1999年，比爾第六次訪問中國，雖然時間僅有短短6個小時，但他發起的將Windows係統從PC平台移至其他設備終端的“維納斯計劃”，讓業界轟動。
2001年，比爾第七次訪問中國，他在上海APEC會議上48小時內連續3場演講讓人記憶猶新。
2003年，比爾第八次訪問中國並帶來“NET計劃”，中國成為全球首批與微軟公司簽署此計劃的國家之一。
2004年，比爾第九次訪問中國。
2007年，比爾第十次中國行的7個月後，比爾和梅琳達—蓋茨基金會正式宣布，5年內捐資5000萬美元，幫助中國預防和控製艾滋病的傳播，並在北京設立防治艾滋病辦事處。比爾認為，值得投資幫助中國防治艾滋病。比爾說：“我相信這些資金會用在‘刀刃’上。”
2008年8月，比爾在北京參加了第二十九屆奧運會開幕式及相關活動。
2010年，兩個巨富巴菲特和比爾訪華，遊說中國的新興巨富加入他們的“慈善聯盟”。
2011年，比爾為慈善訪華，表示支持平民慈善。比爾訪華除了帶來援助，還希望將中國在農業領域的成功經驗介紹給貧困的非洲國家，比如將中國的水稻研究成果引入非洲，幫助非洲提高糧食產量。世界兩大水稻研究中心分別設在中國和菲律賓，基金會正在與這兩個中心的研究人員合作，以研究出更多適合非洲種植的水稻品種，例如抗旱水稻。
告別微軟帝國
2006年6月15日，比爾宣布2008年7月將隱退，屆時將辭去首席軟件設計師一職，並不再參與微軟公司的管理事務。
在宣布這一消息的時候，比爾顯得相對鎮定，但是卻掩蓋不了某些哀傷的情緒，畢竟這是他奮鬥一生的地方。一些員工甚至熱淚盈眶。
隱退後的比爾將專心於梅琳達—蓋茨基金會，比爾將幾百億的家財捐獻給這個慈善基金會。
微軟公司的一名員工說：“毫無疑問，他的慷慨使得數十萬人重獲生命。”
2008年7月之後，這個微軟公司最為神聖的職位將交給雷·奧茨。
在此之後，比爾將投身於他的基金會，但這並不表示他將對微軟公司不聞不問。他表示，隱退後仍然會關注微軟公司的發展，並在適當的時候提出建設性意見。
以後比爾將投身於他的基金會。除了對計算機和軟件的熱愛之外，蓋茨對生物技術也很有興趣。他是ICOS公司董事會的一員，這是一家專注於蛋白質基體及小分子療法的公司。他也是很多其他生物技術公司的投資人。
比爾還成立了公司。該公司正在研究開發世界最大的可視信息資源之一的來自於全球公共收藏和私人收藏的藝術及攝影作品綜合數字檔案。
此外，比爾還和移動電話先鋒一起投資於Teledesic。這是一個雄心勃勃的計劃，計劃使用幾百個低軌道衛星來提供覆蓋全世界的雙向寬帶電訊服務。
2008年6月3日，比爾最後一次以微軟公司員工的身份發表演講。他簡要地講到了自己要退休的事。退休之後，他將把主要精力用於基金會的慈善工作當中。比爾稱這種轉變“略微有點突然”。
“我將投身於一個全新的領域。這是我自17歲以來第一次真正地改變職業。在此之前，我完全沉浸於軟件之中。”
2008年6月28日，美國當地時間27日上午9時左右，微軟公司在雷德蒙市召開了一次盛大的歡送會，送別比爾·蓋茨。這對微軟公司的職員，包括CEO史蒂夫·鮑默爾來說都是一個重要時刻。
這次送別大會到會人數超過800人，更多的人則是在電腦前觀看網上直播的。
上午9時20分，在鮑默爾的領引下，比爾從一個黑色帷幕後麵，交叉著雙臂走了出來。觀眾們站起來長時間鼓掌，比爾向觀眾介紹了自己的妻子梅琳達和孩子們。
比爾談到了公司的曆史，包括與國際商用機器公司之戰。他笑著說，正是那場戰鬥導致了微軟公司的成功。他談到微軟公司的競爭前景，稱關注軟件依然是正確的。
比爾表示，前進的道路並不平坦，因為過去30年在公司工作是多麼自然的事情。有時當他開車送孩子時，會忘了在幹什麼，突然想到工作，就會開車去微軟公司，孩子們問：“爸爸，爸爸，我們去微軟公司做什麼？”
關於微軟公司的發展，比爾認為，想法並不重要，重要的是敏捷，特別是在處理困難的挑戰麵前。
比爾解釋說，在微軟公司的初期他讓鮑默爾加入董事會是為了幫助招人。比爾說：“聘請自己的朋友不會為了聚會。”
在被問及最大的錯誤時，比爾表示軟件行業的關鍵所在是精確預測到新的趨勢，在圖形用戶界麵上微軟公司領先了，但在其他領域如網絡搜索和廣告上一直落後。
比爾說：“當我們錯過一個大機會就無法獲得最有才華的人，這是最危險的。這種事情發生了很多次，過去就算了，但這種事越少越好。”
比爾說：“人們常常問我，在微軟公司麵臨如此多的挑戰時，我怎麼能離開呢？我表示，是的，競爭一直很激烈，但現在公司比以前任何時候都強大。”
比爾認為，微軟公司的智商是非常出眾的。現在我們無法再提高智商，有時還會降低些，這是我們麵臨的挑戰之一。
6月底，比爾正式從微軟公司退休，開始將主要精力投向慈善事業。比爾將帶著他全部580億美元的財產投入到他的“第二項事業”慈善中去，而不是留給自己子女。
比爾說：“這是我和妻子共同的決定，我們決定不會把財產分給我們的子女。我們希望以最能夠產生正麵影響的方法回饋社會。”
比爾的新工作並不會減少人們對他的迷戀，因為神秘的光環背後閃現的不是金錢的光澤。
曾撰寫過幾本與科技行業及微軟公司有關書籍的麻省理工學院斯隆商學院教授邁克爾·庫蘇馬諾說：“從某種程度上說，比爾幾乎可以與上帝比肩。人們常常會比喻說，你無法像上帝那樣無所不能，或者你無法像蓋茨那樣富可敵國。”
事實上，為了今天的退出，比爾花了整整10年的時間來苦心培養接班人——這就是他的哈佛同窗史蒂夫·鮑默爾。
比爾在4年前曾私下對鮑默爾說他想離開，他在2006年公開宣布了將於2008年正式退休的計劃。