平板，應采用兩個平板平均數，其中一個平板有較大片狀菌落生長時，則不宜采用，而應以無片狀菌落生長的平板作為該稀釋度的菌落數，若片狀菌落不到平板的一半，而其餘一半中菌落分布又很均勻，即可計算半個平板後乘2以代表全皿菌落數。培養皿內如有鏈狀菌落生長時（菌落之間無明顯界線），若僅有一條鏈，可視為一個菌落；如果有不同來源的幾條鏈，則應將每條鏈作為一個菌落計。